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- PDB-7pki: Crystal structure of human ACE2 bound to the spike receptor-bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pki
タイトルCrystal structure of human ACE2 bound to the spike receptor-binding domain from a cave bat sarbecovirus closely related to SARS-CoV-2.
要素
  • BANAL 236 coronavirus spike receptor-binding domain
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Coronavirus / receptor binding domain / human ACE2.
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / viral translation / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sarbecovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94234133444 Å
データ登録者Baquero, E. / Rey, F.A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Pasteur InstituteAlloSpike フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Bat coronaviruses related to SARS-CoV-2 and infectious for human cells.
著者: Temmam, S. / Vongphayloth, K. / Baquero, E. / Munier, S. / Bonomi, M. / Regnault, B. / Douangboubpha, B. / Karami, Y. / Chretien, D. / Sanamxay, D. / Xayaphet, V. / Paphaphanh, P. / Lacoste, ...著者: Temmam, S. / Vongphayloth, K. / Baquero, E. / Munier, S. / Bonomi, M. / Regnault, B. / Douangboubpha, B. / Karami, Y. / Chretien, D. / Sanamxay, D. / Xayaphet, V. / Paphaphanh, P. / Lacoste, V. / Somlor, S. / Lakeomany, K. / Phommavanh, N. / Perot, P. / Dehan, O. / Amara, F. / Donati, F. / Bigot, T. / Nilges, M. / Rey, F.A. / van der Werf, S. / Brey, P.T. / Eloit, M.
履歴
登録2021年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
E: BANAL 236 coronavirus spike receptor-binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,11823
ポリマ－91,1012
非ポリマー3,01721
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex isolated by size exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area34040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)341.535, 341.535, 68.153
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-1801-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 69038.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / プラスミド: pcDNA3.1(+) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 GnTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質 BANAL 236 coronavirus spike receptor-binding domain


分子量: 22062.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sarbecovirus (ウイルス) / 株: BANAL 236 / 遺伝子: Spike / プラスミド: pCAGGS / 細胞株 (発現宿主): Espi293 GnTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 2種, 7分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 7種, 22分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Tris 8.5, 30 % w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.942→49.63 Å / Num. obs: 43645 / % possible obs: 86.98 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 68.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.42
反射 シェル解像度: 2.942→3.047 Å / Rmerge(I) obs: 4.562 / Num. unique obs: 614 / CC1/2: 0.496

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoBUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M0J

6m0j


解像度: 2.94234133444→49.2963310469 Å / SU ML: 0.293331497159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34352455118 / 位相誤差: 25.2228022368
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227196056333 2169 4.97078033689 %
Rwork0.214370371042 41466 -
obs0.21501689136 43635 87.0193841736 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.6809885402 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.94234133444→49.2963310469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6418 0 184 8 6610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005021972165936784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8799746446499224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0436209670625981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004549242857991178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.31487132883964
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.94234133444-3.01080.516725065049150.306890915889253X-RAY DIFFRACTION8.23348694316
3.0108-3.08610.303038482274510.3363030576391033X-RAY DIFFRACTION32.6998491704
3.0861-3.16950.3211731692931150.3305945357642258X-RAY DIFFRACTION72.7690892364
3.1695-3.26270.3444320673991420.3253333721952827X-RAY DIFFRACTION89.7249924448
3.2627-3.3680.3230403862661590.3042841021343061X-RAY DIFFRACTION98.5312117503
3.368-3.48840.286711013741900.2919432213973104X-RAY DIFFRACTION100
3.4884-3.6280.3112874641541640.2673673940423158X-RAY DIFFRACTION99.9699067108
3.628-3.79310.2775486313941620.2460220823883175X-RAY DIFFRACTION100
3.7931-3.99290.2175406070851720.2199386947343134X-RAY DIFFRACTION100
3.9929-4.2430.2007419557481270.1997359048463197X-RAY DIFFRACTION100
4.243-4.57040.2047568249211550.1776720122153191X-RAY DIFFRACTION100
4.5704-5.02990.1773420466031780.1663444749873165X-RAY DIFFRACTION100
5.0299-5.75680.2102745249651710.1796738056643230X-RAY DIFFRACTION100
5.7568-7.24930.2155565790321800.1997264202523242X-RAY DIFFRACTION100
7.2493-49.29633104690.1710659487041880.1737618223233438X-RAY DIFFRACTION99.779856907

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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