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- PDB-7pps: apo FabB from Pseudomonas aeruginosa with single point mutation C161A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pps
タイトルapo FabB from Pseudomonas aeruginosa with single point mutation C161A
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
キーワードTRANSFERASE / Fatty acid biosynthesis pathway / FabB
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Georgiou, C. / Brenk, R. / Yadrykhinsky, V.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway273588 ノルウェー
引用ジャーナル: F1000Res / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa FabB C161A, a template for structure-based design for new antibiotics.
著者: Yadrykhins'ky, V. / Georgiou, C. / Brenk, R.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,89737
ポリマ－86,1712
非ポリマー2,72635
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11750 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.228, 102.304, 188.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-841-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 404 / Label seq-ID: 3 - 406

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / Beta-ketoacyl-ACP synthase I / KAS I


分子量: 43085.531 Da / 分子数: 2 / 変異: C161A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
遺伝子: fabB, PA14_43690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02K94, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 20% Ethylene glycol, 0.2M NaI, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.976246 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976246 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→47.19 Å / Num. obs: 174480 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 8364 / CC1/2: 0.928 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4xox

4xox


解像度: 1.3→47.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 1.016 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13664 8810 5.1 %RANDOM
Rwork0.11408 ---
obs0.11522 165601 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.389 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å2-0 Å2
2--0.46 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5990 0 89 492 6571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136283
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8281.6448480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6391.57713791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6795842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.22722.032315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.234151053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0791546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4431.4583271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4421.4573270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7862.24096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7862.2014097
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.261.8393012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.261.843013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7682.6334367
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.9718.5666946
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.83118.2536861
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.675312269
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 12761 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 595 -
Rwork0.154 11975 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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