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Yorodumi- PDB-7pe4: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pe4 | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with UDP-glucose | ||||||
Components | Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glucose / UDP-glucose / thermostable / GTA-fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium hassiacum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Silva, A. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with UDP-glucose Authors: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Empadinhas, N. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pe4.cif.gz | 172.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pe4.ent.gz | 112.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7pe4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7pe4_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7pe4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 7pe4_validation.xml.gz | 16.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7pe4_validation.cif.gz | 24.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pe4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7p8gS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 35151.129 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The C-terminal sequence KLAAALEHHHHHH corresponds to the linker and hexahistidine tag used for protein purification. Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (bacteria) Strain: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / Gene: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 313 molecules
#2: Chemical | ChemComp-UPG / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-MG / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5; 3 M NaCl |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.96112 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2013 / Details: 0.96112 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96112 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 38917 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 35.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 14.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.12 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3768 / Rrim(I) all: 1.052 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7P8G Resolution: 2.05→46.58 Å / SU ML: 0.2325 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.2268 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→46.58 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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