PDB-7ppq: CARM1 in complex with EML736

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ppq

タイトル

CARM1 in complex with EML736

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSCRIPTION / protein arginine N-methyltransferase / PRMT4 / CARM1 / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / type I protein arginine methyltransferase / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction- ...
著者: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / ...

履歴

登録	2021年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ppq.cif.gz	803.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ppq.ent.gz	687.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ppq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/7ppq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/7ppq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nudC 7nueC 7p2rC 7ppyC 7pu8C 7pucC 7puqC 7pv6C 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.791, 98.532, 206.889
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-LSK / methyl 6-[5-[[~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]carbamimidoyl]amino]pentylcarbamoylamino]-4-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylate 分子量: 636.659 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₆N₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 614 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 2000, 0.1M sodium chloride, 0.1M tris-HCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.8 Å / Num. obs: 89784 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 38.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.08884 / R_pim(I) all: 0.04727 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.13 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3974 / CC_1/2: 0.416 / R_pim(I) all: 0.736 / R_rim(I) all: 1.282 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.1→45.8 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	4456	4.97 %
R_work	0.1944	85208	-
obs	0.1961	89664	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.03 Å² / B_iso mean: 49.6604 Å² / B_iso min: 23.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→45.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11001	0	398	614	12013
B_iso mean	-	-	62.49	46.45	-
残基数	-	-	-	-	1371

