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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7puj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Endoglycosidase E GH18 domain from Enterococcus faecalis | ||||||
要素 | Beta-N-acetylhexosaminidaseHexosaminidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / GH18 / glycan (糖鎖) / antibody (抗体) / Enterococcus faecalis (エンテロコッカス・ファエカリス) / EndoE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-N-acetylhexosaminidase activity / N-acetyl-beta-D-galactosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.752 Å | ||||||
データ登録者 | Garcia-Alija, M. / Du, J.J. / Trastoy, B. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Mechanism of cooperative N-glycan processing by the multi-modular endoglycosidase EndoE. 著者: Garcia-Alija, M. / Du, J.J. / Ordonez, I. / Diz-Vallenilla, A. / Moraleda-Montoya, A. / Sultana, N. / Huynh, C.G. / Li, C. / Donahue, T.C. / Wang, L.X. / Trastoy, B. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7puj.cif.gz | 104.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7puj.ent.gz | 76.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7puj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7puj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7puj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48962.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: ndoE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6U890, beta-N-acetylhexosaminidase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 mM zinc chloride, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.752→38.82 Å / Num. obs: 46562 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 25.47 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06049 / Rrim(I) all: 0.06211 / Net I/σ(I): 34.02 |
反射 シェル | 解像度: 1.752→1.815 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.9085 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique obs: 4569 / CC1/2: 0.839 / CC star: 0.955 / Rrim(I) all: 0.9456 / % possible all: 99.05 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6MDV 解像度: 1.752→38.82 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.752→38.82 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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