PDB-7pu8: CARM1 in complex with EML980

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pu8

タイトル

CARM1 in complex with EML980

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSCRIPTION / PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE / PRMT4 / CARM1 / INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / endochondral bone morphogenesis / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / protein methyltransferase activity / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction- ...
著者: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / ...

履歴

登録	2021年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pu8.cif.gz	793.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pu8.ent.gz	680.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pu8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7pu8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7pu8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nudC 7nueC 7p2rC 7ppqC 7ppyC 7pucC 7puqC 7pv6C 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.207, 98.812, 208.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-4R7 / methyl 6-[4-[[N-[2-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]ethyl]carbamimidoyl]amino]butylcarbamoylamino]-4-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylate 分子量: 636.659 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₆N₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 2000, 0.1M Sodium Chloride, 0.1M Tris HCl

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→48.07 Å / Num. obs: 80189 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 46.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 1.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3738 / CC_1/2: 0.543 / R_pim(I) all: 0.492 / R_rim(I) all: 1.678 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.19→48.07 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2291	3980	4.97 %
R_work	0.1941	76115	-
obs	0.1958	80095	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.89 Å² / B_iso mean: 58.2476 Å² / B_iso min: 27.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.19→48.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11000	0	368	283	11651
B_iso mean	-	-	64.03	49.52	-
残基数	-	-	-	-	1371

