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- PDB-7pld: Caulobacter crescentus xylonolactonase with (R)-4-hydroxy-2-pyrro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pld
タイトルCaulobacter crescentus xylonolactonase with (R)-4-hydroxy-2-pyrrolidone
要素Smp-30/Cgr1 family protein
キーワードHYDROLASE / XylC / lactonase / mononuclear iron
機能・相同性
機能・相同性情報


xylono-1,5-lactonase / gluconolactonase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Senescence marker protein-30 (SMP-30) / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / Six-bladed beta-propeller, TolB-like
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-4-hydroxy-2-pyrrolidone / : / D-xylonolactone lactonase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Paakkonen, J. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
資金援助 フィンランド, 4件
組織認可番号国
Academy of Finland118573 フィンランド
Academy of Finland287241 フィンランド
Academy of Finland288677 フィンランド
Academy of Finland322610 フィンランド
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Three-dimensional structure of xylonolactonase from Caulobacter crescentus: A mononuclear iron enzyme of the 6-bladed beta-propeller hydrolase family.
著者: Paakkonen, J. / Hakulinen, N. / Andberg, M. / Koivula, A. / Rouvinen, J.
履歴
登録2021年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smp-30/Cgr1 family protein
B: Smp-30/Cgr1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9929
ポリマ－63,3752
非ポリマー6177
水10,431579
1
A: Smp-30/Cgr1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8453
ポリマ－31,6881
非ポリマー1572
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Smp-30/Cgr1 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1486
ポリマ－31,6881
非ポリマー4605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.747, 171.729, 79.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 through 68 or resid 70...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 or (resid 5 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAPHEA1 - 65
d_12ens_1VALGLUA67 - 87
d_13ens_1GLUCYSA89 - 146
d_14ens_1SERGLUA148 - 171
d_15ens_1GLYSERA173 - 176
d_16ens_1LYSVALA178 - 223
d_17ens_1ARGVALA225 - 287
d_21ens_1ALAPHEB3 - 67
d_22ens_1VALGLUB69 - 89
d_23ens_1GLUCYSB91 - 148
d_24ens_1SERGLUB150 - 173
d_25ens_1GLYSERB175 - 178
d_26ens_1LYSVALB180 - 225
d_27ens_1ARGVALB227 - 289

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.909397812531, 0.214862790836, 0.356131435959), (-0.152992667138, 0.969007624706, -0.19395222882), (-0.386767194015, 0.121894234385, 0.914085845672)ベクター: -14. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.909397812531, 0.214862790836, 0.356131435959), (-0.152992667138, 0.969007624706, -0.19395222882), (-0.386767194015, 0.121894234385, 0.914085845672)
ベクター: -14.918473698, -34.5847633042, 8.22578638576)

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要素

#1: タンパク質 Smp-30/Cgr1 family protein / Xylonolactonase


分子量: 31687.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (strain ATCC 19089 / CB15) (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_0820 / プラスミド: pBAT4-XylC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9A9Z1, EC: 3.1.1.68
#2: 化合物
ChemComp-7UK / (R)-4-hydroxy-2-pyrrolidone / (4R)-4-oxidanylpyrrolidin-2-one / (R)-4-hydroxypyrrolidin-2-one / (4R)-4-ヒドロキシピロリジン-2-オン


分子量: 101.104 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 % / 解説: Two-dimensional, rectangular
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium sulfate, HEPES buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→85.98 Å / Num. obs: 73394 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.43 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 6987 / CC1/2: 0.439 / Rpim(I) all: 0.905 / Rrim(I) all: 1.279 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
GDAデータ収集
autoPROC1.0.5data processing
XDSJan 26, 2018 (BUILT 20180808)データスケーリング
Aimless0.7.3データスケーリング
pointless1.11.17データスケーリング
STARANISO2.2.1 (20181029)データスケーリング
Coot0.8.9.2モデル構築
MR-Rosetta位相決定
PHASER2.8.1位相決定
XDSJan 26, 2018 (BUILT 20180808)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GN7

4gn7


解像度: 1.7→78.14 Å / SU ML: 0.2423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.97
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2343 3292 5 %Random selection
Rwork0.1936 62572 --
obs0.1956 65864 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→78.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4432 0 37 579 5048
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00564627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81476326
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055700
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064831
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.365640
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.993661628701 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.43621360.38672592X-RAY DIFFRACTION99.13
1.72-1.750.39391410.37252541X-RAY DIFFRACTION98.42
1.75-1.780.37671260.33062565X-RAY DIFFRACTION99.52
1.78-1.810.34861400.30782588X-RAY DIFFRACTION99.67
1.81-1.840.3281230.30482578X-RAY DIFFRACTION99.59
1.84-1.870.31961320.30742599X-RAY DIFFRACTION99.85
1.87-1.910.34061570.30212558X-RAY DIFFRACTION99.49
1.91-1.950.38271410.33992571X-RAY DIFFRACTION99.74
1.95-1.990.28061440.22692584X-RAY DIFFRACTION99.74
1.99-2.030.25991360.19762588X-RAY DIFFRACTION99.82
2.03-2.090.25641310.18632620X-RAY DIFFRACTION99.93
2.09-2.140.2391380.18652588X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.20.27891470.1942577X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.280.35231200.29222570X-RAY DIFFRACTION98.39
2.28-2.360.23821410.19542609X-RAY DIFFRACTION99.82
2.36-2.450.26051230.1892627X-RAY DIFFRACTION99.89
2.45-2.560.23771590.18592579X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.70.24211440.192604X-RAY DIFFRACTION99.93
2.7-2.870.22541440.18592617X-RAY DIFFRACTION99.93
2.87-3.090.19911320.18172640X-RAY DIFFRACTION99.96
3.09-3.40.19611330.16192637X-RAY DIFFRACTION99.86
3.4-3.890.19771350.15122657X-RAY DIFFRACTION99.57
3.89-4.90.1451360.1212686X-RAY DIFFRACTION99.89
4.9-78.140.17791330.16172797X-RAY DIFFRACTION99.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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