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- PDB-7prw: The glucocorticoid receptor in complex with velsecorat, a PGC1a c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7prw
タイトルThe glucocorticoid receptor in complex with velsecorat, a PGC1a coactivator fragment and sgk 23bp
要素
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*C)-3')
  • Glucocorticoid receptor
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / nuclear receptor / ligand-activated transcription factor / multi-domain / complex / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / positive regulation of fatty acid oxidation ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / Regulation of NPAS4 gene transcription / regulation of glucocorticoid biosynthetic process / nuclear glucocorticoid receptor activity / steroid hormone binding / glucocorticoid metabolic process / response to cortisol / PTK6 Expression / neuroinflammatory response / positive regulation of fatty acid oxidation / mammary gland duct morphogenesis / microglia differentiation / cellular respiration / maternal behavior / astrocyte differentiation / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / adrenal gland development / regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / cellular response to steroid hormone stimulus / temperature homeostasis / response to starvation / lncRNA binding / response to muscle activity / intracellular glucose homeostasis / response to dietary excess / fatty acid oxidation / motor behavior / energy homeostasis / estrogen response element binding / adipose tissue development / cellular response to dexamethasone stimulus / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / core promoter sequence-specific DNA binding / digestion / steroid binding / positive regulation of gluconeogenesis / RNA splicing / SUMOylation of transcription cofactors / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / nuclear receptor binding / gluconeogenesis / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / synaptic transmission, glutamatergic / chromosome segregation / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / Hsp90 protein binding / promoter-specific chromatin binding / circadian regulation of gene expression / chromatin DNA binding / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / PML body / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / spindle / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / mRNA processing / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein stabilization / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrial matrix / DNA-binding transcription factor activity / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Glucocorticoid receptor / Glucocorticoid receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Velsecorat / DNA / DNA (> 10) / Glucocorticoid receptor / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Postel, S. / Edman, K. / Wissler, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Quaternary glucocorticoid receptor structure highlights allosteric interdomain communication.
著者: Postel, S. / Wissler, L. / Johansson, C.A. / Gunnarsson, A. / Gordon, E. / Collins, B. / Castaldo, M. / Kohler, C. / Oling, D. / Johansson, P. / Froderberg Roth, L. / Beinsteiner, B. / ...著者: Postel, S. / Wissler, L. / Johansson, C.A. / Gunnarsson, A. / Gordon, E. / Collins, B. / Castaldo, M. / Kohler, C. / Oling, D. / Johansson, P. / Froderberg Roth, L. / Beinsteiner, B. / Dainty, I. / Delaney, S. / Klaholz, B.P. / Billas, I.M.L. / Edman, K.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucocorticoid receptor
B: Glucocorticoid receptor
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*A)-3')
F: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,25217
ポリマ－105,4055
非ポリマー1,84712
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10880 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area35810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.21, 122.724, 130.449
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 7064.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*CP*AP*GP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*CP*GP*A)-3')


分子量: 7055.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Glucocorticoid receptor / GR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 1


分子量: 44511.457 Da / 分子数: 2 / 変異: S404A, N517D, V571M, F602S, C638D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C1, GRL / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04150
#4: タンパク質・ペプチド Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PGC-1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6 / PGC1a ...PGC-1-alpha / PPAR-gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6 / PGC1a coactivator fragment


分子量: 2261.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2

-
非ポリマー , 4種, 76分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-82H / Velsecorat / 3-[5-[(1R,2S)-2-(2,2-difluoropropanoylamino)-1-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)propoxy]indazol-1-yl]-N-[(3R)-oxolan-3-yl]benzamide / 3-[5-[(1R,2S)-2-[2,2-bis(fluoranyl)propanoylamino]-1-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)propoxy]indazol-1-yl]-N-[(3R)-oxolan-3-yl]benzamide


分子量: 606.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H32F2N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8.6 % PEG3350, 0.3 M 1,6-hexanediol, 0.1 M guanidine hydrochloride, 2 % 2,2,2-trifluoroethanol, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.502→89.385 Å / Num. obs: 23070 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.502→2.872 Å / Rmerge(I) obs: 0.792 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1154 / CC1/2: 0.744 / Rpim(I) all: 0.373 / Rrim(I) all: 0.878

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROC1.1.7data processing
autoPROC1.1.7データスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G9O, 4P6W

3g9o

4p6w


解像度: 2.502→89.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.428
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2632 1160 -RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2048 23070 51.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.6505 Å20 Å20 Å2
2---6.9762 Å20 Å2
3----1.6743 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→89.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5299 939 116 64 6418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086585HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.939079HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2199SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes970HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6585HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion835SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4779SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.47
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3854 30 -
Rwork0.2917 --
obs--4.69 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.67544.3161.624112.0646-0.722.3736-0.8516-0.37180.3901-0.37180.40860.66060.39010.66060.443-0.2031-0.1638-0.1240.13980.0190.3302-0.576710.1868-15.191
29.8389-5.11262.624612.7484-1.17952.94360.21041.12460.58111.12460.69260.31350.58110.3135-0.9030.13660.1386-0.2296-0.08290.2960.209-1.7589-13.5096-7.2503
32.94790.5994-0.54174.1326-0.85862.6897-0.07292.4857-0.21692.4857-0.44761.0135-0.21691.01350.5205-0.47620.0941-0.4844-0.99350.08780.041210.93911.4901-1.405
43.77-2.67290.231620.7753-4.98653.6666-0.01992.0522-0.20362.0522-0.47410.7578-0.20360.75780.494-0.50250.1524-0.6223-0.98680.0848-0.10611.70630.4783-2.0961
54.1816-0.0586-0.89918.06971.72126.7559-0.26434.00810.95614.0081-0.0084-0.65380.9561-0.65380.27271.5292-0.02540.30510.69720.0357-0.623-28.4256-1.829817.6901
63.74631.1312-1.12677.5045-0.31847.3765-0.5346-4.41151.2625-4.41150.2116-1.60041.2625-1.60040.32292.371-0.2301-0.23020.6747-0.1247-0.5114-31.7172-1.3526-15.19
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|415-488 }A415 - 488
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|418-488 }B418 - 488
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 23
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 23
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|526-777 }A526 - 777
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|526-777 }B526 - 777

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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