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- PDB-7ppp: Crystal structure of ZAD-domain of ZNF_276 protein from rabbit. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ppp
タイトルCrystal structure of ZAD-domain of ZNF_276 protein from rabbit.
要素Zinc finger protein 276
キーワードTRANSCRIPTION / Zinc-finger associated domain / ZAD / protein interaction / dimerization / M1BP / 9797 / zinc binding / treble-cleft-like
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ZAD domain profile. / Zinc finger, AD-type / Zinc-finger associated domain (zf-AD) / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein 276
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Bonchuk, A.N. / Nikolaeva, A.Y. / Georgiev, P.G. / Popov, V.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-10099 ロシア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural insights into highly similar spatial organization of zinc-finger associated domains with a very low sequence similarity.
著者: Bonchuk, A.N. / Boyko, K.M. / Nikolaeva, A.Y. / Burtseva, A.D. / Popov, V.O. / Georgiev, P.G.
履歴
登録2021年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年2月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / atom_type / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_ens / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI / _refine.overall_SU_R_free / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_restr_ncs.weight_position / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code / _struct_ncs_ens.details
解説: Polymer geometry / 詳細: Ramachandran plot improved. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.32024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 276
B: Zinc finger protein 276
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4444
ポリマ－20,3132
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area8470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.940, 82.940, 134.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 3 - 86 / Label seq-ID: 6 - 89

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein 276


分子量: 10156.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ZNF276 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5F9DAT3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M bicine pH 8.5, PEG 20000 5%, dextrane sulfate 5%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313, 1.282
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.873131
21.2821
反射解像度: 2.9→49.1 Å / Num. obs: 6460 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.043 % / Biso Wilson estimate: 108.322 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.883 / Net I/σ(I): 25.91 / Num. measured all: 71337
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-311.5861.3631.8770566106090.7441.4299.8
3-3.511.6640.5035.4124704212221180.9460.52499.8
3.5-3.811.3610.13517.3789307917860.9940.14199.4
3.8-411.1290.07228.3744854074030.9980.07699
4-4.511.0610.04938.4180977407320.9990.05198.9
4.5-511.0320.03750.2351304724650.9990.03898.5
5-610.4270.03352.07573556355010.03497.7
6-109.30.02759.7356366246060.9990.02897.1
10-49.18.1880.02470.1515642111910.9980.02690.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 39.303 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.62 / ESU R Free: 0.419 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3399 609 9.429 %RANDOM
Rwork0.2896 5850 --
all0.295 ---
obs-6459 98.777 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 99.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.526 Å20.263 Å20 Å2
2--0.526 Å2-0 Å2
3----1.706 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 2 0 979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0131007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.014858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9221.6421363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4671.5831937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.5035130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.91120.18953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.43215127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.116158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1610.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.120.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1370.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0380.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0740.23
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.7618.024532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.7668.019531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.59612.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.58812.026659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.428.021475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.4138.023476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.89711.945705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.8911.945705
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.49292.902961
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.48192.875961
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.2020.051319
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.20160.05004
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.20160.05004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.9750.515540.397414X-RAY DIFFRACTION99.7868
2.975-3.0570.431460.351405X-RAY DIFFRACTION99.7788
3.057-3.1450.433340.3407X-RAY DIFFRACTION100
3.145-3.2420.429430.306390X-RAY DIFFRACTION100
3.242-3.3480.379410.279375X-RAY DIFFRACTION99.7602
3.348-3.4650.387340.281366X-RAY DIFFRACTION99.5025
3.465-3.5960.339340.265362X-RAY DIFFRACTION99.7481
3.596-3.7420.357270.265342X-RAY DIFFRACTION99.4609
3.742-3.9080.351290.232334X-RAY DIFFRACTION99.4521
3.908-4.0980.199400.207317X-RAY DIFFRACTION98.892
4.098-4.3190.239240.197300X-RAY DIFFRACTION98.4802
4.319-4.580.305310.243285X-RAY DIFFRACTION98.1366
4.58-4.8950.471230.248279X-RAY DIFFRACTION99.0164
4.895-5.2850.361310.274249X-RAY DIFFRACTION97.9021
5.285-5.7860.292230.306238X-RAY DIFFRACTION98.4906
5.786-6.4640.425220.368215X-RAY DIFFRACTION97.9339
6.464-7.4540.332220.38194X-RAY DIFFRACTION97.2973
7.454-9.1040.346290.301153X-RAY DIFFRACTION94.7917
9.104-12.7730.226140.233135X-RAY DIFFRACTION95.5128
12.773-49.10.61180.46890X-RAY DIFFRACTION87.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8428-2.97720.49482.3387-1.20923.1404-0.1722-0.4599-0.72610.10060.13070.60620.00170.41570.04150.0845-0.06420.00530.26760.11190.277213.598842.81397.448
24.6553-0.9888-2.1331.601-1.22153.0966-0.05660.2999-1.5943-0.5687-0.31360.68750.77110.02820.37010.26460.0437-0.09350.2762-0.19050.74136.620634.7796-4.0069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA3 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB3 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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