PDB-7pdx: Crystal structure of parent MAGE-A10 TCR (728)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pdx

タイトル

Crystal structure of parent MAGE-A10 TCR (728)

要素

T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)
T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / immunoglobulin fold

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2022
タイトル: Structural insights into engineering a T-cell receptor targeting MAGE-A10 with higher affinity and specificity for cancer immunotherapy.
著者: Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J.

履歴

登録	2021年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pdx.cif.gz	338.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pdx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pdx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pdx_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pdx_full_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示
XML形式データ	7pdx_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	7pdx_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pbcC 7pdwSC 7qpjC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

CCC: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

DDD: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

AAA: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

BBB: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

ヘテロ分子

100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

CCC: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

DDD: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology
50 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

BBB: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, gel filtration
50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.930, 59.171, 86.020
Angle α, β, γ (deg.)	101.940, 105.870, 104.690
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CCC
2	1	AAA
3	2	DDD
4	2	BBB

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	PRO	PRO	CCC	A	3 - 201	3 - 201
2	2	1	LYS	LYS	PRO	PRO	AAA	C	3 - 201	3 - 201
3	3	2	GLY	GLY	ALA	ALA	DDD	B	4 - 240	4 - 240
4	4	2	GLY	GLY	ALA	ALA	BBB	D	4 - 240	4 - 240

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

#1: タンパク質	T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC) 分子量: 22818.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC) 分子量: 27185.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.486 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M PCTP pH 7.0, 25% w/v PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→79.011 Å / Num. obs: 38348 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 1.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.61 Å² / CC_1/2: 0.957 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.117 / R_rim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 4.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
9.08-79.01	1.6	0.072	6.1	657	0.984	0.072	0.101	94.4
2.27-2.34	1.5	0.21	2.3	3471	0.898	0.21	0.297	85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.2	データスケーリング
MOSFLM		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PDW

7pdw

解像度: 2.27→79.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 8.608 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.269 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2516	1873	4.886 %	Random
R_work	0.192	36462	-	-
all	0.195	-	-	-
obs	-	38335	86.177 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.761 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.721 Å²	1.047 Å²	-0.062 Å²
2-	-	2.877 Å²	-0.526 Å²
3-	-	-	-2.822 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→79.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6744	0	7	299	7050

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6936
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6132
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.645	9451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.25	1.576	14115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.234	5	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.762	22.818	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.399	15	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.91	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8065
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	5682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.085	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.371	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.846	3.428	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.845	3.427	3500
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.336	5.131	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.336	5.132	4372
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.317	3.671	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.313	3.672	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.111	5.387	5080
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.112	5.388	5075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.158	39.395	7282
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.142	39.376	7256
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.111	0.05	5503
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.074	0.05	7461

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11052	0.05009
1	2	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11052	0.05009
2	3	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07375	0.0501
2	4	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07375	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.27-2.329	0.319	147	0.255	2649	0.258	3310	0.777	0.81	84.4713	0.263
2.329-2.393	0.325	140	0.23	2645	0.235	3218	0.808	0.843	86.5444	0.236
2.393-2.462	0.334	116	0.227	2504	0.232	3090	0.83	0.857	84.7896	0.233
2.462-2.538	0.343	142	0.22	2440	0.226	3026	0.801	0.857	85.3272	0.229
2.538-2.621	0.248	122	0.215	2272	0.216	2904	0.867	0.874	82.438	0.228
2.621-2.713	0.33	121	0.257	2251	0.26	2867	0.74	0.836	82.7346	0.266
2.713-2.815	0.297	94	0.218	2302	0.221	2729	0.825	0.878	87.7977	0.235
2.815-2.93	0.26	98	0.18	2161	0.183	2656	0.887	0.918	85.0527	0.197
2.93-3.06	0.263	118	0.184	2006	0.189	2514	0.89	0.92	84.4869	0.205
3.06-3.209	0.258	121	0.183	1949	0.187	2403	0.891	0.928	86.1423	0.204
3.209-3.382	0.249	116	0.184	1893	0.188	2287	0.905	0.917	87.8443	0.207
3.382-3.587	0.246	84	0.21	1852	0.212	2178	0.875	0.898	88.8889	0.239
3.587-3.834	0.255	91	0.196	1710	0.198	2056	0.887	0.915	87.5973	0.227
3.834-4.14	0.212	82	0.17	1581	0.173	1897	0.947	0.945	87.6647	0.199
4.14-4.534	0.165	61	0.131	1531	0.132	1770	0.961	0.966	89.9435	0.161
4.534-5.067	0.151	61	0.136	1354	0.137	1572	0.967	0.971	90.0127	0.173
5.067-5.847	0.232	55	0.19	1182	0.192	1401	0.938	0.953	88.2941	0.231
5.847-7.152	0.296	45	0.223	964	0.226	1172	0.888	0.927	86.0921	0.27
7.152-10.073	0.225	40	0.178	765	0.181	921	0.931	0.944	87.405	0.234
10.073-79.011	0.27	19	0.239	450	0.241	501	0.928	0.909	93.6128	0.29

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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