PDB-7puj: Crystal structure of Endoglycosidase E GH18 domain from Enterococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7puj

タイトル

Crystal structure of Endoglycosidase E GH18 domain from Enterococcus faecalis

要素

Beta-N-acetylhexosaminidase

キーワード

HYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH18 / glycan / antibody / Enterococcus faecalis / EndoE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.752 Å

データ登録者

Garcia-Alija, M. / Du, J.J. / Trastoy, B. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mechanism of cooperative N-glycan processing by the multi-modular endoglycosidase EndoE.
著者: Garcia-Alija, M. / Du, J.J. / Ordonez, I. / Diz-Vallenilla, A. / Moraleda-Montoya, A. / Sultana, N. / Huynh, C.G. / Li, C. / Donahue, T.C. / Wang, L.X. / Trastoy, B. / Sundberg, E.J. / Guerin, M.E.

履歴

登録	2021年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7puj.cif.gz	104.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7puj.ent.gz	76.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7puj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7puj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7puj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pukC 7pulC 6mdvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7puk-2 6bzg-d 5bro-d 7a17-2 2zzp-d 2z0d-d 2wxb-d 2z0e-d 1hqv-3 4z2b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-N-acetylhexosaminidase

ヘテロ分子

49.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.150, 112.150, 64.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Beta-N-acetylhexosaminidase 分子量: 48962.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: ndoE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6U890, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 mM zinc chloride, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.752→38.82 Å / Num. obs: 46562 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 19.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.47 Å² / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.06049 / R_rim(I) all: 0.06211 / Net I/σ(I): 34.02
反射シェル	解像度: 1.752→1.815 Å / 冗長度: 13 % / R_merge(I) obs: 0.9085 / Mean I/σ(I) obs: 2.73 / Num. unique obs: 4569 / CC_1/2: 0.839 / CC star: 0.955 / R_rim(I) all: 0.9456 / % possible all: 99.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MDV

6mdv

解像度: 1.752→38.82 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2204	4561	5 %
R_work	0.1861	-	-
obs	0.1879	46559	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.752→38.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3293	0	6	226	3525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.024	3433
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.787	4669
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.306	2803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.752-1.7717	0.292	142	0.2875	2719	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7717-1.7925	0.2812	151	0.2495	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7925-1.8144	0.2678	153	0.2461	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8144-1.8374	0.2462	155	0.2391	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8374-1.8615	0.2519	150	0.2238	2843	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8615-1.887	0.2831	153	0.2132	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.887-1.914	0.2589	152	0.2211	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.914-1.9426	0.2404	152	0.214	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9426-1.9729	0.254	147	0.2048	2883	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9729-2.0053	0.259	152	0.2015	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0053-2.0398	0.2438	153	0.2065	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0398-2.0769	0.2497	153	0.1986	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0769-2.1169	0.2244	153	0.1954	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1169-2.1601	0.2125	157	0.1947	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1601-2.2071	0.2482	144	0.1914	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2071-2.2584	0.2183	152	0.1978	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2584-2.3149	0.213	158	0.1992	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3149-2.3775	0.2477	153	0.2014	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3775-2.4474	0.2203	151	0.1918	2907	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4474-2.5264	0.2739	151	0.1915	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5264-2.6167	0.2593	152	0.1999	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6167-2.7214	0.264	151	0.1975	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7214-2.8453	0.2329	152	0.1962	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8453-2.9952	0.2261	149	0.1971	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9952-3.1828	0.2317	152	0.1833	2873	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1828-3.4285	0.2176	153	0.1869	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4285-3.7733	0.1864	155	0.1792	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7733-4.3189	0.2044	155	0.1461	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3189-5.4395	0.1648	152	0.16	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4395-38.82	0.1934	158	0.1691	2892	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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