PDB-7pq9: Crystal structure of Bacillus clausii pdxR at 2.8 Angstroms resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pq9

タイトル

Crystal structure of Bacillus clausii pdxR at 2.8 Angstroms resolution

要素

PLP-dependent aminotransferase family protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Bacillus clausii / MocR / PdxR / pyridoxal 5'-phosphate biosynthesis / transcriptional regulation / apo

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / :

機能・相同性情報

生物種

Alkalihalobacillus clausii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Vivoli Vega, M. / Isupov, M.N. / Harmer, N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the DNA recognition mechanism by the bacterial transcription factor PdxR.
著者: Ida Freda / Cécile Exertier / Anna Barile / Antonio Chaves-Sanjuan / Mirella Vivoli Vega / Michail N Isupov / Nicholas J Harmer / Elena Gugole / Paolo Swuec / Martino Bolognesi / Anita ...
要旨: Specificity in protein-DNA recognition arises from the synergy of several factors that stem from the structural and chemical signatures encoded within the targeted DNA molecule. Here, we deciphered ...

履歴

登録	2021年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pq9.cif.gz	796.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pq9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pq9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pq9_validation.pdf.gz	781.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pq9_full_validation.pdf.gz	855.5 KB	表示
XML形式データ	7pq9_validation.xml.gz	130.4 KB	表示
CIF形式データ	7pq9_validation.cif.gz	172 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14778C 14801C 14852C 14960C 7zlaC 7zn5C 7zpaC 7zthC 4mgrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: PLP-dependent aminotransferase family protein

BBB: PLP-dependent aminotransferase family protein

CCC: PLP-dependent aminotransferase family protein

DDD: PLP-dependent aminotransferase family protein

EEE: PLP-dependent aminotransferase family protein

FFF: PLP-dependent aminotransferase family protein

GGG: PLP-dependent aminotransferase family protein

HHH: PLP-dependent aminotransferase family protein

III: PLP-dependent aminotransferase family protein

JJJ: PLP-dependent aminotransferase family protein

KKK: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

610 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: PLP-dependent aminotransferase family protein

BBB: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomers A and B, C and D, E and F, G and H form dimers in the asymmetric unit, monomers I and J form dimers with their crystallographic dyad counterparts. Monomer K is the ...根拠: gel filtration, Monomers A and B, C and D, E and F, G and H form dimers in the asymmetric unit, monomers I and J form dimers with their crystallographic dyad counterparts. Monomer K is the only well defined N-terminal domain out of 10 present in the xtal, not clear which monomer out of 10 it belongs to.
111 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: PLP-dependent aminotransferase family protein

