PDB-7pdw: Crystal structure of parent TCR (728) complexed to HLA-A*02:01 pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pdw

タイトル

Crystal structure of parent TCR (728) complexed to HLA-A*02:01 presenting MAGE-A10 9-mer peptide

要素

(T-cell receptor ...) x 2
Beta-2-microglobulin
MHC class I antigen
Melanoma-associated antigen 10

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / human leukocyte antigen / MAGE-A10

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / histone deacetylase binding / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2022
タイトル: Structural insights into engineering a T-cell receptor targeting MAGE-A10 with higher affinity and specificity for cancer immunotherapy.
著者: Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J.

履歴

登録	2021年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pdw.cif.gz	636.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pdw.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pdw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pbcSC 7pdxC 7qpjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

BBB: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

DDD: Beta-2-microglobulin

EEE: Melanoma-associated antigen 10

FFF: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

GGG: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

III: Beta-2-microglobulin

JJJ: Melanoma-associated antigen 10

CCC: MHC class I antigen

HHH: MHC class I antigen

ヘテロ分子

190 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

BBB: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

DDD: Beta-2-microglobulin

EEE: Melanoma-associated antigen 10

CCC: MHC class I antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, gel filtration
95.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC)

GGG: T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC)

III: Beta-2-microglobulin

JJJ: Melanoma-associated antigen 10

HHH: MHC class I antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, surface plasmon resonance
95.1 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.081, 95.834, 106.261
Angle α, β, γ (deg.)	109.170, 96.510, 99.700
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	FFF
3	2	BBB
4	2	GGG
5	3	DDD
6	3	III
7	4	CCC
8	4	HHH

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	SER	SER	AAA	A	3 - 202	3 - 202
2	2	1	LYS	LYS	SER	SER	FFF	E	3 - 202	3 - 202
3	3	2	GLY	GLY	ARG	ARG	BBB	B	4 - 239	4 - 239
4	4	2	GLY	GLY	ARG	ARG	GGG	F	4 - 239	4 - 239
5	5	3	MET	MET	MET	MET	DDD	C	1 - 100	1 - 100
6	6	3	MET	MET	MET	MET	III	G	1 - 100	1 - 100
7	7	4	GLY	GLY	PRO	PRO	CCC	I	2 - 277	2 - 277
8	8	4	GLY	GLY	PRO	PRO	HHH	J	2 - 277	2 - 277

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8

-
T-cell receptor ... , 2種, 4分子 AAAFFFBBBGGG

#1: タンパク質	T-cell receptor alpha chain (TRAV/TRAC) 分子量: 22818.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	T-cell receptor beta chain (TRBV/TRBC) 分子量: 27185.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 , 2種, 4分子 DDDIIICCCHHH

#3: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#5: タンパク質	MHC class I antigen 分子量: 32082.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EEEJJJ

#4: タンパク質・ペプチド	Melanoma-associated antigen 10 / Cancer/testis antigen 1.10 / CT1.10 / MAGE-10 antigen 分子量: 1035.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Melanoma-associated antigen 10 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43363

-
非ポリマー , 3種, 647分子

#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6572 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.74 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.02M Sodium/potassium phosphate, 0.1M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.82→98.71 Å / Num. obs: 158062 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 1.5 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.098 / R_rim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 4.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
9.97-98.71	1.5	0.035	11.1	1041	0.932	0.035	0.049	97.3
1.82-1.85	1.4	0.672	0.7	7634	0.464	0.672	0.95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PBC

7pbc

解像度: 1.82→81.936 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 5.004 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.133 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2292	8035	5.084 %	Random selection
R_work	0.2013	150025	-	-
all	0.203	-	-	-
obs	0.2028	158060	90.166 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.993 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.023 Å²	0.947 Å²	0.098 Å²
2-	-	2.143 Å²	0.857 Å²
3-	-	-	-0.991 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→81.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13024	0	17	644	13685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	13465
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.649	18332
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.277	1.578	27222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.622	5	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.684	22.109	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.33	15	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.923	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	15582
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	10751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	6232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	649
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.142	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.912	3.832	6585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.91	3.831	6584
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.375	5.736	8217
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.376	5.736	8218
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.39	4.125	6880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.378	4.123	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.245	6.063	10110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.238	6.06	10104
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.273	42.897	14358
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.265	42.821	14251
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.079	0.05	5666
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.078	0.05	7355
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.065	0.05	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.091	0.05	8785

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07935	0.05009
1	2	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07935	0.05009
2	3	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07808	0.0501
2	4	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07808	0.0501
3	5	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06542	0.0501
3	6	III	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06542	0.0501
4	7	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09095	0.05009
4	8	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09095	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.867	0.335	547	0.337	10865	X-RAY DIFFRACTION	87.522
1.867-1.918	0.349	577	0.329	10715	X-RAY DIFFRACTION	89.4841
1.918-1.974	0.313	541	0.3	10348	X-RAY DIFFRACTION	89.0424
1.974-2.035	0.297	524	0.27	10108	X-RAY DIFFRACTION	88.7924
2.035-2.101	0.266	554	0.264	9861	X-RAY DIFFRACTION	90.22
2.101-2.175	0.249	486	0.23	9634	X-RAY DIFFRACTION	90.0436
2.175-2.257	0.266	474	0.236	9151	X-RAY DIFFRACTION	89.2609
2.257-2.349	0.251	454	0.217	8846	X-RAY DIFFRACTION	89.3114
2.349-2.454	0.249	478	0.204	8366	X-RAY DIFFRACTION	88.8755
2.454-2.573	0.23	405	0.19	8215	X-RAY DIFFRACTION	90.8325
2.573-2.712	0.243	422	0.196	7685	X-RAY DIFFRACTION	89.6296
2.712-2.877	0.23	394	0.189	7314	X-RAY DIFFRACTION	90.0888
2.877-3.075	0.23	390	0.182	6976	X-RAY DIFFRACTION	91.6968
3.075-3.321	0.213	383	0.186	6638	X-RAY DIFFRACTION	93.6633
3.321-3.638	0.214	355	0.187	6040	X-RAY DIFFRACTION	92.6409
3.638-4.067	0.195	304	0.168	5484	X-RAY DIFFRACTION	92.8159
4.067-4.695	0.181	280	0.144	4824	X-RAY DIFFRACTION	93.2578
4.695-5.746	0.184	207	0.165	4026	X-RAY DIFFRACTION	91.465
5.746-8.113	0.22	158	0.196	3104	X-RAY DIFFRACTION	90.4603
8.113-81.936	0.171	102	0.173	1826	X-RAY DIFFRACTION	97.0307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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タンパク質 , 2種, 4分子 DDDIIICCCHHH

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EEEJJJ

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非ポリマー , 3種, 647分子

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