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- PDB-7pdt: Crystal structure of a mutated form of RXRalpha ligand binding do... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pdt
タイトルCrystal structure of a mutated form of RXRalpha ligand binding domain in complex with BMS649 and a coactivator fragment
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2核内受容体コアクチベーター2
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nuclear hormone receptor (核内受容体) / ligand binding (リガンド)
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine metabolism / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts ...Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine metabolism / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of intracellular receptors / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / visceral serous pericardium development / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / mesenchyme development / positive regulation of translational initiation by iron / Endogenous sterols / maternal placenta development / anatomical structure development / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / retinoic acid-responsive element binding / Cytoprotection by HMOX1 / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / cardiac muscle cell differentiation / nuclear retinoic acid receptor binding / ion binding / camera-type eye development / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / cardiac muscle cell proliferation / regulation of myelination / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / LBD domain binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / heart morphogenesis / response to retinoic acid / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / response to glucocorticoid / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / 着床 / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / transcription coregulator binding / nuclear receptor binding / placenta development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / heart development / HATs acetylate histones / 遺伝子発現 / double-stranded DNA binding / Estrogen-dependent gene expression / in utero embryonic development / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / 細胞分化 / nuclear body
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BM6 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者le Maire, A. / Bourguet, W. / Guee, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Mol.Endocrinol. / 年: 2022
タイトル: Design and in vitro characterization of RXR variants as tools to investigate the biological role of endogenous rexinoids.
著者: le Maire, A. / Rey, M. / Vivat, V. / Guee, L. / Blanc, P. / Malosse, C. / Chamot-Rooke, J. / Germain, P. / Bourguet, W.
履歴
登録2021年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
U: Nuclear receptor coactivator 2
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
V: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2996
ポリマ－57,5404
非ポリマー7592
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.392, 68.526, 109.717
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 27190.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rxra, Nr2b1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P28700
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / 核内受容体コアクチベーター2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596
#3: 化合物 ChemComp-BM6 / 4-[2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRO-NAPHTHALEN-2-YL)-[1,3]DIOXOLAN-2-YL]-BENZOIC ACID / BMS649


分子量: 379.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C24H27O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% PEG3350, 0.2M Na Nitrate, 0.1M BisTris propane pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.972422 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→42.84 Å / Num. obs: 7562 / % possible obs: 98.94 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 83.5 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 10.77
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / Num. unique obs: 965 / CC1/2: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
autoPROC1.18.2_3874data processing
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 3.0E+94 / 解像度: 3.3→42.84 Å / SU ML: 0.2839 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 761 10.1 %
Rwork0.1924 6770 -
obs0.194 7531 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3428 0 56 7 3491
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6584817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0399558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.86181351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.550.26331700.25651309X-RAY DIFFRACTION99.4
3.56-3.910.23571420.20771335X-RAY DIFFRACTION99.06
3.91-4.480.19131380.17841342X-RAY DIFFRACTION99.06
4.48-5.640.21021660.18521345X-RAY DIFFRACTION99.21
5.64-42.840.1811450.18091439X-RAY DIFFRACTION98.32
