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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pq8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Campylobacter jejuni DsbA1 | |||||||||
要素 | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / disulfide bond / thioredoxin fold / periplasmic / posttranslational modification | |||||||||
機能・相同性 | Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / isomerase activity / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / Thiol:disulfide interchange protein DsbA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.329 Å | |||||||||
データ登録者 | Orlikowska, M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Banas, A.M. / Jagusztyn-Krynicka, E.K. | |||||||||
資金援助 | ポーランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: Interplay between DsbA1, DsbA2 and C8J_1298 Periplasmic Oxidoreductases of Campylobacter jejuni and Their Impact on Bacterial Physiology and Pathogenesis. 著者: Banas, A.M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Dunin-Horkawicz, S. / Ludwiczak, J. / Wilk, P. / Orlikowska, M. / Wyszynska, A. / Dabrowska, M. / Plichta, M. / Spodzieja, M. / Polanska, M.A. / ...著者: Banas, A.M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Dunin-Horkawicz, S. / Ludwiczak, J. / Wilk, P. / Orlikowska, M. / Wyszynska, A. / Dabrowska, M. / Plichta, M. / Spodzieja, M. / Polanska, M.A. / Malinowska, A. / Jagusztyn-Krynicka, E.K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pq8.cif.gz | 98.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pq8.ent.gz | 71.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pq8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pq8_validation.pdf.gz | 707.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pq8_full_validation.pdf.gz | 708.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7pq8_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pq8_validation.cif.gz | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23396.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: B5Y32_04750, B7Q70_04295, BCB47_05875, D4Q41_05880, DPG08_09245, DUY05_07510, DYE84_06245, EAX31_06480, F0166_06130, F0J04_04905, F6982_05945, F7521_05270, F7J47_05180, F8803_06690, F9778_ ...遺伝子: B5Y32_04750, B7Q70_04295, BCB47_05875, D4Q41_05880, DPG08_09245, DUY05_07510, DYE84_06245, EAX31_06480, F0166_06130, F0J04_04905, F6982_05945, F7521_05270, F7J47_05180, F8803_06690, F9778_05085, FVY60_01390, FW488_04080, FZ445_05615, FZ732_06740, G3M94_001567, GFF90_03350, GMG47_05310, GNO00_06010, GXA88_04885, GXS76_000973, GZ489_001237, GZ502_000952 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: A0A1J6PBD5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.12 M Ethylene glycols, 0.1M Tris/BICINE pH 8.5, 50 % v/v Precipitant Mix 1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.329→48.86 Å / Num. obs: 51341 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.78 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.94 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.41 Å / Num. unique obs: 12965 / CC1/2: 0.65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7PQ7 解像度: 1.329→46.889 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.402 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.025 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.329→46.889 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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