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- PDB-7pr3: Cocrystal Form I of a cytochrome c, sulfonato-thiacalix[4]arene -... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pr3
タイトルCocrystal Form I of a cytochrome c, sulfonato-thiacalix[4]arene - zinc cluster
要素Cytochrome c iso-1
キーワードELECTRON TRANSPORT / calixarene / molecular glue / synthetic receptor / alpha helix / thiacalixarene / metal cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cardiolipin binding / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
sulfonato-thiacalix[4]arene / HEME C / PHOSPHATE ION / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Flood, R.J. / Ramberg, K. / Guagnini, F. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 3件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland12/RC/2275_P2 アイルランド
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
Irish Research CouncilGOIPD/2019/513 アイルランド
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2022
タイトル: Protein Frameworks with Thiacalixarene and Zinc.
著者: Flood, R.J. / Ramberg, K.O. / Mengel, D.B. / Guagnini, F. / Crowley, P.B.
履歴
登録2021年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
B: Cytochrome c iso-1
C: Cytochrome c iso-1
D: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,27153
ポリマ－48,1674
非ポリマー10,10449
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11380 Å2
ΔGint-1175 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.135, 79.772, 105.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cytochrome c iso-1


分子量: 12041.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044

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非ポリマー , 5種, 121分子

#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-80M / sulfonato-thiacalix[4]arene / 25,26,27,28-テトラヒドロキシ-2,8,14,20-テトラチアペンタシクロ[19.3.1.13,7(以下略)


分子量: 816.894 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H16O16S8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 5.6, 30 mM zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→63.5 Å / Num. obs: 21540 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.363 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.4 Å / Num. unique obs: 1057 / CC1/2: 0.791

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LYC

5lyc


解像度: 2.37→63.55 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 1132 5.27 %
Rwork0.2074 20332 -
obs0.2098 21464 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.1 Å2 / Biso mean: 36.9177 Å2 / Biso min: 24.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.37→63.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3364 0 580 72 4016
Biso mean--38.47 33.37 -
残基数----428
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.37-2.480.32041460.273924922638100
2.48-2.610.27571530.250824852638100
2.61-2.770.30691290.236725232652100
2.77-2.990.30851400.23925092649100
2.99-3.290.29391480.243825112659100
3.29-3.760.26071680.217725092677100
3.76-4.740.19691210.174126012722100
4.74-63.550.19631270.1612702282999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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