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- PDB-7prq: Structure of the ligand binding domain of the PctD (PA4633) chemo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7prq
タイトルStructure of the ligand binding domain of the PctD (PA4633) chemoreceptor of Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with choline.
要素Probable chemotaxis transducer
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pseudomonas aeruginosa / chemotactic transducer
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase ...Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / PAS domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / Probable chemotaxis transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Matilla, M.A. / Martin-Mora, D. / Krell, T.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-74875-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBio2016-76779-P スペイン
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Chemotaxis of the Human Pathogen Pseudomonas aeruginosa to the Neurotransmitter Acetylcholine.
著者: Matilla, M.A. / Velando, F. / Tajuelo, A. / Martin-Mora, D. / Xu, W. / Sourjik, V. / Gavira, J.A. / Krell, T.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable chemotaxis transducer
B: Probable chemotaxis transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,68412
ポリマ－76,9062
非ポリマー77710
水5,621312
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area25330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.138, 104.864, 118.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable chemotaxis transducer


分子量: 38453.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand binding domain
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA4633 / プラスミド: PET28B+
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HVF8
#2: 化合物 ChemComp-CHT / CHOLINE ION


分子量: 104.171 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→118.6 Å / Num. obs: 48037 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 214721 / Scaling rejects: 105
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.054.41.0434730.6170.5631.18799.7
8.94-118.63.80.0296290.9990.0160.03399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19-4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RaptorX

