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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7puh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Two-Domain Laccase mutant H165A/R240H from Streptomyces griseoflavus | ||||||
![]() | Two-domain laccase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Two-Domain Laccase / laccase / Streptomyces griseoflavus | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kolyadenko, I. / Tishchenko, S. / Gabdulkhakov, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineering the Catalytic Properties of Two-Domain Laccase from Streptomyces griseoflavus Ac-993. 著者: Kolyadenko, I. / Scherbakova, A. / Kovalev, K. / Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 866.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 641.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 30202.594 Da / 分子数: 6 / 変異: H165A/R240H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 1689分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
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![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-OXY / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15 % v/v PEG Smear High, 0.15 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate condition #31 of BCS-1 from Molecular Dimensions, UK |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 405781 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.76 % / Biso Wilson estimate: 15.89 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.19 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 6.35 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 64031 / CC1/2: 0.55 / % possible all: 97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LHL 解像度: 1.3→47.41 Å / SU ML: 0.1419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.7241 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.75 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→47.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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