PDB-7psg: Structure of the ligand binding domain of the PacA (ECA2226) chem...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7psg

タイトル

Structure of the ligand binding domain of the PacA (ECA2226) chemoreceptor of Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 in complex with betaine.

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pectobacterium atrosepticum / chemotactic transducer

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Matilla, M.A. / Velando, F. / Krell, T.

資金援助

スペイン, 2件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Chemotaxis of the Human Pathogen Pseudomonas aeruginosa to the Neurotransmitter Acetylcholine.
著者: Matilla, M.A. / Velando, F. / Tajuelo, A. / Martin-Mora, D. / Xu, W. / Sourjik, V. / Gavira, J.A. / Krell, T.

履歴

登録	2021年9月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7psg.cif.gz	746.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7psg.ent.gz	523.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7psg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7psg_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7psg_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7psg_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	7psg_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7psg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7prqC 7prrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

D: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Methyl-accepting chemotaxis protein

D: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.776, 83.437, 94.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.861, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 33223.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 (バクテリア) 株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: ECA2226 / プラスミド: PET28B+ 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q6D515
#2: 化合物	ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE 分子量: 118.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.91→61.45 Å / Num. obs: 91911 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 270640 / Scaling rejects: 316

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.91-1.94	3.1	1.309	14089	4596	0.462	0.895	1.591	0.9	99.5
10.46-61.45	2.6	0.026	1505	573	0.992	0.02	0.033	31.2	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19-4092	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MR-Rosetta		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: RoseTTAFold

解像度: 1.91→39.99 Å / SU ML: 0.2536 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.8428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	4616	5.03 %
R_work	0.1851	87117	-
obs	0.1873	91733	98.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→39.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8324	0	56	395	8775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	8710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2769	11900
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0724	1299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0111	1556
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.2239	1218

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.93	0.3804	158	0.3779	2911	X-RAY DIFFRACTION	98.27
1.93-1.95	0.3903	153	0.3517	2919	X-RAY DIFFRACTION	99.13
1.95-1.98	0.3366	158	0.3295	2943	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.98-2	0.3098	134	0.3162	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2-2.03	0.3462	177	0.3055	2905	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.03-2.06	0.3495	163	0.2934	2885	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.06-2.09	0.3631	143	0.289	2946	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.09-2.12	0.3414	149	0.2813	2937	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.12-2.15	0.2798	172	0.2595	2920	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.15-2.19	0.3008	136	0.2309	2932	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.19-2.22	0.2641	160	0.2282	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.22-2.26	0.2287	151	0.2159	2929	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.26-2.31	0.2584	160	0.2122	2921	X-RAY DIFFRACTION	98.85
2.31-2.36	0.2995	153	0.2128	2892	X-RAY DIFFRACTION	98.58
2.36-2.41	0.2801	157	0.2015	2905	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.41-2.46	0.2486	130	0.2023	2957	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.46-2.52	0.221	152	0.2061	2934	X-RAY DIFFRACTION	98.31
2.52-2.59	0.2809	132	0.2143	2869	X-RAY DIFFRACTION	97.82
2.59-2.67	0.2544	156	0.2014	2867	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.67-2.75	0.2269	164	0.1891	2893	X-RAY DIFFRACTION	97.76
2.75-2.85	0.2593	167	0.192	2884	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.85-2.97	0.2561	155	0.197	2866	X-RAY DIFFRACTION	96.36
2.97-3.1	0.2363	142	0.1949	2813	X-RAY DIFFRACTION	94.53
3.1-3.27	0.2425	156	0.1942	2686	X-RAY DIFFRACTION	91.32
3.27-3.47	0.213	154	0.1797	2933	X-RAY DIFFRACTION	98.85
3.47-3.74	0.2286	169	0.1668	2931	X-RAY DIFFRACTION	98.63
3.74-4.11	0.1939	158	0.1508	2918	X-RAY DIFFRACTION	97.99
4.11-4.71	0.1774	147	0.1335	2928	X-RAY DIFFRACTION	97.5
4.71-5.93	0.1506	158	0.1406	2916	X-RAY DIFFRACTION	97.31
5.93-39.99	0.1977	152	0.1665	2977	X-RAY DIFFRACTION	96.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.74174820969	-3.89178692626	2.08953948627	9.326789303	-3.72540010421	3.6485998126	-0.147866306599	0.0121000248528	0.202122814607	-0.00923922906746	0.152692569594	-0.169125670142	-0.277319281811	-0.0325284567375	-0.019548470954	0.381601398207	-0.0540684166295	0.00814474433963	0.35409039293	0.00509019751788	0.241720371239	-15.4243028358	-8.55083310601	-26.5311006706
2	4.68215215381	-1.40757426532	0.533352066448	3.78418254424	-0.247438888813	3.2716250498	0.0464289597201	0.11471683993	-0.670068177185	0.0426236112628	-0.0448386154545	0.342124389933	0.597681039657	-0.237297250864	0.0290584184609	0.419049565204	-0.100741426325	-0.00116235930316	0.297528811673	-0.0255300832767	0.318444823398	-18.0675889992	-34.9684695164	-26.5422357562
3	1.26926436607	-1.39089822617	-0.215182509962	3.43674338313	0.0626164376574	0.847405834028	0.0476255234231	0.245278501837	-0.0198474878946	-0.232417041261	-0.127543423039	0.128570599769	0.00316007232904	-0.00987701260569	0.0823268314729	0.355017846886	-0.0480273597314	-0.0170908725349	0.402668844756	0.0221377937887	0.270518796868	-18.9793299238	-18.2104087814	-35.7057017757
4	2.06005359217	5.60943220392	3.28730207402	4.65805034441	2.62485244811	2.3627970622	0.279158894567	1.02648660199	0.904198826278	-0.246430838747	0.00334282434422	0.272904811296	-0.277976693283	0.41910752756	-0.241081839373	0.778714168065	0.0879068842778	0.00921730018585	0.601933688265	0.0712578984785	0.683237675083	-20.7938269196	-4.55618543128	-46.7138577529
5	2.01075137068	-2.74778391864	2.03218445455	4.63352522331	-2.62892629305	2.32331161992	0.147380529012	0.29251842449	0.212044799796	-0.326810282544	-0.246350363106	-0.15460153098	-0.0928390391399	0.0702158243762	0.111100406194	0.455678479901	-0.00770419778974	-0.0116013451519	0.433509952826	0.0878251024841	0.348337861084	-19.8135306269	0.118620391948	-40.8297463134
6	6.96344310227	-3.20195236677	1.0332131516	7.90734955556	-2.40844904618	6.12979709485	-0.402220986209	-0.518200653533	0.967815239047	0.407144802632	0.206227568381	-0.407489380219	-0.774928978792	-0.252694277046	0.158058559409	0.425710543124	0.00922607209288	-0.0584074963095	0.427143019847	0.0524150966269	0.38666457274	-24.7449706943	6.90187851722	-38.2019703531
7	1.50887202853	0.0795390684106	-0.0240770228775	10.039949609	-5.45475796531	4.2660751402	-0.0884849722838	0.111134040662	0.156081211541	-0.581612842088	0.0470083707655	0.190785276108	0.0571417877402	-0.220814066779	0.122382930719	0.341131228956	-0.0264407457936	-0.0361265547097	0.363283282283	-0.0161043768686	0.255196976597	-16.6090316462	-6.84623067511	-18.8952761439
8	2.47773183826	-0.558726005535	0.116143188458	4.23430816761	0.206421397192	4.29190069608	-0.0308760720905	-0.125899894174	-0.109269371948	0.301379078828	0.00319388018196	-0.263948203015	0.111047377695	0.237053101671	0.0341880020508	0.304128321464	-0.0200567605335	-0.0332840397496	0.326047396503	0.0190307654903	0.268028580214	-8.57739633984	-21.1009911626	-3.06904908331
9	2.16784339754	1.41362806409	-0.211343215481	7.46359639562	-3.39147066851	4.28386070358	0.0672960675929	-0.0470552331525	0.626254130033	0.80321274996	-0.190314925697	0.026657896511	-1.05161603237	0.171694706127	0.135458774822	0.557585834124	-0.0930354423549	-0.0384011154642	0.387979935358	-0.023165609507	0.392888598399	-12.6939363043	5.7163740597	-11.9242809657
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22	4.08282310221	3.91261887657	0.249300981428	8.66275350804	0.446009637346	2.80089735124	0.0916750118611	0.185206737371	-0.847451606875	0.789217308807	0.266663550718	-0.62130733684	0.840779745092	0.011686558231	-0.356680457647	0.685957713775	0.125875407371	-0.0995290288665	0.420457445962	-0.0151105015067	0.439614643093	-19.4611921036	-50.4349159544	24.0464808044

