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万見
- PDB-7ppi: Crystal STRUCTURE OF NAMPT IN COMPLEX WITH Compound 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ppi
タイトルCrystal STRUCTURE OF NAMPT IN COMPLEX WITH Compound 11
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SMALL MOLECULE INHIBITOR / NMPRTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / nuclear speck / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7Z2 / PHOSPHATE ION / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Hillig, R.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2022
タイトル: A Novel NAMPT Inhibitor-Based Antibody-Drug Conjugate Payload Class for Cancer Therapy.
著者: Bohnke, N. / Berger, M. / Griebenow, N. / Rottmann, A. / Erkelenz, M. / Hammer, S. / Berndt, S. / Gunther, J. / Wengner, A.M. / Stelte-Ludwig, B. / Mahlert, C. / Greven, S. / Dietz, L. / ...著者: Bohnke, N. / Berger, M. / Griebenow, N. / Rottmann, A. / Erkelenz, M. / Hammer, S. / Berndt, S. / Gunther, J. / Wengner, A.M. / Stelte-Ludwig, B. / Mahlert, C. / Greven, S. / Dietz, L. / Jorissen, H. / Barak, N. / Bomer, U. / Hillig, R.C. / Eberspaecher, U. / Weiske, J. / Giese, A. / Mumberg, D. / Nising, C.F. / Weinmann, H. / Sommer, A.
履歴
登録2021年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,64722
ポリマ－222,6084
非ポリマー3,03918
水20,6451146
1
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,79511
ポリマ－111,3042
非ポリマー1,4919
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PISA
2
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,85211
ポリマ－111,3042
非ポリマー1,5489
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area31590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.207, 106.260, 120.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNAA9 - 48310 - 484
21ASNASNBB9 - 48310 - 484
12LEULEUAA9 - 48210 - 483
22LEULEUCC9 - 48210 - 483
13ASNASNAA9 - 48310 - 484
23ASNASNDD9 - 48310 - 484
14LEULEUBB9 - 48210 - 483
24LEULEUCC9 - 48210 - 483
15ASNASNBB9 - 48310 - 484
25ASNASNDD9 - 48310 - 484
16LEULEUCC9 - 48210 - 483
26LEULEUDD9 - 48210 - 483

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 55651.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal Gly is a cloning artifact, stems from TEV cleavage site
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 1164分子

#2: 化合物
ChemComp-7Z2 / N-[4-[(5R)-1-(4-azanylbutyl)-6-oxidanylidene-5-quinolin-5-yl-4,5-dihydropyridazin-3-yl]phenyl]-1,3-dihydropyrrolo[3,4-c]pyridine-2-carboxamide


分子量: 533.624 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H31N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
解説: crescent-shaped, plate-shaped crystals, often with very uneven surfaces
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 1 microliter of protein mixed with 1 microliter of reservoir buffer (27-31% PEG 3350 (w/v), 200 mM NaCl, 100 mM sodium dihydrogen phosphate pH 7.6) incubated for 5 min, then streak seeded ...詳細: 1 microliter of protein mixed with 1 microliter of reservoir buffer (27-31% PEG 3350 (w/v), 200 mM NaCl, 100 mM sodium dihydrogen phosphate pH 7.6) incubated for 5 min, then streak seeded (with crystals obtained previously under identical conditions). Ligand added prior to crystallization (2 MILLIMOLAR FROM 100 MILLIMOLAR STOCK IN DMSO) and incubated for 1.5 h at 277 K. CRYO BUFFER consisted of RESERVOIR supplemented WITH 2 MILLIMOLAR INHIBITOR AND 20% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→46.14 Å / Num. obs: 84736 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rrim(I) all: 0.278 / Rsym value: 0.228 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 12994 / CC1/2: 0.617 / Rrim(I) all: 0.666 / Rsym value: 0.544 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSVERSION Nov 1, 2016データ削減
pointlessversion 1.10.13データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GVJ

2gvj


解像度: 2.33→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.815 / SU B: 28.941 / SU ML: 0.385 / SU R Cruickshank DPI: 0.6639 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.664 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3595 2100 2.5 %RANDOM
Rwork0.2923 ---
obs0.294 82564 95.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.11 Å2 / Biso mean: 18.232 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0 Å2-0.04 Å2
2--0.39 Å2-0 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14820 0 205 1147 16172
Biso mean--21.19 16.24 -
残基数----1853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01315399
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01714507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.931.65920882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3161.5933393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1851851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.91723.817744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.649152654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3881552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023392
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A150070.11
12B150070.11
21A150710.11
22C150710.11
31A151370.1
32D151370.1
41B151850.1
42C151850.1
51B151120.11
52D151120.11
61C150090.11
62D150090.11
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.386 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 133 -
Rwork0.361 5227 -
obs--82.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0454-0.44010.1070.8278-0.06820.2892-0.06950.05160.1152-0.09930.0343-0.0819-0.03970.0030.03530.054-0.0304-0.00470.02080.00640.21925.688.4514.009
20.9649-0.4208-0.0560.6840.13670.281-0.06480.0919-0.0713-0.10190.01640.07380.0057-0.03780.04840.0618-0.0414-0.01440.03450.00370.21478.887-6.74313.86
30.9166-0.50030.14450.7338-0.06850.48110.01810.07150.0577-0.0582-0.0199-0.1125-0.05180.02970.00180.0124-0.00340.0120.0080.00510.253418.5998.34374.216
40.7699-0.2864-0.05730.72260.21250.50380.01810.1048-0.147-0.0073-0.04250.04060.0498-0.02040.02430.00710.0003-0.01270.0157-0.0060.2221.813-6.86874.057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 483
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 483
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 484
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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