DDD: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー

3

EEE: PLP-dependent aminotransferase family protein

FFF: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー

4

GGG: PLP-dependent aminotransferase family protein

HHH: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー

5

III: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

III: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー

6

JJJ: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

JJJ: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー

7

KKK: PLP-dependent aminotransferase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.3 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	250.840, 250.840, 370.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	ARG	ARG	AAA	A	103 - 468	103 - 468
2	2	1	ASP	ASP	ARG	ARG	BBB	B	103 - 468	103 - 468
3	3	2	ASP	ASP	GLY	GLY	AAA	A	103 - 469	103 - 469
4	4	2	ASP	ASP	GLY	GLY	CCC	C	103 - 469	103 - 469
5	5	3	ASP	ASP	PRO	PRO	AAA	A	103 - 467	103 - 467
6	6	3	ASP	ASP	PRO	PRO	DDD	D	103 - 467	103 - 467
7	7	4	ASP	ASP	LEU	LEU	AAA	A	103 - 465	103 - 465
8	8	4	ASP	ASP	LEU	LEU	EEE	E	103 - 465	103 - 465
9	9	5	ASP	ASP	VAL	VAL	AAA	A	103 - 466	103 - 466
10	10	5	ASP	ASP	VAL	VAL	FFF	F	103 - 466	103 - 466
11	11	6	ASP	ASP	ARG	ARG	AAA	A	103 - 468	103 - 468
12	12	6	ASP	ASP	ARG	ARG	GGG	G	103 - 468	103 - 468
13	13	7	THR	THR	VAL	VAL	AAA	A	104 - 466	104 - 466
14	14	7	THR	THR	VAL	VAL	HHH	H	104 - 466	104 - 466
15	15	8	THR	THR	ARG	ARG	AAA	A	104 - 468	104 - 468
16	16	8	THR	THR	ARG	ARG	III	I	104 - 468	104 - 468
17	17	9	THR	THR	VAL	VAL	AAA	A	104 - 466	104 - 466
18	18	9	THR	THR	VAL	VAL	JJJ	J	104 - 466	104 - 466
19	19	10	ASP	ASP	ARG	ARG	BBB	B	103 - 468	103 - 468
20	20	10	ASP	ASP	ARG	ARG	CCC	C	103 - 468	103 - 468
21	21	11	ASP	ASP	PRO	PRO	BBB	B	103 - 467	103 - 467
22	22	11	ASP	ASP	PRO	PRO	DDD	D	103 - 467	103 - 467
23	23	12	ASP	ASP	LEU	LEU	BBB	B	103 - 465	103 - 465
24	24	12	ASP	ASP	LEU	LEU	EEE	E	103 - 465	103 - 465
25	25	13	ASP	ASP	VAL	VAL	BBB	B	103 - 466	103 - 466
26	26	13	ASP	ASP	VAL	VAL	FFF	F	103 - 466	103 - 466
27	27	14	ASP	ASP	SER	SER	BBB	B	103 - 470	103 - 470
28	28	14	ASP	ASP	SER	SER	GGG	G	103 - 470	103 - 470
29	29	15	THR	THR	VAL	VAL	BBB	B	104 - 466	104 - 466
30	30	15	THR	THR	VAL	VAL	HHH	H	104 - 466	104 - 466
31	31	16	THR	THR	GLY	GLY	BBB	B	104 - 469	104 - 469
32	32	16	THR	THR	GLY	GLY	III	I	104 - 469	104 - 469
33	33	17	THR	THR	VAL	VAL	BBB	B	104 - 466	104 - 466
34	34	17	THR	THR	VAL	VAL	JJJ	J	104 - 466	104 - 466
35	35	18	ASP	ASP	PRO	PRO	CCC	C	103 - 467	103 - 467
36	36	18	ASP	ASP	PRO	PRO	DDD	D	103 - 467	103 - 467
37	37	19	ASP	ASP	LEU	LEU	CCC	C	103 - 465	103 - 465
38	38	19	ASP	ASP	LEU	LEU	EEE	E	103 - 465	103 - 465