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3914	116	0.3543	2213	2329	79
2.12-2.14	0.3563	143	0.3241	2818	2961	99
2.14-2.17	0.3309	158	0.304	2843	3001	100
2.17-2.2	0.3051	147	0.2916	2824	2971	100
2.2-2.23	0.3403	159	0.2887	2816	2975	100
2.23-2.26	0.2943	154	0.2751	2817	2971	99
2.26-2.29	0.2931	153	0.2664	2839	2992	100
2.29-2.32	0.3463	136	0.2534	2825	2961	100
2.32-2.36	0.2767	119	0.2414	2878	2997	100
2.36-2.4	0.2756	149	0.2406	2813	2962	100
2.4-2.44	0.2717	162	0.2403	2835	2997	100
2.44-2.48	0.2723	149	0.2279	2864	3013	100
2.48-2.53	0.2743	132	0.2199	2847	2979	100
2.53-2.58	0.2445	161	0.2193	2839	3000	100
2.58-2.64	0.2562	142	0.2223	2817	2959	99
2.64-2.7	0.2833	157	0.2226	2813	2970	100
2.7-2.77	0.2474	134	0.2073	2894	3028	100
2.77-2.84	0.2514	155	0.2045	2822	2977	100
2.84-2.93	0.2189	137	0.2041	2876	3013	100
2.93-3.02	0.2654	149	0.2067	2857	3006	100
3.02-3.13	0.2494	163	0.2105	2841	3004	100
3.13-3.25	0.2349	137	0.2129	2895	3032	100
3.25-3.4	0.2202	152	0.1935	2862	3014	99
3.4-3.58	0.2147	130	0.1749	2869	2999	100
3.58-3.81	0.1855	158	0.1699	2875	3033	100
3.81-4.1	0.1955	172	0.1582	2880	3052	100
4.1-4.51	0.1645	153	0.1378	2890	3043	99
4.51-5.16	0.1716	138	0.1329	2946	3084	100
5.16-6.5	0.1895	165	0.1737	2951	3116	100
6.5-45.8	0.2239	176	0.1853	3049	3225	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1986	-0.9861	-0.4557	1.8044	0.0249	3.6883	0.084	-0.1253	0.2938	0.0522	-0.0812	0.0354	-0.3595	0.0215	0.0168	0.3203	-0.082	0.0426	0.2703	-0.0615	0.292	55.063	40.2838	133.2191
2	2.5871	0.9408	1.2601	0.4899	0.8659	1.5878	0.0755	-0.0213	-0.1557	0.017	0.0094	-0.0366	0.0018	0.1434	-0.0813	0.2208	0.0071	0.0261	0.2051	0.0098	0.2553	46.1022	11.9175	117.6869
3	1.8665	-0.338	0.5099	6.9667	0.5796	1.7312	-0.1253	0.0302	-0.1194	-0.0211	0.063	-0.346	-0.0822	0.092	0.0626	0.2614	-0.0657	0.0522	0.3593	-0.0299	0.2332	61.4457	20.451	122.2588
4	0.9381	0.3655	-0.0768	3.5239	-0.3835	1.9573	0.0474	-0.0379	-0.0944	-0.2061	0.0245	-0.2782	0.087	0.2514	-0.0753	0.1718	-0.0346	0.0411	0.3012	-0.0305	0.257	62.0453	18.5691	120.7729
5	3.9753	-0.8702	0.8987	6.3627	-0.6913	1.1179	0.1697	-0.0278	-0.0489	0.0485	-0.0877	0.4644	0.1663	-0.4778	0.0015	0.2723	-0.098	-0.003	0.3022	-0.0143	0.2469	53.1501	16.918	114.9295
6	2.3063	-0.5305	-0.4951	2.3181	0.6112	3.3731	0.171	0.1036	0.3054	-0.0654	0.0272	0.1143	-0.5476	-0.2257	-0.1938	0.3532	0.0903	0.0672	0.2401	0.0584	0.2887	19.893	19.9246	114.3879
7	4.3285	1.8097	0.8257	1.0219	0.6465	0.0992	0.4042	-0.434	0.0927	0.2976	-0.2397	0.1042	0.0523	0.0665	-0.1619	0.4278	-0.0133	0.0884	0.4562	0.0224	0.3196	33.0442	27.6131	143.8637
8	5.9672	-0.6244	2.9242	1.1534	0.958	6.4526	0.164	-0.4712	0.0056	0.0931	-0.0463	0.122	0.2869	-0.4317	-0.1776	0.327	0.0017	0.1282	0.2567	0.0069	0.3433	17.4127	22.0142	137.6461
9	1.2562	-0.0671	0.8248	1.3757	1.5269	3.817	0.1813	-0.3241	0.0402	0.1681	-0.0943	0.0373	-0.0735	-0.2245	-0.0987	0.3255	0.0124	0.0998	0.4159	0.0714	0.3264	17.2481	22.764	139.9927
10	2.9011	0.1253	1.9898	3.0064	-1.8011	4.3202	0.3432	0.2724	0.1212	-0.3052	-0.1421	-0.3883	-0.4171	0.3052	-0.2021	0.349	-0.0651	0.0964	0.3934	-0.037	0.3864	24.7596	30.3272	141.6901
11	3.6824	0.3051	-0.5966	2.3542	-0.2808	3.569	0.1002	0.1137	0.3818	0.078	-0.0273	0.0185	-0.4002	-0.0466	-0.0751	0.3464	0.044	0.0474	0.2774	0.0184	0.2565	22.3981	41.618	177.2887
12	2.1917	-0.9783	0.9936	0.4103	-0.5255	1.1758	0.0895	-0.0246	-0.1029	0.0496	-0.026	0.1085	-0.0459	-0.1784	-0.0547	0.2583	-0.0028	0.0359	0.2535	0.0025	0.3057	29.6015	12.5619	192.872
13	1.93	0.3659	-0.0649	5.4154	-2.0355	1.6519	-0.0487	0.0075	-0.1358	-0.0433	0.1784	0.3451	-0.2026	-0.2791	-0.1314	0.2615	0.0972	0.0319	0.4134	-0.036	0.2511	14.8687	22.2086	188.1115
14	0.6965	-0.5645	-0.4701	3.4237	-0.6708	1.2966	0.0133	0.065	-0.0884	0.224	0.0579	0.2791	-0.0146	-0.1766	-0.0698	0.2239	0.0358	0.0508	0.3434	-0.0359	0.2661	14.0805	20.4406	189.5388
15	2.187	1.7932	1.1321	7.0413	-0.3883	1.0539	-0.0035	0.1747	-0.2648	-0.1718	-0.0956	-0.3002	0.1066	0.2389	0.1096	0.2918	0.061	0.0346	0.3225	-0.0313	0.2579	22.7541	18.3135	195.5919
16	1.9162	0.241	-0.4009	2.5625	-1.0327	3.6503	0.1105	-0.1368	0.1276	0.1247	-0.0402	-0.0708	-0.2254	0.0597	-0.0745	0.2073	-0.0313	0.0213	0.2599	-0.0551	0.239	56.465	18.1376	196.1655
17	3.382	-1.8016	0.0086	0.9518	-0.1797	-0.1569	0.3832	0.8356	-0.1068	-0.2297	-0.3672	0.0039	-0.023	0.0045	-0.0286	0.3489	0.0159	0.0272	0.5181	-0.0439	0.3344	43.7572	27.4506	166.6833
18	3.0144	0.6339	2.3198	1.5193	0.4311	7.8859	0.0049	0.4846	-0.0008	-0.1045	0.019	-0.0418	0.2421	0.3011	-0.0536	0.2719	0.0056	0.0818	0.3928	0.0224	0.3345	58.8452	20.5476	172.9015
19	1.3348	-0.0899	1.9011	1.1684	-1.9242	5.0358	0.0721	0.2727	-0.0376	-0.2583	-0.1019	-0.0132	0.243	0.2572	0.0274	0.2481	-0.0027	0.0658	0.3792	-0.076	0.2943	59.0385	21.2952	170.5489
20	1.6095	0.4078	0.4552	1.8475	-0.093	6.2596	0.1391	0.2727	-0.0466	0.0344	-0.2187	0.2517	-0.5493	-0.8815	0.1207	0.3956	0.0621	0.0083	0.522	-0.0624	0.3555	52.1839	29.4602	168.8858

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)	A	136 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:336)	A	283 - 336
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 337:365)	A	337 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 366:445)	A	366 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 446:478)	A	446 - 478
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 135:282)	B	135 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 283:336)	B	283 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 337:365)	B	337 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 366:445)	B	366 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 446:477)	B	446 - 477
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 136:282)	C	136 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 283:336)	C	283 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 337:365)	C	337 - 365
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 366:445)	C	366 - 445
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 446:478)	C	446 - 478
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 136:282)	D	136 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 283:336)	D	283 - 336
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 337:365)	D	337 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 366:445)	D	366 - 445
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 446:477)	D	446 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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