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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7puc | ||||||
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Title | CARM1 in complex with EML981 | ||||||
![]() | Histone-arginine methyltransferase CARM1 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE / PRMT4 / CARM1 / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | ![]() histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / estrogen receptor signaling pathway / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / protein localization to chromatin / response to cAMP / nuclear receptor coactivator activity / lysine-acetylated histone binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / methylation / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Cavarelli, J. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction- ...Title: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction-Reconstruction and Fragment-Growing Approach. Authors: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. ...Authors: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / Castellano, S. / Sbardella, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7nudC ![]() 7nueC ![]() 7p2rC ![]() 7ppqC ![]() 7ppyC ![]() 7pu8C ![]() 7puqC ![]() 7pv6C ![]() 5ih3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 40850.457 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() References: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase #2: Chemical | ChemComp-85U / #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 15% PEG 3350, 200mM AMMONIUM SULFATE, 100mM TRIS HCL pH8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 8, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→48.13 Å / Num. obs: 80457 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 45.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.164 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.23 Å / Redundancy: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 2.821 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3971 / CC1/2: 0.511 / Rpim(I) all: 0.843 / Rrim(I) all: 2.95 / % possible all: 87 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5ih3 Resolution: 2.19→48.13 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / Phase error: 27.27 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 179.56 Å2 / Biso mean: 57.8876 Å2 / Biso min: 23.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.19→48.13 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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