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- PDB-7pee: Crystal structure of extracellular part of human Trop2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pee
タイトルCrystal structure of extracellular part of human Trop2
要素Tumor-associated calcium signal transducer 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / extracellular part / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of stress fiber assembly / lateral plasma membrane ...negative regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / ureteric bud morphogenesis / negative regulation of ruffle assembly / negative regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of cell motility / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of stress fiber assembly / lateral plasma membrane / visual perception / basal plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Epithelial cell adhesion molecule N-terminal domain / Transmembrane glycoprotein EPCAM/Trop-2 / : / Epithelial cell adhesion molecule, N-terminal domain / EPCAM/Trop-2, C-terminal / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats.
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor-associated calcium signal transducer 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Pavsic, M.
資金援助 スロベニア, 2件
組織認可番号
Slovenian Research AgencyJ1-7119 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0207 スロベニア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / : 2021
タイトル: Trop2 Forms a Stable Dimer with Significant Structural Differences within the Membrane-Distal Region as Compared to EpCAM.
著者: Pavsic, M.
履歴
登録2021年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor-associated calcium signal transducer 2
B: Tumor-associated calcium signal transducer 2
C: Tumor-associated calcium signal transducer 2
D: Tumor-associated calcium signal transducer 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,30110
ポリマ-113,5254
非ポリマー1,7766
54030
1
A: Tumor-associated calcium signal transducer 2
D: Tumor-associated calcium signal transducer 2
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Extracelluar region of human EpCAM (paralogue) forms a stable dimer in solution at physiological pH and ionic strength., gel filtration, Extracelullar region of Trop2 migrates on ...根拠: homology, Extracelluar region of human EpCAM (paralogue) forms a stable dimer in solution at physiological pH and ionic strength., gel filtration, Extracelullar region of Trop2 migrates on size exclusion chromatography column as a dimeric species (at physiological pH)., cross-linking, Chemical cross-linking of extracellular region of Trop2 in solution at physiological pH using cross-linker BS3 results in formation of covalently-bonded species with a molecular mass coresponding to a dimer.
  • 57.7 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6505
ポリマ-56,7632
非ポリマー8883
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
2
B: Tumor-associated calcium signal transducer 2
C: Tumor-associated calcium signal transducer 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6505
ポリマ-56,7632
非ポリマー8883
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.080, 145.080, 217.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Space group name HallP4cw2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+1/4
#8: -y,-x,-z+3/4

-
要素

#1: タンパク質
Tumor-associated calcium signal transducer 2 / Cell surface glycoprotein Trop-2 / Membrane component chromosome 1 surface marker 1 / Pancreatic ...Cell surface glycoprotein Trop-2 / Membrane component chromosome 1 surface marker 1 / Pancreatic carcinoma marker protein GA733-1 / Trop2EX


分子量: 28381.301 Da / 分子数: 4 / 変異: N120Q,N208Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TACSTD2, GA733-1, M1S1, TROP2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P09758
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / : SO4
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.63 % / 解説: rod
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.5 M NaCl, 0.0133 M EDTA, 0.1 M MES pH 5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.81→48.38 Å / Num. obs: 57322 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 64.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.1157 / Net I/σ(I): 15.14
反射 シェル解像度: 2.81→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 9084 / CC1/2: 0.717 / Rsym value: 1.19 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MZV
解像度: 2.81→48.37 Å / SU ML: 0.4202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.8396
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 2865 5 %
Rwork0.2396 54435 -
obs0.2408 57300 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7476 0 114 30 7620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00747728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.074910442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06721158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01281384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5632982
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.81-2.850.42691390.35522659X-RAY DIFFRACTION99.08
2.85-2.910.31121420.32852692X-RAY DIFFRACTION99.37
2.91-2.960.37261400.33332666X-RAY DIFFRACTION99.68
2.96-3.020.45961420.35042691X-RAY DIFFRACTION99.47
3.02-3.090.40271410.34242668X-RAY DIFFRACTION99.72
3.09-3.160.32811410.3132683X-RAY DIFFRACTION99.61
3.16-3.240.35551410.28442680X-RAY DIFFRACTION99.79
3.24-3.330.30521420.25862687X-RAY DIFFRACTION99.68
3.33-3.420.27981420.26662710X-RAY DIFFRACTION99.76
3.42-3.530.30731420.26662702X-RAY DIFFRACTION99.72
3.53-3.660.26271420.26272696X-RAY DIFFRACTION99.79
3.66-3.810.27041430.23532709X-RAY DIFFRACTION99.86
3.81-3.980.25471420.22642692X-RAY DIFFRACTION99.33
3.98-4.190.25361440.20752737X-RAY DIFFRACTION99.83
4.19-4.450.23981440.20082733X-RAY DIFFRACTION99.9
4.45-4.80.21371440.19352741X-RAY DIFFRACTION100
4.8-5.280.20721450.19822758X-RAY DIFFRACTION99.69
5.28-6.040.2131470.22072790X-RAY DIFFRACTION99.76
6.04-7.610.26671480.24582810X-RAY DIFFRACTION99.8
7.61-48.370.21841540.21512931X-RAY DIFFRACTION98.31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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