PDB-7pt2: Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) mutant E493Q str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pt2

タイトル

Actinobacterial 2-hydroxyacyl-CoA lyase (AcHACL) mutant E493Q structure in complex with substrate 2-HIB-CoA and inactive cofactor 3-deaza-ThDP

要素

2-hydroxyacyl-CoA lyase

キーワード

LYASE / ThDP / CoA

機能・相同性

Chem-3KK / Chem-TPW

機能・相同性情報

生物種

Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.762 Å

データ登録者

Zahn, M. / Rohwerder, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic details of the actinobacterial lyase-catalyzed degradation reaction of 2-hydroxyisobutyryl-CoA.
著者: Zahn, M. / Konig, G. / Pham, H.V.C. / Seroka, B. / Lazny, R. / Yang, G. / Ouerfelli, O. / Lotowski, Z. / Rohwerder, T.

履歴

登録	2021年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.year
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pt2.cif.gz	781.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pt2.ent.gz	630.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7pt2_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pt2_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7pt2_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	7pt2_validation.cif.gz	76.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7pt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pt1C 7pt3C 7pt4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7pt3-1 7pt1-1 2q27-1 2ji9-1 7pt4-1 2pgo-1 2ji8-1 2c31-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

B: 2-hydroxyacyl-CoA lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
267 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.674, 145.481, 174.198
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 16 - 586 / Label seq-ID: 27 - 597

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	2-hydroxyacyl-CoA lyase 分子量: 65361.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Actinomycetospora chiangmaiensis DSM 45062 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: enoyl-CoA hydratase
#2: 化合物	ChemComp-TPW / 2-{4-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-METHYLTHIOPHEN-2-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / 3-DEAZA-THDP / 3-デアザチアミン二りん酸分子量: 423.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₃O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-3KK / S-{(3R,5R,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5-dioxido-10,14-dioxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} 2-hydroxy-2-methylpropanethioate / 2-Hydroxyisobutyryl-Coenzyme A 分子量: 853.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₂N₇O₁₈P₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1003 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG 1500, 0.1 M MIB buffer pH 7.0, 5 mM 3-deazathiamin diphosphate, 1 mM 2-Hydroxybutyryl-CoA, 5 mM MgCl2, 5 mM ADP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.762→87.099 Å / Num. obs: 83716 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.762→1.961 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 1.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4186 / CC_1/2: 0.736 / R_pim(I) all: 0.433 / % possible all: 71.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.762→87.099 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.161 / WR_factor R_work: 0.127 / SU B: 5.901 / SU ML: 0.093 / Average fsc free: 0.9292 / Average fsc work: 0.9402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.135 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1854	4266	5.096 %
R_work	0.1466	79450	-
all	0.149	-	-
obs	-	83716	64.65 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.748 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.106 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.095 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.762→87.099 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8602	0	164	1003	9769

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	8961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	8484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.849	1.647	12244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.445	1.586	19436
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.848	5	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.708	20.437	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.824	15	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.203	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1978
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	8624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	4357
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.098	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.025	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.229	2.016	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.228	2.016	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.844	3.019	5736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.844	3.019	5737
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.989	2.243	4369
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.988	2.243	4370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.057	3.283	6504
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.057	3.283	6505
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.142	26.125	10331
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.978	25.44	10035
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	18391

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05871	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05871	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.762-1.808	0.321	9	0.282	151	0.284	9495	0.754	0.777	1.6851	0.275
1.808-1.857	0.285	25	0.252	705	0.253	9270	0.793	0.838	7.8749	0.239
1.857-1.911	0.305	59	0.223	1238	0.226	9002	0.85	0.872	14.4079	0.209
1.911-1.97	0.267	116	0.231	2336	0.233	8734	0.848	0.866	28.0742	0.213
1.97-2.034	0.257	219	0.225	3613	0.227	8503	0.866	0.875	45.0664	0.202
2.034-2.106	0.225	240	0.203	4405	0.204	8214	0.887	0.904	56.5498	0.178
2.106-2.185	0.235	250	0.193	4926	0.195	7943	0.899	0.914	65.1643	0.165
2.185-2.274	0.223	312	0.19	5476	0.192	7643	0.906	0.916	75.7294	0.154
2.274-2.375	0.234	334	0.187	6175	0.189	7314	0.9	0.919	88.9937	0.147
2.375-2.491	0.215	356	0.177	6476	0.179	7047	0.923	0.93	96.9491	0.141
2.491-2.626	0.199	349	0.162	6304	0.164	6679	0.934	0.946	99.6107	0.13
2.626-2.785	0.212	310	0.148	6006	0.152	6316	0.942	0.956	100	0.121
2.785-2.977	0.183	308	0.137	5667	0.139	5977	0.955	0.965	99.9665	0.115
2.977-3.215	0.177	288	0.14	5259	0.142	5548	0.96	0.966	99.982	0.123
3.215-3.521	0.176	256	0.139	4868	0.141	5124	0.968	0.973	100	0.129
3.521-3.936	0.169	250	0.132	4408	0.134	4658	0.969	0.977	100	0.126
3.936-4.544	0.145	192	0.11	3954	0.112	4146	0.98	0.983	100	0.107
4.544-5.561	0.143	187	0.104	3328	0.106	3515	0.979	0.985	100	0.107
5.561-7.848	0.161	124	0.129	2635	0.131	2759	0.972	0.979	100	0.131
7.848-87.099	0.164	82	0.143	1520	0.144	1605	0.974	0.974	99.8131	0.162

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.522	-0.11	0.0103	0.2842	0.0377	0.6645	-0.0581	0.0036	0.0827	-0.0158	-0.0175	0.0736	-0.0766	-0.0918	0.0756	0.0172	0.0107	-0.0254	0.0151	-0.0138	0.0505	-24.6642	-20.3033	32.4404
2	0.5843	-0.1172	0.0931	0.2847	0.1021	0.5176	-0.0433	0.1259	0.026	-0.06	-0.0103	-0.023	-0.0075	0.0844	0.0537	0.0242	-0.0124	0.0052	0.0471	0.0179	0.0129	7.1894	-29.465	17.4642

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	15 - 588
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	701
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	16 - 587
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	701

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関連情報:EMDBヘッダ

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