PDB-7plj: Structure of Polyphosphate kinase 2 from Deinococcus radiodurans,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7plj

タイトル

Structure of Polyphosphate kinase 2 from Deinococcus radiodurans, in complex with ATP and polyphosphates.

要素

PPK2 domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / polyphosphate / ATP / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Silva, S.T.N. / Romao, C.V.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Polyphosphate kinase 2 from Deinococcus radiodurans, in complex with ATP and polyphosphates.
著者: Silva, S.T.N. / Romao, C.V.

履歴

登録	2021年8月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7plj.cif.gz	574.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7plj.ent.gz	390.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7plj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7plj_validation.pdf.gz	7.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7plj_full_validation.pdf.gz	7.8 MB	表示
XML形式データ	7plj_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	7plj_validation.cif.gz	82.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7plj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7plj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7bmmS 7nmj S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PPK2 domain-containing protein

B: PPK2 domain-containing protein

C: PPK2 domain-containing protein

D: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PPK2 domain-containing protein

B: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: PPK2 domain-containing protein

D: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	143.851, 137.144, 85.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.895, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 64 or resid 66...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 64 or resid 66...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 1 through 64 or resid 66...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 1 through 64 or resid 66...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	MET	ALA	A	1 - 64
d_1	2	ens_1	ASP	HIS	A	66 - 108
d_1	3	ens_1	LYS	ALA	A	110 - 113
d_1	4	ens_1	GLY	ILE	A	115 - 149
d_1	5	ens_1	HIS	THR	A	151 - 161
d_1	6	ens_1	ILE	ARG	A	163 - 200
d_1	7	ens_1	ASN	ALA	A	202 - 213
d_1	8	ens_1	THR	HIS	A	215 - 266
d_1	9	ens_1	ATP	ATP	B
d_1	10	ens_1	ATP	ATP	C
d_2	1	ens_1	MET	ALA	H	1 - 64
d_2	2	ens_1	ASP	HIS	H	66 - 108
d_2	3	ens_1	LYS	ALA	H	110 - 113
d_2	4	ens_1	GLY	ILE	H	115 - 149
d_2	5	ens_1	HIS	THR	H	151 - 161
d_2	6	ens_1	ILE	ARG	H	163 - 200
d_2	7	ens_1	ASN	ALA	H	202 - 213
d_2	8	ens_1	THR	HIS	H	215 - 266
d_2	9	ens_1	ATP	ATP	I
d_2	10	ens_1	ATP	ATP	J
d_3	1	ens_1	MET	ALA	N	1 - 64
d_3	2	ens_1	ASP	HIS	N	66 - 108
d_3	3	ens_1	LYS	ALA	N	110 - 113
d_3	4	ens_1	GLY	ILE	N	115 - 149
d_3	5	ens_1	HIS	THR	N	151 - 161
d_3	6	ens_1	ILE	ARG	N	163 - 200
d_3	7	ens_1	ASN	ALA	N	202 - 213
d_3	8	ens_1	THR	HIS	N	215 - 266
d_3	9	ens_1	ATP	ATP	O
d_3	10	ens_1	ATP	ATP	P
d_4	1	ens_1	MET	ALA	W	1 - 64
d_4	2	ens_1	ASP	HIS	W	66 - 108
d_4	3	ens_1	LYS	ALA	W	110 - 113
d_4	4	ens_1	GLY	ILE	W	115 - 149
d_4	5	ens_1	HIS	THR	W	151 - 161
d_4	6	ens_1	ILE	ARG	W	163 - 200
d_4	7	ens_1	ASN	ALA	W	202 - 213
d_4	8	ens_1	THR	HIS	W	215 - 266
d_4	9	ens_1	ATP	ATP	X
d_4	10	ens_1	ATP	ATP	Y

