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Yorodumi- PDB-7pt1: Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) structure in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pt1 | ||||||
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Title | Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) structure in complex with substrate 2-HIB-CoA and inactive cofactor 3-deaza-ThDP | ||||||
Components | 2-hydroxyacyl-CoA lyase | ||||||
Keywords | LYASE / ThDP / CoA | ||||||
Function / homology | Chem-3KK / Chem-TPW Function and homology information | ||||||
Biological species | Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.553 Å | ||||||
Authors | Zahn, M. / Rohwerder, T. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022 Title: Mechanistic details of the actinobacterial lyase-catalyzed degradation reaction of 2-hydroxyisobutyryl-CoA. Authors: Zahn, M. / Konig, G. / Pham, H.V.C. / Seroka, B. / Lazny, R. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Lotowski, Z. / Rohwerder, T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pt1.cif.gz | 741.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pt1.ent.gz | 592.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7pt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7pt1_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7pt1_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | 7pt1_validation.xml.gz | 50 KB | Display | |
Data in CIF | 7pt1_validation.cif.gz | 76.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7pt2C 7pt3C 7pt4C 4rjiS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 16 - 586 / Label seq-ID: 27 - 597
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-Components
#1: Protein | Mass: 65362.152 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (bacteria) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: enoyl-CoA hydratase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 25% PEG 1500, 0.1 M MIB buffer (sodium malonate dibasic monohydrate, imidazole, boric acid) pH 6.0 5 mM 3-deazathiamin diphosphate, 1 mM 2-Hydroxyisobutyryl-CoA, 5 mM MgCl2, 5 mM ADP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 15, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.553→87.374 Å / Num. obs: 100209 / % possible obs: 89.4 % / Redundancy: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 10.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.553→1.752 Å / Rmerge(I) obs: 1.537 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5010 / CC1/2: 0.644 / Rpim(I) all: 0.473 / % possible all: 60.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4RJI Resolution: 1.553→87.374 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.187 / WRfactor Rwork: 0.152 / SU B: 3.791 / SU ML: 0.069 / Average fsc free: 0.9233 / Average fsc work: 0.9314 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.122 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.939 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.553→87.374 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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