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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ppy | ||||||
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タイトル | CARM1 in complex with EML709 | ||||||
要素 | Histone-arginine methyltransferase CARM1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / protein arginine N-methyltransferase / PRMT4 / CARM1 / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / replication fork reversal / protein-arginine N-methyltransferase activity / positive regulation of fat cell differentiation / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / estrogen receptor signaling pathway / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / protein localization to chromatin / lysine-acetylated histone binding / response to cAMP / nuclear receptor coactivator activity / RNA polymerase II transcription regulator complex / methylation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / cell population proliferation / chromatin remodeling / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å | ||||||
データ登録者 | Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Cavarelli, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction- ...タイトル: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction-Reconstruction and Fragment-Growing Approach. 著者: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / ...著者: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / Castellano, S. / Sbardella, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ppy.cif.gz | 784.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ppy.ent.gz | 673.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ppy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/7ppy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/7ppy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7nudC 7nueC 7p2rC 7ppqC 7pu8C 7pucC 7puqC 7pv6C 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-7ZH / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12% PEG 2000, 100mM NaCl, 100mM TrisHCl pH8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.42→48.06 Å / Num. obs: 58136 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.42→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3623 / CC1/2: 0.441 / Rpim(I) all: 0.743 / Rrim(I) all: 1.441 / % possible all: 80 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5IH3 解像度: 2.42→48.06 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.07 Å2 / Biso mean: 54.5883 Å2 / Biso min: 28.71 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.42→48.06 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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