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.992245535262, 0.0211731452768, 0.122476510695), (0.013696592912, -0.960756685236, 0.277054137521), (0.123536233938, 0.27658324189, 0.953016531446)	-66.6006695585, -18.0896140273, 6.82661009428
2	given	(0.987778735916, 0.0525324803779, -0.146742997714), (0.0503451707981, -0.998558983994, -0.0185827678657), (-0.147507737594, 0.0109678616689, -0.989000087644)	0.46380536257, -16.7556232375, -2.20751619088
3	given	(-0.997630800574, -0.0680703940983, 0.00996028078741), (-0.0681377960775, 0.957717654526, -0.279524837813), (0.00948822911607, -0.279541259309, -0.960086797041)	-67.5150655423, -2.27520611101, 0.523778099686

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	PPK2 domain-containing protein 分子量: 30549.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RY20

#1: タンパク質

PPK2 domain-containing protein

分子量: 30549.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0132 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RY20

-
非ポリマー , 10種, 1287分子

#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅O₁₀P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-7TT / Tetraphosphate / [oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / [oxido-[oxido(phosphonatooxy)phosphoryl]oxyphosphoryl] phosphate / 四りん酸分子量: 337.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₆O₁₃P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸分子量: 177.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₄O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.04 M potassium phosphate, 2% PEG 8000, 8% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→93.7 Å / Num. obs: 757195 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.4 Å² / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.64→1.781 Å / Num. unique obs: 6817 / CC_1/2: 0.655

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
autoPROC	1.19.2_4158	data processing
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7BMM

7bmm

解像度: 1.64→40.04 Å / SU ML: 0.1678 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	6816	5 %
R_work	0.1687	129407	-
obs	0.1703	136223	75.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→40.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8632	0	439	1256	10327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0124	9373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1796	12758
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0692	1319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0138	1594
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.544	3456

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.533512689163
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.630656493146
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.575639977263

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.66	0.4564	6	0.2039	114	X-RAY DIFFRACTION	2.01
1.66-1.68	0.2325	15	0.2371	294	X-RAY DIFFRACTION	5.28
1.68-1.7	0.2454	35	0.2246	551	X-RAY DIFFRACTION	9.84
1.7-1.72	0.2128	38	0.2351	918	X-RAY DIFFRACTION	15.87
1.72-1.74	0.2829	69	0.2316	1364	X-RAY DIFFRACTION	23.97
1.74-1.76	0.2852	92	0.2417	1784	X-RAY DIFFRACTION	31.3
1.76-1.79	0.28	135	0.2382	2336	X-RAY DIFFRACTION	41.51
1.79-1.82	0.2645	157	0.2477	3085	X-RAY DIFFRACTION	54.09
1.82-1.84	0.2309	220	0.2418	3843	X-RAY DIFFRACTION	67.65
1.84-1.87	0.2709	258	0.23	4704	X-RAY DIFFRACTION	82.67
1.87-1.91	0.2537	259	0.2236	5239	X-RAY DIFFRACTION	92.79
1.91-1.94	0.2452	181	0.2254	3745	X-RAY DIFFRACTION	65.28
1.94-1.98	0.2476	281	0.2085	5679	X-RAY DIFFRACTION	99.52
1.98-2.02	0.243	335	0.1929	5638	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.02-2.06	0.2318	308	0.1876	5702	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.06-2.11	0.2334	291	0.1912	5688	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.11-2.16	0.2373	301	0.1782	5661	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.16-2.22	0.2129	309	0.1688	5673	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.22-2.29	0.2158	251	0.1708	4702	X-RAY DIFFRACTION	82.37
2.29-2.36	0.2124	317	0.1716	5665	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.36-2.45	0.2176	283	0.1692	5709	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.45-2.54	0.2069	286	0.1752	5680	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.54-2.66	0.2114	319	0.1752	5658	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.66-2.8	0.1979	313	0.1745	5645	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.8-2.98	0.2002	277	0.1705	5727	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.98-3.2	0.1969	311	0.1612	5707	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.21-3.53	0.188	298	0.1448	5702	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.53-4.04	0.1579	286	0.1294	5717	X-RAY DIFFRACTION	99.55
4.04-5.08	0.1428	288	0.1267	5736	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.09-40.04	0.1839	297	0.1697	5741	X-RAY DIFFRACTION	98.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.747626275996	-0.670372049122	-1.18898039073	1.60821827035	1.66422594999	3.48292330661	-0.190839759063	-0.158530877437	-0.215231445374	0.348568772078	0.152432734098	0.138211441985	0.653767844589	0.0259413283095	0.0361119446578	0.286616671926	0.00125059653202	0.0842793874223	0.181418954182	0.0559584999018	0.196629044661	-38.2612602156	-32.0929930918	32.8301080502
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23	1.77956557203	0.440893005694	1.04521406399	0.728864961398	0.151435637974	1.41316914818	-0.0458883724501	0.0282694127429	0.0766953720822	0.0123824365905	-0.038496563865	0.0794217784016	-0.155980261564	-0.116291659393	0.0901116745144	0.114859522861	0.0317557865419	-0.0378002566878	0.101551188345	-0.00862913939706	0.100978881345	-46.4426794102	6.64880988044	-12.9982891458
24	2.58331020133	1.60309753307	1.37740635772	4.64466086375	1.35367585913	1.24394470644	-0.00805460839781	-0.0989963675969	-0.00525557935644	0.013481868228	-0.0996206405197	0.428315611375	-0.0406309447983	-0.322926080945	0.108072504091	0.153620856861	0.0357823642601	-0.00219606527058	0.236967044362	-0.0221679780113	0.118239346984	-56.2530235071	1.86771436122	-17.2458613537
25	1.14985884057	-0.642330249384	-0.218653550118	0.70524048341	0.13150906199	0.23542467861	-0.0964926177013	0.0837492831294	0.0632896787011	-0.157748970008	0.0504754149507	-0.104649759406	-0.0865713698452	0.0569556427695	0.0237632207915	0.0899579938688	-0.00816841544752	0.00469290485464	0.114074520209	0.016532611756	0.0775864028427	-27.0758685256	0.0116714453153	-25.1810397516

