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Yorodumi- PDB-7pd5: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pd5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with 4-aminobenzoic acid | ||||||
Components | Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Glucose / UDP / thermostable / GTA-fold | ||||||
Function / homology | glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / glycosyltransferase activity / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / 4-AMINOBENZOIC ACID / Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycolicibacterium hassiacum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with 4-aminobenzoic acid Authors: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Empadinhas, N. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pd5.cif.gz | 156.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pd5.ent.gz | 101.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7pd5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7p8gS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35151.129 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Sequence KLAAALEHHHHHH corresponds to the linker and hexahistidine tag used for protein purification Source: (gene. exp.) Mycolicibacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (bacteria) Strain: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / Gene: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-PAB / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-BTB / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.43 Å3/Da / Density % sol: 72.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 3 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97915 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 13, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→46.65 Å / Num. obs: 44461 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 52.01 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 14143 / CC1/2: 0.419 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7P8G Resolution: 1.95→46.65 Å / SU ML: 0.2733 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.323 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→46.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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