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.19-2.21	0.3988	116	0.3544	1971	2087	72
2.21-2.24	0.3484	152	0.3095	2652	2804	99
2.24-2.27	0.2975	141	0.3048	2713	2854	99
2.27-2.3	0.3268	142	0.2851	2718	2860	99
2.3-2.33	0.3003	141	0.2684	2709	2850	100
2.33-2.37	0.3351	114	0.2704	2710	2824	99
2.37-2.41	0.3105	133	0.2713	2720	2853	99
2.41-2.44	0.2802	154	0.256	2695	2849	100
2.44-2.49	0.3438	149	0.303	2716	2865	99
2.49-2.53	0.3409	121	0.2739	2734	2855	99
2.53-2.58	0.2971	160	0.2648	2706	2866	100
2.58-2.63	0.3047	133	0.2377	2712	2845	99
2.63-2.69	0.2572	153	0.2255	2716	2869	99
2.69-2.75	0.2673	129	0.2134	2751	2880	99
2.75-2.82	0.2437	138	0.2181	2733	2871	100
2.82-2.9	0.2663	146	0.2133	2741	2887	100
2.9-2.98	0.2543	119	0.2295	2723	2842	100
2.98-3.08	0.2774	156	0.2358	2729	2885	100
3.08-3.19	0.2801	152	0.233	2749	2901	100
3.19-3.32	0.2534	141	0.218	2734	2875	100
3.32-3.47	0.2262	131	0.1943	2784	2915	100
3.47-3.65	0.2312	138	0.1812	2770	2908	100
3.65-3.88	0.1973	154	0.1717	2751	2905	100
3.88-4.18	0.2024	159	0.1574	2780	2939	100
4.18-4.6	0.1488	147	0.1345	2781	2928	100
4.6-5.26	0.1827	132	0.1321	2830	2962	100
5.27-6.63	0.1795	157	0.1702	2842	2999	100
6.63-48.07	0.202	172	0.1702	2945	3117	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6398	-0.951	0.1437	1.0968	-0.1999	2.3257	-0.0082	-0.2794	0.3417	0.156	-0.0473	-0.0433	-0.3189	0.1494	0.0479	0.4331	-0.1164	0.0381	0.4024	-0.0873	0.4387	55.2269	40.3638	134.3741
2	1.9708	0.1673	0.9218	-0.0507	0.1552	1.162	0.1935	-0.0837	-0.1157	0.0996	-0.0992	0.0482	0.068	0.0748	-0.0963	0.3309	-0.0258	0.0353	0.2675	-0.0097	0.4244	46.31	12.038	118.6792
3	1.3922	0.1745	0.2497	3.2866	1.1583	1.3616	-0.0789	-0.037	0.0134	0.054	-0.0016	-0.2511	-0.1416	0.1599	0.1013	0.3113	-0.0752	0.0303	0.368	-0.0016	0.3737	61.6686	20.727	123.1426
4	0.8155	-0.1328	-0.3947	2.141	-0.379	1.9304	-0.0069	-0.069	-0.0447	-0.162	-0.0155	-0.172	0.0182	0.3041	0.0023	0.2503	-0.0738	0.0224	0.33	-0.0215	0.3383	62.2869	18.7712	121.6021
5	2.7683	-0.3286	0.3343	4.0989	0.4115	1.2782	0.0828	-0.0499	-0.1473	0.2131	-0.1943	0.4133	0.236	-0.3906	0.1035	0.3277	-0.0725	0.039	0.3337	0.0138	0.3402	53.2886	17.3746	115.79
6	1.7838	-0.2467	0.0027	1.2649	1.1137	3.1693	0.1492	0.0708	0.1971	-0.1636	-0.0057	0.0444	-0.3562	-0.2136	-0.1383	0.3719	0.0632	0.0436	0.2794	0.0632	0.3963	19.9325	19.7608	115.2334
7	2.6407	1.5563	0.1481	1.0058	0.593	1.006	0.3547	-0.5958	0.113	0.3167	-0.2555	0.106	-0.0212	0.0455	-0.0955	0.4942	0.021	0.0532	0.4361	0.0049	0.3889	33.0517	27.4481	144.7781
8	4.0163	0.0694	1.6453	1.5511	0.7128	4.924	0.1613	-0.4867	-0.1652	0.2776	0.0277	0.2248	0.1596	-0.5969	-0.212	0.4048	0.0123	0.096	0.3908	0.0144	0.4174	17.2647	21.8441	138.4829
9	1.5468	0.1848	0.5485	1.4387	1.5353	3.5215	0.1635	-0.3339	0.0531	0.2342	-0.0835	0.0954	0.0241	-0.5199	-0.0779	0.3444	0.0045	0.0689	0.4454	0.0842	0.3719	17.1704	22.4921	140.8931
10	2.1665	0.0114	-0.8429	1.6046	0.6329	6.3921	0.2753	-0.3381	-0.0784	-0.1891	-0.032	-0.2551	-0.4697	0.4737	-0.2962	0.4627	0.0038	0.0607	0.3896	0.0008	0.4522	24.6396	30.4334	142.6316
11	2.545	0.1655	0.0709	1.2009	-0.2713	2.4476	0.0886	0.2467	0.3136	-0.0056	-0.0248	0.0144	-0.5084	-0.2045	-0.076	0.4861	0.0753	0.082	0.4048	0.0136	0.3311	22.347	41.4919	178.3904
12	1.5713	-0.5215	0.6296	0.0786	-0.3364	1.2738	0.0459	0.0486	-0.151	0.0663	-0.0351	0.1265	-0.0205	-0.1994	0.0007	0.371	-0.0214	0.0172	0.3202	-0.0291	0.3777	29.6749	12.5705	194.206
13	2.1785	-0.4829	-0.439	3.9296	-0.7707	1.9437	0.092	0.0966	-0.1318	-0.089	-0.1243	0.3211	-0.2726	-0.3074	0.0282	0.3945	0.0525	0.035	0.506	-0.0421	0.3173	14.8683	22.23	189.5372
14	1.0036	-0.6914	-0.1637	2.4245	-0.082	2.0276	-0.0351	0.0737	-0.1506	0.2626	0.0302	0.3729	-0.0169	-0.4876	0.0131	0.3484	0.0169	0.0823	0.4833	-0.0462	0.4073	14.0341	20.3684	191.0557
15	3.4518	1.3144	-0.3631	4.6792	-1.3204	1.6648	-0.0273	0.171	-0.2372	0.1178	-0.1032	-0.0559	0.2048	-0.1966	0.1465	0.4416	0.0402	0.0334	0.4083	-0.0499	0.3729	22.8553	18.387	197.0863
16	1.6778	0.2135	-0.0647	2.0038	-0.6234	3.0604	0.2028	-0.2139	0.1828	0.238	-0.0904	-0.1153	-0.3277	0.3465	-0.1061	0.3593	-0.0969	0.0359	0.3615	-0.074	0.3315	56.6456	18.2103	197.5387
17	2.3435	-1.3129	0.0012	0.4906	-0.3719	0.2283	0.3458	0.6288	-0.0146	-0.2048	-0.2663	-0.0275	0.0817	0.0566	-0.0874	0.5179	-0.0534	0.0399	0.611	-0.0592	0.4721	43.7771	27.1818	167.9833
18	3.342	-0.3332	0.8362	1.1245	-0.1799	3.9286	0.158	0.4593	-0.0501	-0.1259	-0.0246	-0.1007	0.0462	0.4905	-0.152	0.4366	-0.0098	0.1046	0.4821	-0.0125	0.4618	58.9565	20.5348	174.2865
19	1.2242	-0.3291	1.1025	1.3547	-1.2213	2.5743	0.1734	0.3339	-0.0167	-0.2224	-0.1713	-0.0289	0.0311	0.4908	-0.0061	0.3783	-0.0373	0.0693	0.5306	-0.1056	0.3939	59.224	21.158	171.8524
20	1.0128	0.1922	0.5988	1.6156	-0.3619	4.5315	0.267	0.2201	0.0571	0.1155	-0.1543	0.4291	-0.4641	-0.2398	-0.123	0.4543	-0.0155	0.0655	0.4504	-0.0422	0.4998	52.7636	30.251	169.9427

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)	A	136 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:336)	A	283 - 336
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 337:365)	A	337 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 366:445)	A	366 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 446:478)	A	446 - 478
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 135:282)	B	135 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 283:336)	B	283 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 337:365)	B	337 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 366:445)	B	366 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 446:477)	B	446 - 477
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 136:282)	C	136 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 283:336)	C	283 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 337:365)	C	337 - 365
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 366:445)	C	366 - 445
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 446:478)	C	446 - 478
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 136:282)	D	136 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 283:336)	D	283 - 336
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 337:365)	D	337 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 366:445)	D	366 - 445
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 446:476)	D	446 - 476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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