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- PDB-7pdo: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pdo
タイトルCrystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with UDP
要素Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
キーワードTRANSFERASE / Glucose / UDP / thermostable / GTA-fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BTM-TEC/29221/2017 (POCI-01-0145-FEDER-029221). ポルトガル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium hassiacum glucosyl-3-phosphoglycerate synthase at pH 5.5 in complex with UDP
著者: Silva, A. / Nunes-Costa, D. / Empadinhas, N. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S.
履歴
登録2021年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5596
ポリマ－35,0131
非ポリマー5465
水3,297183
1
A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子

A: Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,11812
ポリマ－70,0262
非ポリマー1,09210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545-x,-y-1,z1
Buried area6990 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.338, 101.338, 122.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glucosyl-3-phosphoglycerate synthase


分子量: 35012.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The C-terminal sequence KLAAALEHHHHHH corresponds to the linker and hexahistidine tag used for protein purification
由来: (組換発現) Mycolicibacterium hassiacum DSM 44199 (バクテリア)
株: DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849 / 遺伝子: gpgS, C731_3243, MHAS_02845 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: K5B7Z4, glucosyl-3-phosphoglycerate synthase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5; 3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96112 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96112 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 43448 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 38.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.97→2.04 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4232 / Rpim(I) all: 0.371 / Rrim(I) all: 0.957 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7P8G

7p8g


解像度: 1.97→46.57 Å / SU ML: 0.2412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.5421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 2184 5.03 %
Rwork0.1822 41200 -
obs0.1829 43384 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2272 0 29 183 2484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00652355
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85193221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0105413
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2467863
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.97-2.010.33211520.31442547X-RAY DIFFRACTION98.68
2.01-2.060.24941210.26932540X-RAY DIFFRACTION98.63
2.06-2.110.27141440.24972552X-RAY DIFFRACTION99.19
2.11-2.170.26751340.22752551X-RAY DIFFRACTION98.97
2.17-2.230.26241240.21032578X-RAY DIFFRACTION99.34
2.23-2.30.2481230.20442588X-RAY DIFFRACTION99.09
2.3-2.390.22611440.20452533X-RAY DIFFRACTION99.48
2.39-2.480.25341370.21022586X-RAY DIFFRACTION99.6
2.48-2.590.25561350.2062560X-RAY DIFFRACTION99.48
2.6-2.730.25961150.20892613X-RAY DIFFRACTION99.82
2.73-2.90.24731610.2272567X-RAY DIFFRACTION99.96
2.9-3.130.25331400.22432573X-RAY DIFFRACTION99.63
3.13-3.440.21351310.18792578X-RAY DIFFRACTION99.93
3.44-3.940.15091450.1492594X-RAY DIFFRACTION99.96
3.94-4.960.12481400.12682609X-RAY DIFFRACTION99.96
4.96-46.570.15581380.16512631X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.422171216470.225516595556-0.1958387364931.73228825872-0.6600605073572.289182908220.07047551864050.09915824287450.127259680750.1579535315750.07967886183550.171553274956-0.383226066272-0.312831022152-0.1420391213620.4189462269330.122400182250.02803753653080.3285058812910.05137733134330.3247277928614.93549667103-25.6785466728-36.4262572306
20.7463680789290.869097690377-0.4661085831272.81383980691-0.9127767134131.876404979810.06520356791430.1590541047370.156920306192-0.0008204959877010.1092426634490.323412626185-0.242009364744-0.431318913619-0.1779355741450.3572347616850.09779254196430.01020348299610.4572501024280.05793245560290.3350425065180.961772960785-30.6525283235-33.023426243
33.161661832870.1381381523551.473349013265.16919145009-2.473083206961.959025851920.2195562997240.5524153108390.117288943494-0.374350679769-0.02696438292870.0008146372113310.1020188810280.0191796128429-0.1647246971650.3380450593930.07710069333530.007585750580.5627162124870.0796903010810.297790374193-0.732102281015-34.70098029-32.6606473696
44.00434451233-0.916513514646-0.7567390027496.658168798622.081246730538.09603896604-0.03281247162810.458163910432-0.204149233323-0.1908754044970.114694635239-0.3458895651450.2568740148120.392371611535-0.07028056929770.345085055546-0.0493170781192-0.02615632049540.539937540218-0.0169778271410.4348096801139.46428290064-49.8911742214-30.1879123771
52.439951196942.82777601022.815457917229.230157372715.979637498174.50812613762-0.00518148039009-0.003170445426380.3921743965350.4640157561780.0546955061399-0.513469119627-0.4041864940520.104530618234-0.01889841309210.433207773227-0.00892832832169-0.04109817001680.4090067919070.03317342331390.41153284798215.5104913216-27.6398697939-19.2940533129
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 110 )2 - 1101 - 109
22chain 'A' and (resid 111 through 221 )111 - 221110 - 209
33chain 'A' and (resid 222 through 256 )222 - 256210 - 244
44chain 'A' and (resid 257 through 301 )257 - 301245 - 282
55chain 'A' and (resid 302 through 320 )302 - 320283 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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