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- PDB-7prb: Crystal structure of Burkholderia pseudomallei heparanase in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7prb
タイトルCrystal structure of Burkholderia pseudomallei heparanase in complex with covalent inhibitor GR109
要素Glyco_hydro_44 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / carbohydrate / glucuronidase / GH79
機能・相同性: / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Glycoside hydrolase family 44 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Wu, L. / Armstrong, Z. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 7件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2011-AdG-290836 英国
European Research Council (ERC)ERC-2012-AdG-322942 英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) 英国
Israel Science Foundation1021/19 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)STF8184 英国
Royal Society 英国
Wellcome Trust218579/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. / Codee, J.D.C. / Vlodavsky, I. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. / Wu, L.
履歴
登録2021年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyco_hydro_44 domain-containing protein
B: Glyco_hydro_44 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,69411
ポリマ－89,2772
非ポリマー1,4179
水17,853991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, protein elutes as a single peak at expected position for a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area30430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.210, 101.070, 113.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 10 - 445 / Label seq-ID: 2 - 437

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Glyco_hydro_44 domain-containing protein


分子量: 44638.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSL2070 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63T97
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl) ...2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 491.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,1,0/[a2122h-1a_1-5_1*OC^RC^SC^RC^SC^SC^R$3/8O/7O/6O/5O/4CO/13=O_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1/WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C7O5>]{[(1+1)][a-D-GlcpNAc6SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 991 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 14% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→66.06 Å / Num. obs: 220199 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.31→1.34 Å / Rmerge(I) obs: 1.493 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 15818 / CC1/2: 0.682 / Rpim(I) all: 0.534

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5bwi

5bwi


解像度: 1.31→66.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.983 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1855 11043 5.017 %
Rwork0.1657 209063 -
all0.167 --
obs-220106 98.361 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.799 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.858 Å2-0 Å20 Å2
2---0.637 Å2-0 Å2
3----1.221 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→66.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6291 0 90 991 7372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0176214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8971.6549257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6071.58414245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8095915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.70121.776304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.13315888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5681541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2930.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.028820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.25733
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.23357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0860.23294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2830.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3260.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2540.246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0790.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8112.2013606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8022.23605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4813.2994539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4843.34540
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8782.4433143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8772.4433144
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3053.5664718
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3043.5664719
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.61628.3917778
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.34227.3357449
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0860.0513890
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.086410.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.086410.05008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.31-1.3440.3177890.3115010X-RAY DIFFRACTION96.353
1.344-1.3810.3017790.28314731X-RAY DIFFRACTION96.7561
1.381-1.4210.2697400.26414404X-RAY DIFFRACTION97.339
1.421-1.4650.277200.24414009X-RAY DIFFRACTION97.6271
1.465-1.5130.2337210.21913642X-RAY DIFFRACTION97.8473
1.513-1.5660.2227150.20213194X-RAY DIFFRACTION97.9438
1.566-1.6250.2026430.18112834X-RAY DIFFRACTION98.1645
1.625-1.6910.2116410.17412338X-RAY DIFFRACTION98.4974
1.691-1.7660.1956430.1711862X-RAY DIFFRACTION98.7133
1.766-1.8520.195990.16711422X-RAY DIFFRACTION99.0116
1.852-1.9530.1915890.16410852X-RAY DIFFRACTION99.1937
1.953-2.0710.1895550.16610287X-RAY DIFFRACTION99.1949
2.071-2.2140.1915200.169718X-RAY DIFFRACTION99.3595
2.214-2.3910.1714760.1489118X-RAY DIFFRACTION99.6055
2.391-2.6190.1684460.1428397X-RAY DIFFRACTION99.7856
2.619-2.9280.1684040.1467645X-RAY DIFFRACTION99.9379
2.928-3.3810.1653650.1536765X-RAY DIFFRACTION99.9159
3.381-4.140.1613150.1485729X-RAY DIFFRACTION99.7524
4.14-5.8510.162520.1484526X-RAY DIFFRACTION99.8537
5.851-66.060.2291310.192580X-RAY DIFFRACTION98.546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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