39	39	20	ASP	ASP	VAL	VAL	CCC	C	103 - 466	103 - 466
40	40	20	ASP	ASP	VAL	VAL	FFF	F	103 - 466	103 - 466
41	41	21	ASP	ASP	ARG	ARG	CCC	C	103 - 468	103 - 468
42	42	21	ASP	ASP	ARG	ARG	GGG	G	103 - 468	103 - 468
43	43	22	THR	THR	VAL	VAL	CCC	C	104 - 466	104 - 466
44	44	22	THR	THR	VAL	VAL	HHH	H	104 - 466	104 - 466
45	45	23	THR	THR	ARG	ARG	CCC	C	104 - 468	104 - 468
46	46	23	THR	THR	ARG	ARG	III	I	104 - 468	104 - 468
47	47	24	THR	THR	VAL	VAL	CCC	C	104 - 466	104 - 466
48	48	24	THR	THR	VAL	VAL	JJJ	J	104 - 466	104 - 466
49	49	25	ASP	ASP	LEU	LEU	DDD	D	103 - 465	103 - 465
50	50	25	ASP	ASP	LEU	LEU	EEE	E	103 - 465	103 - 465
51	51	26	ASP	ASP	VAL	VAL	DDD	D	103 - 466	103 - 466
52	52	26	ASP	ASP	VAL	VAL	FFF	F	103 - 466	103 - 466
53	53	27	ASP	ASP	PRO	PRO	DDD	D	103 - 467	103 - 467
54	54	27	ASP	ASP	PRO	PRO	GGG	G	103 - 467	103 - 467
55	55	28	THR	THR	VAL	VAL	DDD	D	104 - 466	104 - 466
56	56	28	THR	THR	VAL	VAL	HHH	H	104 - 466	104 - 466
57	57	29	THR	THR	PRO	PRO	DDD	D	104 - 467	104 - 467
58	58	29	THR	THR	PRO	PRO	III	I	104 - 467	104 - 467
59	59	30	THR	THR	VAL	VAL	DDD	D	104 - 466	104 - 466
60	60	30	THR	THR	VAL	VAL	JJJ	J	104 - 466	104 - 466
61	61	31	ASP	ASP	LEU	LEU	EEE	E	103 - 465	103 - 465
62	62	31	ASP	ASP	LEU	LEU	FFF	F	103 - 465	103 - 465
63	63	32	ASP	ASP	LEU	LEU	EEE	E	103 - 465	103 - 465
64	64	32	ASP	ASP	LEU	LEU	GGG	G	103 - 465	103 - 465
65	65	33	THR	THR	LEU	LEU	EEE	E	104 - 465	104 - 465
66	66	33	THR	THR	LEU	LEU	HHH	H	104 - 465	104 - 465
67	67	34	THR	THR	LEU	LEU	EEE	E	104 - 465	104 - 465
68	68	34	THR	THR	LEU	LEU	III	I	104 - 465	104 - 465
69	69	35	THR	THR	LEU	LEU	EEE	E	104 - 465	104 - 465
70	70	35	THR	THR	LEU	LEU	JJJ	J	104 - 465	104 - 465
71	71	36	ASP	ASP	VAL	VAL	FFF	F	103 - 466	103 - 466
72	72	36	ASP	ASP	VAL	VAL	GGG	G	103 - 466	103 - 466
73	73	37	THR	THR	VAL	VAL	FFF	F	104 - 466	104 - 466
74	74	37	THR	THR	VAL	VAL	HHH	H	104 - 466	104 - 466
75	75	38	THR	THR	VAL	VAL	FFF	F	104 - 466	104 - 466
76	76	38	THR	THR	VAL	VAL	III	I	104 - 466	104 - 466
77	77	39	THR	THR	VAL	VAL	FFF	F	104 - 466	104 - 466
78	78	39	THR	THR	VAL	VAL	JJJ	J	104 - 466	104 - 466
79	79	40	THR	THR	VAL	VAL	GGG	G	104 - 466	104 - 466
80	80	40	THR	THR	VAL	VAL	HHH	H	104 - 466	104 - 466
81	81	41	THR	THR	GLY	GLY	GGG	G	104 - 469	104 - 469
82	82	41	THR	THR	GLY	GLY	III	I	104 - 469	104 - 469
83	83	42	THR	THR	VAL	VAL	GGG	G	104 - 466	104 - 466
84	84	42	THR	THR	VAL	VAL	JJJ	J	104 - 466	104 - 466
85	85	43	THR	THR	VAL	VAL	HHH	H	104 - 466	104 - 466
86	86	43	THR	THR	VAL	VAL	III	I	104 - 466	104 - 466
87	87	44	THR	THR	PRO	PRO	HHH	H	104 - 467	104 - 467
88	88	44	THR	THR	PRO	PRO	JJJ	J	104 - 467	104 - 467
89	89	45	THR	THR	VAL	VAL	III	I	104 - 466	104 - 466
90	90	45	THR	THR	VAL	VAL	JJJ	J	104 - 466	104 - 466

