PDB-7pnh: X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Pt(II) comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pnh

タイトル

X-ray structure of the adduct formed upon reaction of Pt(II) complex 2c with lysozyme

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / metallodrug / platinum / protein interaction / Pt-protein adduct

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.22 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Reactions with Proteins of Three Novel Anticancer Platinum(II) Complexes Bearing N-Heterocyclic Ligands.
著者: Sacco, F. / Tarchi, M. / Ferraro, G. / Merlino, A. / Facchetti, G. / Rimoldi, I. / Messori, L. / Massai, L.

履歴

登録	2021年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pnh.cif.gz	75.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pnh.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pnh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pnh_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pnh_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7pnh_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	7pnh_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pniC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dd1-1 1gwd-d 6fa0-d 4w96-d 3a3q-d 1uie-d 6f9x-d 4b1a-d 1lj3-1 1iiz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (3)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (3)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.200, 77.200, 38.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-322- HOH
2	1	AAA-347- HOH
3	1	AAA-437- HOH
4	1	AAA-475- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 190分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% ethylene glycol 0.1 M sodium acetate buffer pH 4.0 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.22→34.52 Å / Num. obs: 35283 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 24.3 % / R_merge(I) obs: 1.531 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1737 / CC_1/2: 0.861 / R_pim(I) all: 0.315 / R_rim(I) all: 1.564 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193L

193l

解像度: 1.22→34.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.971 / SU B: 1.559 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1741	1687	4.962 %
R_work	0.1328	32310	-
all	0.135	-	-
obs	-	33997	96.489 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.52 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.039 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.22→34.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	49	177	1227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.018	971
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.041	0.01	3
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.273	1.674	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.917	1.592	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.312	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.553	20.615	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.024	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.768	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.14	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.093	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.268	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.788	1.675	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.734	1.674	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.215	2.535	675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.217	2.538	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.492	2.173	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.488	2.173	576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.847	3.088	826
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.844	3.088	827
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.46	23.022	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.458	23.032	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.909	3	2079

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.22-1.252	0.263	79	0.245	1820	X-RAY DIFFRACTION	74.064
1.252-1.286	0.275	96	0.234	2001	X-RAY DIFFRACTION	83.2804
1.286-1.323	0.272	98	0.217	2166	X-RAY DIFFRACTION	94.6884
1.323-1.364	0.216	131	0.202	2227	X-RAY DIFFRACTION	99.3679
1.364-1.409	0.241	108	0.18	2163	X-RAY DIFFRACTION	100
1.409-1.458	0.198	108	0.155	2120	X-RAY DIFFRACTION	100
1.458-1.513	0.173	111	0.124	2042	X-RAY DIFFRACTION	100
1.513-1.575	0.184	106	0.111	1962	X-RAY DIFFRACTION	100
1.575-1.645	0.17	92	0.1	1881	X-RAY DIFFRACTION	100
1.645-1.725	0.163	98	0.101	1815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.725-1.818	0.144	94	0.101	1725	X-RAY DIFFRACTION	99.9451
1.818-1.928	0.18	81	0.11	1652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.928-2.061	0.143	80	0.11	1532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.226	0.165	78	0.115	1447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.226-2.438	0.163	71	0.107	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.438-2.725	0.192	76	0.115	1211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.725-3.146	0.14	65	0.121	1072	X-RAY DIFFRACTION	100
3.146-3.849	0.143	53	0.121	941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.849-5.43	0.156	34	0.149	744	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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