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 28 )	B	H	1 - 28	1 - 28
2	2	chain 'B' and (resid 29 through 53 )	B	H	29 - 53	29 - 53
3	3	chain 'B' and (resid 54 through 76 )	B	H	54 - 76	54 - 76
4	4	chain 'B' and (resid 77 through 121 )	B	H	77 - 121	77 - 121
5	5	chain 'B' and (resid 122 through 171 )	B	H	122 - 171	122 - 171
6	6	chain 'B' and (resid 172 through 193 )	B	H	172 - 193	172 - 193
7	7	chain 'B' and (resid 194 through 249 )	B	H	194 - 249	194 - 249
8	8	chain 'B' and (resid 250 through 266 )	B	H	250 - 266	250 - 266
9	9	chain 'A' and (resid 1 through 53 )	A	A	1 - 53	1 - 53
10	10	chain 'A' and (resid 54 through 121 )	A	A	54 - 121	54 - 121
11	11	chain 'A' and (resid 122 through 184 )	A	A	122 - 184	122 - 184
12	12	chain 'A' and (resid 185 through 202 )	A	A	185 - 202	185 - 202
13	13	chain 'A' and (resid 203 through 266 )	A	A	203 - 266	203 - 266
14	14	chain 'C' and (resid 1 through 28 )	C	N	1 - 28	1 - 28
15	15	chain 'C' and (resid 29 through 53 )	C	N	29 - 53	29 - 53
16	16	chain 'C' and (resid 54 through 121 )	C	N	54 - 121	54 - 121
17	17	chain 'C' and (resid 122 through 159 )	C	N	122 - 159	122 - 159
18	18	chain 'C' and (resid 160 through 202 )	C	N	160 - 202	160 - 202
19	19	chain 'C' and (resid 203 through 249 )	C	N	203 - 249	203 - 249
20	20	chain 'C' and (resid 250 through 266 )	C	N	250 - 266	250 - 266
21	21	chain 'D' and (resid 1 through 53 )	D	W	1 - 53	1 - 53
22	22	chain 'D' and (resid 54 through 121 )	D	W	54 - 121	54 - 121
23	23	chain 'D' and (resid 122 through 184 )	D	W	122 - 184	122 - 184
24	24	chain 'D' and (resid 185 through 216 )	D	W	185 - 216	185 - 216
25	25	chain 'D' and (resid 217 through 266 )	D	W	217 - 266	217 - 266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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