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60
31	Local NCS retraints between domains: 61 62
32	Local NCS retraints between domains: 63 64
33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70
36	Local NCS retraints between domains: 71 72
37	Local NCS retraints between domains: 73 74
38	Local NCS retraints between domains: 75 76
39	Local NCS retraints between domains: 77 78
40	Local NCS retraints between domains: 79 80
41	Local NCS retraints between domains: 81 82
42	Local NCS retraints between domains: 83 84
43	Local NCS retraints between domains: 85 86
44	Local NCS retraints between domains: 87 88
45	Local NCS retraints between domains: 89 90

-
タンパク質 , 1種, 11分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHHIIIJJJKKK

#1: タンパク質	PLP-dependent aminotransferase family protein 分子量: 55271.004 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alkalihalobacillus clausii (バクテリア) 遺伝子: HJ578_10545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7Y3RUA1

-
非ポリマー , 7種, 122分子

#2: 化合物	... ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 33% (vol/vol) PEG400, 200 mM calcium acetate, and 200 mM imidazole, pH7.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→125.42 Å / Num. obs: 164628 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 25.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / Num. unique obs: 12078 / CC_1/2: 0.279

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MoRDa		位相決定
PARROT		位相決定
直接法		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MGR

4mgr

解像度: 2.8→125.735 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.189 / SU B: 17.562 / SU ML: 0.314 / Average fsc free: 0.8193 / Average fsc work: 0.8315 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.576 / ESU R Free: 0.322 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2537	8331	5.061 %
R_work	0.2094	156297	-
all	0.212	-	-
obs	-	164628	98.185 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 111.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.324 Å²	0.162 Å²	0 Å²
2-	-	0.324 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→125.735 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30571	0	68	90	30729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	31374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.706	1.637	42471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.525	5	3730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.16	21.456	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.398	15	5498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.421	15	230
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	3930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	23767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	13432
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	21065
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.158	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.298	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	13.007	10.798	14957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	17.951	16.171	18672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.601	11.314	16410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	19.728	16.692	23796
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	25.167	203.465	128219
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.094	0.05	12026
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.097	0.05	12037
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.084	0.05	12071
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.083	0.05	12046
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.082	0.05	12002
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.093	0.05	12011
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.088	0.05	11945
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.09	0.05	11943
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.08	0.05	12022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.094	0.05	11993
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.086	0.05	12025
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.091	0.05	11957
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.077	0.05	12041
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.09	0.05	12003
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.088	0.05	11914
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_16	0.083	0.05	12067
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_17	0.077	0.05	12022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_18	0.09	0.05	12067
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_19	0.086	0.05	12018
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_20	0.086	0.05	12022
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_21	0.084	0.05	12195
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_22	0.093	0.05	11946
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_23	0.093	0.05	11942
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_24	0.087	0.05	12005
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_25	0.072	0.05	12149
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_26	0.079	0.05	12096
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_27	0.082	0.05	12103
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_28	0.081	0.05	12025
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_29	0.083	0.05	11979
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_30	0.076	0.05	12044
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_31	0.079	0.05	12084
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_32	0.086	0.05	12003
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_33	0.08	0.05	11999
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_34	0.076	0.05	12024
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_35	0.073	0.05	12058
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_36	0.081	0.05	12004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_37	0.081	0.05	12004
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_38	0.077	0.05	12026
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_39	0.069	0.05	12097
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_40	0.084	0.05	12002
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_41	0.091	0.05	11932
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_42	0.078	0.05	11989
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_43	0.085	0.05	11996
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_44	0.076	0.05	12072
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_45	0.074	0.05	12069

