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- PDB-7pua: Middle assembly intermediate of the Trypanosoma brucei mitoriboso... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pua
タイトルMiddle assembly intermediate of the Trypanosoma brucei mitoribosomal small subunit
要素
  • (9S rRNA) x 2
  • 30S Ribosomal protein S17, putative
  • 30S ribosomal protein S8, putative
  • Acyl carrier protein
  • Acyl transferase-like protein, putative
  • DNA photolyase, putative
  • DUF4379 domain-containing protein
  • DUF4460 domain-containing protein
  • LMWPc domain-containing protein
  • LysM domain-containing protein
  • PPR_long domain-containing protein
  • Protein FYV4, mitochondrial
  • Rhodanese domain-containing protein
  • Ribosomal_S5_C domain-containing protein
  • Translation initiation factor IF-2, putative
  • Ubiquitin-like domain-containing protein
  • Unk
  • Unk8
  • UnkC
  • UnkD
  • UnkF
  • UnkG
  • UnkI
  • UnkK
  • UnkP
  • Unka
  • Unkg
  • bS16m
  • bS18m
  • bS21m
  • bS6m
  • mS22
  • mS23
  • mS26
  • mS29
  • mS33
  • mS34
  • mS35
  • mS37
  • mS38
  • mS49
  • mS50
  • mS51
  • mS52
  • mS53
  • mS54
  • mS55
  • mS56
  • mS57
  • mS58
  • mS59
  • mS62
  • mS63
  • mS65
  • mS69
  • mS70
  • mS71
  • mS72
  • mS73
  • mS74
  • mt-SAF21
  • mt-SAF22
  • mt-SAF23
  • mt-SAF27
  • mt-SAF29
  • mt-SAF3
  • mt-SAF31
  • mt-SAF37
  • mt-SAF38
  • mt-SAF39
  • mt-SAF5
  • mt-SAF7
  • mt-SAF9
  • uS11m
  • uS12m
  • uS14m
  • uS15m
  • uS19m
  • uS3m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / mitoribosome / assembly intermediate / Trypanosoma brucei / small subunit / mt-SSU / SSU
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / quorum sensing / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase ...modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / photoreactive repair / deoxyribodipyrimidine photo-lyase / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / quorum sensing / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / response to arsenic-containing substance / ciliary plasm / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / nuclear lumen / mRNA stabilization / mitochondrial small ribosomal subunit / acyl binding / acyl carrier activity / translation initiation factor activity / FAD binding / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / NADP binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / PPR repeat / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / : / Protein Fyv4 ...T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / PPR repeat / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP / : / Protein Fyv4 / Small ribosomal subunit protein mS41 SAM domain / IGR protein motif / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / : / IGR / 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-like, NAD-binding domain / NAD-binding of NADP-dependent 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / : / Elongation factor G domain 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / Pentatricopeptide repeat domain / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Rhodanese-like domain / LysM domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Acyl carrier protein (ACP) / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ubiquitin family / Ribosomal protein S5, C-terminal / Small GTP-binding protein domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Ubiquitin domain profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / NAD(P)-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-PM8 / PHOSPHATE ION / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Trypanosomal VSG domain containing protein ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-PM8 / PHOSPHATE ION / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Trypanosomal VSG domain containing protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / PROP1-like PPR domain-containing protein / Uncharacterized protein / Dehydrogenase-like protein / Ubiquitin-like domain-containing protein / Ribosomal protein S23 mitochondrial conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / LysM domain-containing protein / Trichohyalin / Translation initiation factor IF-2, chloroplastic / Opioid growth factor receptor (OGFr) conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / 30S Ribosomal protein S17, putative / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 30S ribosomal protein S8, putative / T. brucei spp.-specific protein / T. brucei spp.-specific protein / Small ribosomal subunit protein uS5 C-terminal domain-containing protein / Mitochondrial ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein / T. brucei spp.-specific protein / ADP-ribosylglycohydrolase / DNA photolyase, putative / Kinteoplast poly(A) polymerase complex 1 subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS41 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Target SNARE / Phosphotyrosine protein phosphatase I domain-containing protein / DUF4460 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Acyl carrier protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Treble clef zinc finger domain-containing protein / Succinate dehydrogenase assembly factor 3, mitochondrial / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lenarcic, T. / Leibundgut, M. / Saurer, M. / Ramrath, D.J.F. / Fluegel, T. / Boehringer, D. / Ban, N.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_182341 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)1074-2019 スイス
Swiss National Science Foundation182880 スイス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Mitoribosomal small subunit maturation involves formation of initiation-like complexes.
著者: Tea Lenarčič / Moritz Niemann / David J F Ramrath / Salvatore Calderaro / Timo Flügel / Martin Saurer / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Céline Prange / Elke K Horn / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) play a central role in synthesizing mitochondrial inner membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. Although mitoribosomes from different ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) play a central role in synthesizing mitochondrial inner membrane proteins responsible for oxidative phosphorylation. Although mitoribosomes from different organisms exhibit considerable structural variations, recent insights into mitoribosome assembly suggest that mitoribosome maturation follows common principles and involves a number of conserved assembly factors. To investigate the steps involved in the assembly of the mitoribosomal small subunit (mt-SSU) we determined the cryoelectron microscopy structures of middle and late assembly intermediates of the mitochondrial small subunit (mt-SSU) at 3.6- and 3.7-Å resolution, respectively. We identified five additional assembly factors that together with the mitochondrial initiation factor 2 (mt-IF-2) specifically interact with functionally important regions of the rRNA, including the decoding center, thereby preventing premature mRNA or large subunit binding. Structural comparison of assembly intermediates with mature mt-SSU combined with RNAi experiments suggests a noncanonical role of mt-IF-2 and a stepwise assembly process, where modular exchange of ribosomal proteins and assembly factors together with mt-IF-2 ensure proper 9S rRNA folding and protein maturation during the final steps of assembly.
履歴
登録2021年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13660
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
CA: 9S rRNA
CB: 9S rRNA
CC: uS3m
CE: Ribosomal_S5_C domain-containing protein
CF: bS6m
CH: 30S ribosomal protein S8, putative
CI: uS9m
CJ: LysM domain-containing protein
CK: uS11m
CL: uS12m
CN: uS14m
CO: uS15m
CP: bS16m
CQ: 30S Ribosomal protein S17, putative
CR: bS18m
CS: uS19m
CU: bS21m
Ca: mS22
Cb: mS23
Cd: mS26
Cg: mS29
Ci: mS33
Cj: mS34
Ck: mS35
Cm: mS37
Cn: mS38
Cp: Protein FYV4, mitochondrial
DB: mS49
DC: mS50
DD: mS51
DE: mS52
DF: mS53
DG: mS54
DH: mS55
DI: mS56
DJ: mS57
DK: mS58
DL: mS59
DO: mS62
DP: mS63
DR: mS65
DT: Rhodanese domain-containing protein
DU: Ubiquitin-like domain-containing protein
DV: mS69
DW: mS70
DX: mS71
DY: mS72
DZ: mS73
Da: mS74
F2: PPR_long domain-containing protein
F3: mt-SAF3
F5: mt-SAF5
F6: DUF4460 domain-containing protein
F7: mt-SAF7
F9: mt-SAF9
FM: mt-SAF21
FN: mt-SAF21
FO: mt-SAF22
FP: mt-SAF23
FW: LMWPc domain-containing protein
FX: mt-SAF27
FZ: mt-SAF29
Fb: mt-SAF31
Fc: Acyl carrier protein
Fd: DUF4379 domain-containing protein
Ff: DNA photolyase, putative
Fg: Acyl transferase-like protein, putative
Fh: mt-SAF37
Fi: mt-SAF38
IA: Translation initiation factor IF-2, putative
IB: mt-SAF39
U8: Unk8
UC: UnkC
UD: UnkD
UF: UnkF
UG: UnkG
UI: UnkI
UK: UnkK
UM: Unk
UN: Unk
UP: UnkP
UQ: Unk
Ua: Unka
Ug: Unkg
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,540,31798
ポリマ－3,537,65784
非ポリマー2,66014
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 CACB

