PDB-7pr7: Crystal structure of human heparanase in complex with covalent in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pr7

タイトル

Crystal structure of human heparanase in complex with covalent inhibitor VL166

要素

Heparanase 50 kDa subunit
Heparanase 8 kDa subunit

キーワード

CARBOHYDRATE / glycoside hydrolase / glucuronidase / GH79 / heparan sulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / proteoglycan metabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / beta-glucuronidase activity / positive regulation of hair follicle development / HS-GAG degradation / protein transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Wu, L. / Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	英国
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-322942	英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)		英国
Israel Science Foundation	1021/19	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	STF8184	英国
Royal Society		英国
Wellcome Trust	218579/Z/19/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...

履歴

登録	2021年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pr7.cif.gz	211.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pr7.ent.gz	163.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pr7_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pr7_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7pr7_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	7pr7_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pr6C 7pr8C 7pr9C 7prbC 7prtC 7pshC 7psiC 7psjC 7pskC 5e8mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heparanase 50 kDa subunit

B: Heparanase 8 kDa subunit

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, both subunits elute in single peak at expected retention time

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.400, 71.010, 79.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.140, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Heparanase 50 kDa subunit 分子量: 43334.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251
#2: タンパク質	Heparanase 8 kDa subunit 分子量: 8273.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251

-
糖 , 3種, 5分子

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 411.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 332分子

#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.5, 0.1 M MgCl2, 17% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97933 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→52.78 Å / Num. obs: 78665 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 1.341 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5772 / CC_1/2: 0.479 / R_pim(I) all: 0.741 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5e8m

5e8m

解像度: 1.52→46.256 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / WR_factor R_free: 0.2 / WR_factor R_work: 0.175 / SU B: 1.795 / SU ML: 0.061 / Average fsc free: 0.8827 / Average fsc work: 0.8871 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1882	3946	5.018 %
R_work	0.1656	74697	-
all	0.167	-	-
obs	-	78643	99.816 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.372 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.422 Å²	-0 Å²	1.186 Å²
2-	-	-0.918 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.706 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→46.256 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3643	0	122	324	4089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.683	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.434	1.609	8624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.805	5	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.727	21.858	183
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.812	15	654
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.983	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.136	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.267	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.307	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.789	3.129	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.785	3.126	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.803	4.68	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.804	4.683	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.111	3.676	2039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.11	3.676	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.141	5.316	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.14	5.317	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.509	38.107	4318
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.508	38.116	4319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.52-1.559	0.318	274	0.315	5490	X-RAY DIFFRACTION	99.775
1.559-1.602	0.291	269	0.286	5416	X-RAY DIFFRACTION	99.9824
1.602-1.649	0.269	286	0.26	5193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.649-1.699	0.265	293	0.241	5067	X-RAY DIFFRACTION	99.9813
1.699-1.755	0.268	244	0.223	4899	X-RAY DIFFRACTION	99.9611
1.755-1.817	0.226	228	0.196	4796	X-RAY DIFFRACTION	99.9602
1.817-1.885	0.211	259	0.18	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
1.885-1.962	0.203	248	0.177	4382	X-RAY DIFFRACTION	99.8921
1.962-2.049	0.198	196	0.166	4285	X-RAY DIFFRACTION	99.9331
2.049-2.149	0.2	189	0.162	4057	X-RAY DIFFRACTION	99.8119
2.149-2.265	0.213	222	0.159	3868	X-RAY DIFFRACTION	99.8048
2.265-2.403	0.2	175	0.158	3658	X-RAY DIFFRACTION	99.7398
2.403-2.568	0.163	220	0.149	3416	X-RAY DIFFRACTION	99.8353
2.568-2.774	0.187	205	0.158	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.7313
2.774-3.038	0.189	145	0.16	2978	X-RAY DIFFRACTION	99.7126
3.038-3.396	0.186	140	0.169	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.717
3.396-3.92	0.19	124	0.159	2335	X-RAY DIFFRACTION	99.3134
3.92-4.799	0.131	120	0.122	1977	X-RAY DIFFRACTION	99.5254
4.799-6.774	0.185	64	0.161	1595	X-RAY DIFFRACTION	99.5201
6.774-46.256	0.151	45	0.151	881	X-RAY DIFFRACTION	99.0374

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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