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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pu0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Two-Domain Laccase mutant H165A/M199G from Streptomyces griseoflavus | ||||||
要素 | Two-domain laccase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Two-Domain Laccase / laccase / Streptomyces griseoflavus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces griseoflavus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. / Kolyadenko, I. | ||||||
資金援助 | ロシア, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: Engineering the Catalytic Properties of Two-Domain Laccase from Streptomyces griseoflavus Ac-993. 著者: Kolyadenko, I. / Scherbakova, A. / Kovalev, K. / Gabdulkhakov, A. / Tishchenko, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pu0.cif.gz | 337.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pu0.ent.gz | 269.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pu0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pu0_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pu0_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pu0_validation.xml.gz | 60 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pu0_validation.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7pu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7pu0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30752.107 Da / 分子数: 6 / 変異: H165A/M199G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4FJ81, laccase #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15 % v/v PEG Smear High, 0.15 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 85543 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.89 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4591 / CC1/2: 0.52 / % possible all: 98.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LHL 解像度: 2.2→24.74 Å / SU ML: 0.1996 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.9568 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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