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万見
- PDB-7pn0: Crystal structure of the Phosphorybosylpyrophosphate synthetase I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pn0
タイトルCrystal structure of the Phosphorybosylpyrophosphate synthetase II from Thermus thermophilus at R32 space group
要素Ribose-phosphate pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-phosphate diphosphokinase / ribose phosphate diphosphokinase activity / ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / nucleotide biosynthetic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleoside metabolic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribose-phosphate pyrophosphokinase, bacterial-type / Phosphoribosyl synthetase-associated domain / Ribose-phosphate pyrophosphokinase / Ribose-phosphate pyrophosphokinase, N-terminal domain / N-terminal domain of ribose phosphate pyrophosphokinase / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ribose-phosphate pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Kostromina, M.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Phosphorybosylpyrophosphate synthetase II from Thermus thermophilus at R32 space group
著者: Timofeev, V.I. / Abramchik, Y.A. / Kostromina, M.A. / Esipov, R.S. / Kuranova, I.P.
履歴
登録2021年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2021年9月29日ID: 7AWO
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,35212
ポリマ－68,7292
非ポリマー1,62310
水4,540252
1
A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
B: Ribose-phosphate pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,05536
ポリマ－206,1876
非ポリマー4,86930
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area32410 Å2
ΔGint-471 kcal/mol
Surface area60500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.290, 106.290, 333.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Ribose-phosphate pyrophosphokinase / RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / ...RPPK / 5-phospho-D-ribosyl alpha-1-diphosphate / Phosphoribosyl diphosphate synthase / Phosphoribosyl pyrophosphate synthase / P-Rib-PP synthase / PRPP synthase / PRPPase


分子量: 34364.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
遺伝子: prs, HB27c_C1311 / 発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: A0A7G5B4V6, ribose-phosphate diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion
詳細: 1,7M lithium sulphate, 0,1M HEPES pH 7.5, 0,04%NaN3, 5mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 59412 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.01 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 14.31
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.546 / Num. unique obs: 4323 / CC1/2: 0.905

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T3O

5t3o


解像度: 1.85→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.92 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 3111 5 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1879 59101 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.84 Å2 / Biso mean: 23.235 Å2 / Biso min: 9.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4720 0 94 252 5066
Biso mean--34.97 24.33 -
残基数----620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0134933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174788
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6681.6416729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4151.57411005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1975625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92220.717237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19415807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3011542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021067
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 228 -
Rwork0.285 4323 -
all-4551 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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