解像度: 2→78.56 Å / SU ML: 0.2114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.956
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2165 2390 4.98 %
Rwork0.1754 45559 -
obs0.1775 47949 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→78.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4776 0 51 312 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01275176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25687052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0615758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6769753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.040.31441610.30132583X-RAY DIFFRACTION99.53
2.04-2.090.31281330.2512677X-RAY DIFFRACTION99.75
2.09-2.130.28851280.21812643X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.190.23421240.20012655X-RAY DIFFRACTION99.86
2.19-2.250.24111350.19012665X-RAY DIFFRACTION99.82
2.25-2.310.25931390.18692648X-RAY DIFFRACTION99.64
2.31-2.390.23051320.18192642X-RAY DIFFRACTION99.5
2.39-2.470.25321380.17482675X-RAY DIFFRACTION99.96
2.47-2.570.2151220.17242683X-RAY DIFFRACTION99.82
2.57-2.690.25581430.16922675X-RAY DIFFRACTION99.82
2.69-2.830.20421590.16562652X-RAY DIFFRACTION99.93
2.83-3.010.21451380.16982655X-RAY DIFFRACTION99.5
3.01-3.240.24891380.17412696X-RAY DIFFRACTION99.86
3.24-3.570.19271490.15652687X-RAY DIFFRACTION99.72
3.57-4.080.18511280.15222747X-RAY DIFFRACTION99.65
4.08-5.140.17651560.13992733X-RAY DIFFRACTION99.52
5.14-78.560.21391670.20992843X-RAY DIFFRACTION98.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.960907339845.84572232792.392598376346.53661546082.384060590831.52619637772-0.003559740124080.0364585153642-0.3148388848350.04843206945680.143336993934-0.5135545098270.01789504716530.159544224688-0.1553736936930.1993501213240.0584797015436-0.01805903877880.222555543795-0.01779158926690.211225749471-17.84926673276.6210031283122.9445356543
21.387989844490.723488155564-0.00432077137313.13380672062-1.333835833391.72108071075-0.02591239059880.0318376978872-0.0284463428533-0.2277569190160.04579261437360.1242644620520.219359733891-0.130397457896-0.04574247238610.2655716266360.00581812958609-0.03597398933320.225951319857-0.006793142037340.196970714834-40.196008364-6.9323688924314.3090412436
32.412944686411.318904245520.5546656087553.17664924143-0.1797954760272.97525585498-0.1943741005640.350600456262-0.00432627840078-0.7692395123930.2320787526610.2189145807970.12199253744-0.122190590531-0.03525349728860.404538094424-0.0330203366288-0.04380706371590.2684881467050.005296668683120.182004198792-38.3668236713-6.344746977942.00946441508
43.127455803252.763539796190.6069541473113.571836787740.6646507196341.4090320467-0.2083674276040.391451903265-0.0826388282178-0.3846930236320.196270576945-0.2369679194840.1204176167920.1516916985850.01341500323210.2305244872730.05289743009210.02653767256930.2814975822370.008715439292460.18257613346-22.36264387852.320197801028.18930379925
54.29603673639-0.715685528803-0.1091020974712.026356061451.865093951646.79287811616-0.2665679889591.163699010520.241396032917-1.056771905040.462896870574-0.83112411736-0.6178017273580.865972829582-0.2003378584480.366500286426-0.09991264693940.05298224311570.5913084102410.0001122470973120.439310548355-12.476307022713.56810619984.22805916478
65.070365015210.4282198344631.883119290842.038561217981.591970358636.61800190427-0.09828702008651.10839245299-0.447334225163-0.4559248811280.0689052772116-1.169891313030.485575997710.9051723107720.05688104713530.498409480790.1512184532810.1015162513210.658501091731-0.07286676771880.679490590659-0.16289914132212.145938456713.6858769364
74.053926745253.240890131251.488305499386.668063657841.556388947743.103448357430.03700846379210.490732845356-0.2667777498250.04111913304480.236133494576-1.026601563130.1012890727190.383547806059-0.2916509815350.2423065773410.0959741448101-0.01120229142520.327854410533-0.0178038830880.447136439192-5.3967953700216.722897190719.9348677712
87.79443213434.97001060552.332149272483.956504821441.457347420621.205835226920.196552409608-0.1133034386760.3826007124270.380916159857-0.2018323250840.0462262418336-0.002970458872140.1047029476940.03514527756790.255412649090.0172312736227-0.03275925773750.204077698967-0.005724579019870.224489276095-17.491136830314.670623344232.3806344485
95.308925209392.06350533036-0.02426970849623.422636174220.5267847747952.968023123130.06252785637670.0209560833958-0.07082500525660.135681651448-0.134398551440.3378399239970.271252790092-0.2549300918950.04318447284370.2248200033830.0005215680978520.01149712348330.155296366052-0.02929926754830.197143611893-44.0460122079-10.08820983830.5864845795
102.794428861541.349709849151.349655470962.663340060740.427790769115.862960359770.0326782775442-0.466831784580.2069012979970.41312733915-0.1155958204040.315611489777-0.311654681448-0.4005171248180.07425536936450.3038299165570.003261719402460.05853627923690.24813557623-0.05104828564130.232202287331-39.53633545942.7244913081939.7117982301
113.459379716861.212020263710.641822525392.212078753640.456290652280.7919587790680.161692675519-0.3287645901420.1639979606610.559787510291-0.160430501141-0.229751593210.008984320470780.0248624816897-0.00600719737780.4076351278040.00580589081225-0.03189951373510.2732612528380.0110483685570.255931129771-21.89809638038.3485981277743.0257752271
126.981789064851.814882605461.808113879993.157359377230.3297605637912.873886303980.401062458674-0.451323289407-0.06738572879910.662951195497-0.321566834415-0.6306790401810.04648457099610.405081833055-0.04054110887710.420264461101-0.00865099164835-0.1381939372590.2832867702370.003251586287420.342052433075-10.233512989918.809037840442.5516942483
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 25 through 67 )AA25 - 671 - 43
22chain 'A' and (resid 68 through 102 )AA68 - 10244 - 78
33chain 'A' and (resid 103 through 152 )AA103 - 15279 - 128
44chain 'A' and (resid 153 through 241 )AA153 - 241129 - 217
55chain 'A' and (resid 242 through 266 )AA242 - 266218 - 242
66chain 'A' and (resid 267 through 290 )AA267 - 290243 - 266
77chain 'A' and (resid 291 through 328 )AA291 - 328267 - 304
88chain 'B' and (resid 17 through 67 )BF17 - 671 - 51
99chain 'B' and (resid 68 through 152 )BF68 - 15252 - 136
1010chain 'B' and (resid 153 through 205 )BF153 - 205137 - 189
1111chain 'B' and (resid 206 through 280 )BF206 - 280190 - 264
1212chain 'B' and (resid 281 through 332 )BF281 - 332265 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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