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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pee | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of extracellular part of human Trop2 | |||||||||
![]() | Tumor-associated calcium signal transducer 2 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / extracellular part / dimer | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of stress fiber assembly / lateral plasma membrane ...negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of stress fiber assembly / lateral plasma membrane / visual perception / basal plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pavsic, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Trop2 Forms a Stable Dimer with Significant Structural Differences within the Membrane-Distal Region as Compared to EpCAM. 著者: Pavsic, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 216.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4mzvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28381.301 Da / 分子数: 4 / 変異: N120Q,N208Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P09758 #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.63 % / 解説: rod |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.5 M NaCl, 0.0133 M EDTA, 0.1 M MES pH 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.81→48.38 Å / Num. obs: 57322 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 64.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.1157 / Net I/σ(I): 15.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.81→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 9084 / CC1/2: 0.717 / Rsym value: 1.19 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MZV 解像度: 2.81→48.37 Å / SU ML: 0.4202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8396 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 75.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.81→48.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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