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 18 through 58 )	A	A	18 - 58	1 - 41
2	2	chain 'A' and (resid 59 through 128 )	A	A	59 - 128	42 - 111
3	3	chain 'A' and (resid 129 through 223 )	A	A	129 - 223	112 - 206
4	4	chain 'A' and (resid 224 through 241 )	A	A	224 - 241	207 - 224
5	5	chain 'A' and (resid 242 through 269 )	A	A	242 - 269	225 - 252
6	6	chain 'A' and (resid 270 through 285 )	A	A	270 - 285	253 - 268
7	7	chain 'B' and (resid 18 through 59 )	B	D	18 - 59	1 - 42
8	8	chain 'B' and (resid 60 through 176 )	B	D	60 - 176	43 - 159
9	9	chain 'B' and (resid 177 through 284 )	B	D	177 - 284	160 - 267
10	10	chain 'C' and (resid 18 through 59 )	C	G	18 - 59	1 - 42
11	11	chain 'C' and (resid 60 through 76 )	C	G	60 - 76	43 - 59
12	12	chain 'C' and (resid 77 through 128 )	C	G	77 - 128	60 - 111
13	13	chain 'C' and (resid 129 through 178 )	C	G	129 - 178	112 - 161
14	14	chain 'C' and (resid 179 through 223 )	C	G	179 - 223	162 - 206
15	15	chain 'C' and (resid 224 through 241 )	C	G	224 - 241	207 - 224
16	16	chain 'C' and (resid 242 through 269 )	C	G	242 - 269	225 - 252
17	17	chain 'C' and (resid 270 through 287 )	C	G	270 - 287	253 - 270
18	18	chain 'D' and (resid 18 through 59 )	D	J	18 - 59	1 - 42
19	19	chain 'D' and (resid 60 through 138 )	D	J	60 - 138	43 - 121
20	20	chain 'D' and (resid 139 through 223 )	D	J	139 - 223	122 - 206
21	21	chain 'D' and (resid 224 through 241 )	D	J	224 - 241	207 - 224
22	22	chain 'D' and (resid 242 through 284 )	D	J	242 - 284	225 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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