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22623248629-0.296611287483-1.535895962810.648428764457-0.2908542035982.57107964578-0.267921177497-0.200470609474-0.05759065098770.430656642613-0.124521743142-0.139381206389-0.644731728912-0.1098982352130.3248017681830.47215480449-0.079465423005-0.07235270000370.732374462241-0.08803348307350.45472542826227.555321818345.234626881245.7473634687
22.95174138479-0.110410202582-1.065709562272.89585383992-2.096500764163.156785378340.0110279843181-0.01408976962580.2194391803820.137688026482-0.01951502300650.151218393161-0.280131451042-0.2489978209160.05969754363510.5738265661980.0462489374244-0.002844160591680.596931546945-0.007593416932150.5135268089538.020470843651.175318964745.1213174023
32.500283987691.52848180566-1.745142489762.8394868886-0.4621506989263.8601128209-0.2200063096870.561774995173-0.230870442856-0.1032715462110.0253722697884-0.05370673692620.272532753336-0.6358725952920.1351028964850.5065059845850.007241892344010.009743064333410.760350989656-0.04044960780230.47510140366237.770520346640.262849582639.703217368
44.17120019631.25644508673-0.1312952180815.288112750990.8605205151592.57211652378-0.04955417199980.24681635651-0.2875583330990.0336019262242-0.0351773757755-0.541398524896-0.07249458781420.09704767518230.2212200612470.6471876710280.0207196622804-0.02312157020720.6584654552060.02121283557450.56364164382446.886889646144.13701149239.2234586974
52.215579812751.38884707433-2.673903347518.86686196596-0.4151388312379.505276496260.306049134363-1.68691844511.136056697260.492082464435-0.266929629911-0.9735980806990.07642306956030.693581338366-0.02857848146180.6424524795130.0766636685463-0.1265123021520.7586509795770.0257399248750.95755295417248.481899578860.572201523947.6344496741
64.97396241354-2.242801069123.83129174952.988245687750.2063890876437.124096438680.0262132912546-0.7934191937131.022335985510.605151261855-0.371738117803-1.01798804476-0.000473514455177-0.313079109423-0.1068396771340.483876820717-0.08184094969930.1521579930930.838835458685-0.1204462614660.79451033660239.763096451256.547153261559.6428196822
73.042988300770.6139372786833.647130800242.390771404550.8530981529215.66585685835-0.2859268953840.584589602158-0.695857235124-0.3196025138670.312760174428-0.2042619232980.1825665909230.3629731385880.08200892243590.581428554205-0.02945105301130.06404870039410.574144683644-0.1527638979850.62158747627959.402799923223.949681154734.4511064291
84.6996757523-0.328166031635-0.3190556866033.311408009510.7958530505940.554724862830.211505299454-0.272103500063-0.3099840272930.103981703027-0.03034926005810.1260373292330.461820404139-0.100619219302-0.1808177991550.730025010365-0.03702392637120.02671890716590.6208526213250.07572006092640.55600192055960.129463458828.300491621852.7396521077
93.948682812821.77288399569-0.8888558137714.77373667952-0.8079074843182.13510425031-0.1837426415580.689630189504-0.4179247245420.2633391810730.1692632764690.3538559767480.314642267274-0.7364029128920.0141427163670.718186320596-0.173812086350.061596313750.769135090317-0.1393719341870.51685731997944.645704825523.618939185234.9438675643
106.814025438092.83851699899-1.981546889814.824652945870.9601159254672.757899308020.3298231258260.4092094661550.1249452188230.8038496028020.09142421468640.0486568298983-0.0805063908796-0.00593244530972-0.5245785889190.6144794686750.06228031719920.04262550976050.568934850178-0.002199873221140.43365720616755.964783515135.77388984942.4026745659
113.64742979897-3.514890214771.614953024714.76651735569-3.294236832092.87814491232-0.4227461903181.824227064530.706579105873-0.155877963546-0.591148475492-1.393149708930.4765817968241.525598988960.7626851536720.756199122043-0.1782507458760.08245787456570.800643170134-0.03748984203490.72626541215171.793050371735.617666001834.3788297541
124.76913906622-5.68580042436-0.9151969915047.08141196030.2841183056782.28480083196-0.4650863313480.9019305496010.0441729595197-0.4147401153510.196263183255-0.585653091280.0907197333757-1.83784992370.1523106828420.6723365388040.05336652560970.1968235382191.11739136273-0.1279501257970.71421272002867.305084029927.09011161122.6902974064
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 234 through 268 )AB234 - 2681 - 16
22chain 'A' and (resid 269 through 335 )AB269 - 33517 - 83
33chain 'A' and (resid 336 through 416 )AB336 - 41684 - 164
44chain 'A' and (resid 417 through 447 )AB417 - 447165 - 195
55chain 'A' and (resid 448 through 461 )AB448 - 461196 - 209
66chain 'U' and (resid 250 through 260 )UC250 - 2601 - 11
77chain 'B' and (resid 234 through 323 )BE234 - 3231 - 70
88chain 'B' and (resid 324 through 368 )BE324 - 36871 - 115
99chain 'B' and (resid 369 through 418 )BE369 - 418116 - 165
1010chain 'B' and (resid 419 through 447 )BE419 - 447166 - 194
1111chain 'B' and (resid 448 through 461 )BE448 - 461195 - 208
1212chain 'V' and (resid 301 through 309 )VF301 - 3091 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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