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- PDB-7pem: Cryo-EM structure of phophorylated Drs2p-Cdc50p in a PS and ATP-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pem
タイトルCryo-EM structure of phophorylated Drs2p-Cdc50p in a PS and ATP-bound E2P state
要素
  • Cell division control protein 50
  • Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Lipid Flippase / P4 ATPase / trans-Golgi Network (ゴルジ体) / Phosphatidylserine transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / Ion transport by P-type ATPases / aminophospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity ...Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / Ion transport by P-type ATPases / aminophospholipid translocation / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / phospholipid-translocating ATPase complex / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phospholipid translocation / Neutrophil degranulation / intracellular protein transport / ゴルジ体 / エンドサイトーシス / late endosome membrane / endosome membrane / ゴルジ体 / magnesium ion binding / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2Y5 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-Q3G / Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit CDC50 / Phospholipid-transporting ATPase DRS2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Timcenko, M. / Wang, Y. / Lyons, J.A. / Nissen, P. / Lindorff-Larsen, K.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-266 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Substrate Transport and Specificity in a Phospholipid Flippase
著者: Wang, Y. / Lyons, J.A. / Timcenko, M. / Kummerer, F. / de Groot, B.L. / Nissen, P. / Gapsys, V. / Lindorff-Larsen, K.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2
C: Cell division control protein 50
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,9049
ポリマ－199,0442
非ポリマー3,8607
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area12100 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area61710 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2


分子量: 154006.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Drs2p with a Thrombin cleavable C-terminal biotin acceptor domain (BAD) tag, and additional Thrombin cleavage site in the C-terminus.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DRS2, YAL026C, FUN38 / プラスミド: pYeDP60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303-1A dpep4 / 参照: UniProt: P39524, P-type phospholipid transporter
#2: タンパク質 Cell division control protein 50


分子量: 45037.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cdc50p with Thrombin cleavable C-terminal His-tag
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC50, YCR094W, YCR94W / プラスミド: pYeDP60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303-1A dpep4 / 参照: UniProt: P25656

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糖 , 2種, 3分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-2Y5 / (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate / Phosphatidylinositol-4-phosphate / PI4P


分子量: 967.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H84O16P2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-Q3G / O-[(R)-[(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-(octadecanoyloxy)propoxy](hydroxy)phosphoryl]-D-serine


分子量: 764.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H78NO10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and transport substrate PS
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.18 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A dpep4 / プラスミド: pYeDP60
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMMOPS-Tris1
2100 mMKCl1
35 mMMgCl21
41 mMDithiothreitolジチオトレイトールDTT1
50.03 mg/mLlauryl maltose neopentyl glycolLMNG1
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified in detergent lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG)
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Incubated with 0.1 mg/mL POPS for 1 hour. 3mM ATP was added to the sample just before application to the grid.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9837
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18rc7_3834精密化
PHENIX1.18rc7_3834精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC2CTF補正patch CTF
7PyMOLモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC2初期オイラー角割当heterogeneous refinement
11cryoSPARC3最終オイラー角割当non-uniform refinement
12cryoSPARC2分類heterogeneous refinement
13cryoSPARC3３次元再構成non-uniform refinement
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 3029402
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91415 / 詳細: non-uniform refinement in cryoSPARC v3 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 69.1 / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
詳細: Molecular dynamics flexible fitting and energy minimization in Gromacs
原子モデル構築PDB-ID: 6ROJ

6roj

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 61.24 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001811883
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.441116107
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03991836
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00291999
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.30461655

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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