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万見
- PDB-7pgh: NaVAe1/Sp1CTDp (DDM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgh
タイトルNaVAe1/Sp1CTDp (DDM)
要素Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel membrane protein transport protein antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / N-OCTANE / Ion transport protein / Voltage-gated sodium channel subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)
Ruegeria pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 4.194 Å
データ登録者Lolicato, M. / Arrigoni, C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Quaternary structure independent folding of voltage-gated ion channel pore domain subunits.
著者: Arrigoni, C. / Lolicato, M. / Shaya, D. / Rohaim, A. / Findeisen, F. / Fong, L.K. / Colleran, C.M. / Dominik, P. / Kim, S.S. / Schuermann, J.P. / DeGrado, W.F. / Grabe, M. / Kossiakoff, A.A. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2021年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
A: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
B: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
C: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
D: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
E: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
G: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
H: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,95127
ポリマ－130,8498
非ポリマー6,10219
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21830 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area71200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)123.465, 134.696, 155.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 FABCDEGH

#1: タンパク質
Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel subunit


分子量: 16356.166 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii (strain ATCC BAA-1101 / DSM 17681 / MLHE-1) (紅色硫黄細菌), (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア)
株: ATCC BAA-1101 / DSM 17681 / MLHE-1 / 遺伝子: Mlg_0322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0ABW0, UniProt: Q6TMY8

-
非ポリマー , 5種, 19分子

#2: 化合物
ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#4: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Purified NaVAe1Sp1CTDp was concentrated to 13-13.5 mg ml-1 and crystallized in 22% PEG3350, 0.3 M KI, 8 mM sarcosine. Crystals were harvested in 30% PEG3350, 0.3 M KI, 8 mM sarcosine and 1mM ...詳細: Purified NaVAe1Sp1CTDp was concentrated to 13-13.5 mg ml-1 and crystallized in 22% PEG3350, 0.3 M KI, 8 mM sarcosine. Crystals were harvested in 30% PEG3350, 0.3 M KI, 8 mM sarcosine and 1mM Fos-choline 12 (FC-12), Anatrace).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1, 0.97698, 0.97953, 0.95368
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.976981
30.979531
40.953681
反射解像度: 4.194→15 Å / Num. obs: 18983 / % possible obs: 96.53 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 4.194→4.342 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1766 / CC1/2: 0.404

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 4.194→14.989 Å / SU ML: 1.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 50.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3369 851 4.5 %
Rwork0.3175 18062 -
obs0.3184 18913 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 650.8 Å2 / Biso mean: 317.5867 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.194→14.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8288 0 415 0 8703
Biso mean--277.06 --
残基数----1043
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
4.194-4.44990.4414135281594
4.4499-4.78310.47951450.4722997100
4.7831-5.24560.46611662977100
5.2456-5.96240.44051323043100
5.9624-7.36090.44261420.41723063100
7.3609-14.9890.23181310.22353167100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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