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09418	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09418	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09672	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09672	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0838	0.0501
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0838	0.0501
4	7	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08312	0.0501
4	8	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08312	0.0501
5	9	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08243	0.05009
5	10	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08243	0.05009
6	11	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09288	0.05009
6	12	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09288	0.05009
7	13	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08831	0.05009
7	14	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08831	0.05009
8	15	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0898	0.05009
8	16	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0898	0.05009
9	17	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07975	0.05009
9	18	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07975	0.05009
10	19	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09416	0.05009
10	20	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09416	0.05009
11	21	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08578	0.05009
11	22	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08578	0.05009
12	23	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09074	0.05009
12	24	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09074	0.05009
13	25	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07733	0.05009
13	26	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07733	0.05009
14	27	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08977	0.05009
14	28	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08977	0.05009
15	29	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08847	0.05009
15	30	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08847	0.05009
16	31	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08297	0.0501
16	32	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08297	0.0501
17	33	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0771	0.0501
17	34	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0771	0.0501
18	35	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08973	0.05009
18	36	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08973	0.05009
19	37	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0858	0.05009
19	38	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0858	0.05009
20	39	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08647	0.05009
20	40	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08647	0.05009
21	41	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08417	0.0501
21	42	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08417	0.0501
22	43	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09276	0.05009
22	44	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09276	0.05009
23	45	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09349	0.05009
23	46	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09349	0.05009
24	47	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08662	0.05009
24	48	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08662	0.05009
25	49	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07205	0.0501
25	50	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07205	0.0501
26	51	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07939	0.0501
26	52	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07939	0.0501
27	53	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08191	0.05009
27	54	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08191	0.05009
28	55	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08082	0.05009
28	56	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08082	0.05009
29	57	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08312	0.05009
29	58	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08312	0.05009
30	59	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07647	0.0501
30	60	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07647	0.0501
31	61	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07878	0.0501
31	62	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07878	0.0501
32	63	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08631	0.0501
32	64	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08631	0.0501
33	65	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07963	0.0501
33	66	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07963	0.0501
34	67	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07603	0.0501
34	68	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07603	0.0501
35	69	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07306	0.0501
35	70	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07306	0.0501
36	71	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08101	0.05009
36	72	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08101	0.05009
37	73	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08059	0.05009
37	74	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08059	0.05009
38	75	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07671	0.0501
38	76	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07671	0.0501
39	77	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06876	0.0501
39	78	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06876	0.0501
40	79	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08382	0.05009
40	80	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08382	0.05009
41	81	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09123	0.05009
41	82	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09123	0.05009
42	83	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07805	0.05009
42	84	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07805	0.05009
43	85	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08473	0.05009
43	86	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08473	0.05009
44	87	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07551	0.05009
44	88	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07551	0.05009
45	89	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07359	0.0501
45	90	JJJ	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07359	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.412	643	0.386	11472	X-RAY DIFFRACTION	98.8737
2.873-2.951	0.379	591	0.387	11230	X-RAY DIFFRACTION	99.0033
2.951-3.037	0.402	567	0.356	10905	X-RAY DIFFRACTION	98.9221
3.037-3.13	0.372	529	0.316	10646	X-RAY DIFFRACTION	98.8851
3.13-3.233	0.346	520	0.296	10295	X-RAY DIFFRACTION	98.8122
3.233-3.347	0.283	518	0.255	9944	X-RAY DIFFRACTION	98.6888
3.347-3.473	0.294	530	0.245	9570	X-RAY DIFFRACTION	98.6039
3.473-3.615	0.275	487	0.218	9245	X-RAY DIFFRACTION	98.5419
3.615-3.775	0.26	473	0.207	8841	X-RAY DIFFRACTION	98.3215
3.775-3.959	0.25	462	0.199	8469	X-RAY DIFFRACTION	98.2508
3.959-4.174	0.22	395	0.182	8087	X-RAY DIFFRACTION	97.8655
4.174-4.427	0.219	430	0.173	7606	X-RAY DIFFRACTION	98.0239
4.427-4.732	0.242	394	0.175	7167	X-RAY DIFFRACTION	97.8517
4.732-5.111	0.22	380	0.171	6667	X-RAY DIFFRACTION	97.4958
5.111-5.599	0.256	326	0.186	6159	X-RAY DIFFRACTION	97.3578
5.599-6.259	0.26	300	0.179	5596	X-RAY DIFFRACTION	97.1495
6.259-7.226	0.233	262	0.191	4940	X-RAY DIFFRACTION	96.4584
7.226-8.848	0.206	234	0.167	4196	X-RAY DIFFRACTION	96.3043
8.848-12.502	0.18	189	0.168	3315	X-RAY DIFFRACTION	96.0526
12.502-125.735	0.294	101	0.278	1948	X-RAY DIFFRACTION	94.7734

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)