PDB-7pt3: Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) mutant E493A str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pt3

タイトル

Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) mutant E493A structure in complex with substrate 2-HIB-CoA and inactive cofactor 3-deaza-ThDP

要素

2-hydroxyacyl-CoA lyase

キーワード

LYASE / ThDP / CoA

機能・相同性

Chem-3KK / Chem-TPW

機能・相同性情報

生物種

Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.625 Å

データ登録者

Zahn, M. / Rohwerder, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic details of the actinobacterial lyase-catalyzed degradation reaction of 2-hydroxyisobutyryl-CoA.
著者: Zahn, M. / Konig, G. / Pham, H.V.C. / Seroka, B. / Lazny, R. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Lotowski, Z. / Rohwerder, T.

履歴

登録	2021年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pt3.cif.gz	748.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pt3.ent.gz	599.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pt3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pt3_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pt3_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7pt3_validation.xml.gz	49.5 KB	表示
CIF形式データ	7pt3_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pt1C 7pt2C 7pt4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7pt2-1 7pt1-1 2q27-1 2ji9-1 2c31-1 2uz1-d 2pgo-1 7pt4-1 1534 2ag1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
266 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.915, 146.718, 174.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 16 - 586 / Label seq-ID: 27 - 597

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	2-hydroxyacyl-CoA lyase 分子量: 65304.113 Da / 分子数: 2 / 変異: E493A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-TPW / 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 3-DEAZA-THDP / 3-デアザチアミン二りん酸分子量: 423.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₃O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-3KK / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} 2-hydroxy-2-methylpropanethioate / 2-Hydroxyisobutyryl-Coenzyme A 分子量: 853.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 969 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M SPG buffer pH 6.0, 5 mM 3-deaza-ThDP, 1 mM 2-hydroxybutyryl-CoA, 5 mM MgCl2, 5 mM ADP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.625→87.207 Å / Num. obs: 102472 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.625→1.78 Å / R_merge(I) obs: 1.624 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5125 / CC_1/2: 0.686 / R_pim(I) all: 0.481

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.625→87.206 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / WR_factor R_free: 0.163 / WR_factor R_work: 0.136 / SU B: 4.038 / SU ML: 0.07 / Average fsc free: 0.9332 / Average fsc work: 0.9406 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1858	5146	5.022 %
R_work	0.1537	97325	-
all	0.155	-	-
obs	-	102471	61.458 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.029 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.086 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.154 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.068 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.625→87.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8594	0	163	969	9726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	8960
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	8482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.778	1.647	12245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.502	1.586	19434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.922	5	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.584	20.417	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.643	15	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.169	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	10442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	8693
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	4455
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.139	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.033	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.296	1.895	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.287	1.894	4591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.931	2.837	5739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.931	2.837	5740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.046	2.131	4368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.046	2.131	4369
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.108	3.112	6501
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.107	3.112	6502
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.944	24.201	10271
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.752	23.667	10015
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.057	0.05	18475

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05741	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05741	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.625-1.667	0.234	27	0.239	405	0.239	12251	0.881	0.876	3.5262	0.232
1.667-1.712	0.266	63	0.243	999	0.244	11876	0.84	0.85	8.9424	0.234
1.712-1.762	0.243	122	0.242	2316	0.242	11656	0.858	0.858	20.9163	0.231
1.762-1.816	0.257	216	0.239	3510	0.24	11257	0.869	0.873	33.0994	0.224
1.816-1.876	0.262	191	0.215	4133	0.217	10939	0.875	0.893	39.5283	0.195
1.876-1.942	0.243	274	0.202	4864	0.204	10584	0.893	0.912	48.545	0.178
1.942-2.015	0.227	332	0.194	5516	0.196	10196	0.913	0.916	57.3558	0.165
2.015-2.097	0.235	315	0.188	6312	0.191	9853	0.91	0.918	67.2587	0.157
2.097-2.19	0.219	357	0.179	6696	0.181	9453	0.924	0.931	74.6112	0.146
2.19-2.297	0.192	349	0.169	7054	0.17	9048	0.939	0.938	81.8192	0.133
2.297-2.421	0.203	358	0.167	7386	0.169	8614	0.936	0.942	89.9002	0.132
2.421-2.568	0.201	415	0.161	7429	0.163	8162	0.94	0.947	96.1039	0.13
2.568-2.745	0.211	401	0.154	7239	0.157	7647	0.944	0.957	99.9085	0.127
2.745-2.965	0.177	343	0.147	6830	0.149	7174	0.958	0.963	99.9861	0.126
2.965-3.247	0.195	324	0.151	6287	0.153	6613	0.954	0.964	99.9698	0.136
3.247-3.63	0.177	290	0.146	5689	0.148	5980	0.969	0.974	99.9833	0.139
3.63-4.19	0.16	247	0.135	5054	0.136	5301	0.973	0.977	100	0.13
4.19-5.129	0.132	220	0.112	4302	0.113	4522	0.982	0.984	100	0.114
5.129-7.241	0.174	187	0.138	3362	0.14	3549	0.977	0.98	100	0.139
7.241-87.206	0.129	115	0.145	1942	0.144	2058	0.978	0.977	99.9514	0.163

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1003	0.0093	0.0732	0.0128	0.0192	0.106	-0.0434	-0.0099	0.0367	-0.0071	-0.0148	0.0141	-0.0157	-0.033	0.0582	0.0287	0.0023	-0.0094	0.0194	-0.0221	0.035	-24.6937	-20.6922	32.5721
2	0.1211	-0.0159	0.0777	0.0703	0.0396	0.0961	-0.0381	0.0584	0.0253	0.0037	-0.0024	0.017	-0.0181	0.0456	0.0406	0.019	-0.015	-0.0017	0.0309	0.0178	0.0188	7.1787	-29.8487	17.5083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	15 - 588
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	701
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	16 - 587
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	701

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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