#1: RNA鎖 9S rRNA


分子量: 198441.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: GenBank: 13740
#2: RNA鎖 9S rRNA


分子量: 919.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

+
タンパク質 , 69種, 70分子 CCCECFCHCICJCKCLCNCOCPCQCRCSCUCaCbCdCgCiCjCkCmCnCpDBDCDDDEDF...

#3: タンパク質 uS3m


分子量: 9070.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#4: タンパク質 Ribosomal_S5_C domain-containing protein


分子量: 50147.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A335
#5: タンパク質 bS6m


分子量: 18861.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38BW5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S8, putative


分子量: 32766.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZZU9
#7: タンパク質 uS9m


分子量: 50201.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57W62
#8: タンパク質 LysM domain-containing protein


分子量: 94321.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZPU0
#9: タンパク質 uS11m


分子量: 37925.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q389T7
#10: タンパク質 uS12m


分子量: 10421.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#11: タンパク質 uS14m


分子量: 19900.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q580I0
#12: タンパク質 uS15m


分子量: 50401.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q4GZ99
#13: タンパク質 bS16m


分子量: 22077.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q384N9
#14: タンパク質 30S Ribosomal protein S17, putative


分子量: 35632.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZYU9
#15: タンパク質 bS18m


分子量: 36988.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A3A4
#16: タンパク質 uS19m


分子量: 28364.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L621
#17: タンパク質 bS21m


分子量: 23087.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q580M9
#18: タンパク質 mS22


分子量: 73064.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38DR3
#19: タンパク質 mS23


分子量: 36869.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZNU0
#20: タンパク質 mS26


分子量: 51192.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38DK6
#21: タンパク質 mS29


分子量: 57048.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q585C2
#22: タンパク質 mS33


分子量: 21244.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57WW0
#23: タンパク質 mS34


分子量: 28728.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57UK0
#24: タンパク質 mS35


分子量: 98277.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q387C7
#25: タンパク質 mS37


分子量: 24757.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38C96
#26: タンパク質 mS38


分子量: 28240.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57VQ9
#27: タンパク質 Protein FYV4, mitochondrial


分子量: 22421.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q389L3
#28: タンパク質 mS49


分子量: 137234.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZJE4
#29: タンパク質 mS50


分子量: 131719.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L3Q2
#30: タンパク質 mS51


分子量: 93661.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A752
#31: タンパク質 mS52


分子量: 84938.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q386Q7
#32: タンパク質 mS53


分子量: 75338.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZXX4
#33: タンパク質 mS54


分子量: 72046.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZNY4
#34: タンパク質 mS55


分子量: 66676.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6LGC8
#35: タンパク質 mS56


分子量: 47306.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L6C6
#36: タンパク質 mS57


分子量: 45956.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q584U8
#37: タンパク質 mS58


分子量: 35651.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6L3U6
#38: タンパク質 mS59


分子量: 35395.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A232
#39: タンパク質 mS62


分子量: 32068.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q383D1
#40: タンパク質 mS63


分子量: 31922.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZXR0
#41: タンパク質 mS65


分子量: 30617.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZPP1
#42: タンパク質 Rhodanese domain-containing protein


分子量: 30096.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q586G5
#43: タンパク質 Ubiquitin-like domain-containing protein


分子量: 26472.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZKC1
#44: タンパク質 mS69


分子量: 21589.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57UZ6
#45: タンパク質 mS70


分子量: 21247.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A8P6
#46: タンパク質 mS71


分子量: 20093.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q383G5
#47: タンパク質 mS72


分子量: 19340.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57YD4
#48: タンパク質 mS73


分子量: 11360.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q587C4
#49: タンパク質 mS74


分子量: 8203.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6KY67
#50: タンパク質 PPR_long domain-containing protein


分子量: 116189.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZIL7
#51: タンパク質 mt-SAF3


分子量: 106621.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38E61
#52: タンパク質 mt-SAF5


分子量: 86949.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0AAF7
#53: タンパク質 DUF4460 domain-containing protein


分子量: 76781.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38FQ8
#54: タンパク質 mt-SAF7


分子量: 76675.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57UW6
#55: タンパク質 mt-SAF9


分子量: 69652.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZSL5
#56: タンパク質 mt-SAF21


分子量: 39638.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZJW2
#57: タンパク質 mt-SAF22


分子量: 39132.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q389F9
#58: タンパク質 mt-SAF23


分子量: 38240.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A963
#59: タンパク質 LMWPc domain-containing protein


分子量: 30538.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38FI3
#60: タンパク質 mt-SAF27


分子量: 26936.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57YK5
#61: タンパク質 mt-SAF29


分子量: 20048.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: A0A3L6KWY8
#62: タンパク質 mt-SAF31


分子量: 17673.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q581U4
#63: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 16550.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q57WW9
#64: タンパク質 DUF4379 domain-containing protein


分子量: 16291.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q581T4
#65: タンパク質 DNA photolyase, putative


分子量: 95285.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A9A9, deoxyribodipyrimidine photo-lyase
#66: タンパク質 Acyl transferase-like protein, putative


分子量: 60722.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZYZ4
#67: タンパク質 mt-SAF37


分子量: 37009.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 参照: UniProt: Q38A63
#68: タンパク質 mt-SAF38


分子量: 69516.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZNX5
#69: タンパク質 Translation initiation factor IF-2, putative


分子量: 87113.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: C9ZSN7
#70: タンパク質 mt-SAF39


分子量: 89639.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 参照: UniProt: D0A0V4
#81: タンパク質 Unkg


分子量: 23081.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

-
タンパク質・ペプチド , 10種, 12分子 U8UCUDUFUGUIUKUMUNUQUPUa

#71: タンパク質・ペプチド Unk8


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#72: タンパク質・ペプチド UnkC


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#73: タンパク質・ペプチド UnkD


分子量: 1224.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#74: タンパク質・ペプチド UnkF


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#75: タンパク質・ペプチド UnkG


分子量: 1459.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#76: タンパク質・ペプチド UnkI


分子量: 528.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#77: タンパク質・ペプチド UnkK


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#78: タンパク質・ペプチド Unk


分子量: 698.854 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#79: タンパク質・ペプチド UnkP


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
#80: タンパク質・ペプチド Unka


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

-
非ポリマー , 8種, 19分子

#82: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#83: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#84: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#85: 化合物 ChemComp-PM8 / S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE


分子量: 496.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N2O7PS
#86: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#87: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#88: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#89: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Middle assembly intermediate of the Trypanosoma brucei mitoribosomal small subunit
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#81 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 98 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38531 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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