PDB-7pdr: Crystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pdr

タイトル

Crystal structure of Lymnaea stagnalis Acetylcholine-binding protein (Ls-AChBP) Q55R/M114V double mutant complexed with Dichloromezotiaz

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Acetylcholine / protein / insecticide

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Montgomery, M.G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural Biology-Guided Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Novel Insect Nicotinic Acetylcholine Receptor Orthosteric Modulators.
著者: Montgomery, M. / Rendine, S. / Zimmer, C.T. / Elias, J. / Schaetzer, J. / Pitterna, T. / Benfatti, F. / Skaljac, M. / Bigot, A.

履歴

登録	2021年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pdr.cif.gz	209.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pdr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pdr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pdr_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pdr_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7pdr_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	7pdr_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pd6C 7pdbC 7pe5C 7pe6C 1uv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7pe5-d 5y2q-d 5bp0-1 7pe6-d 7pd6-2 5bp0-2 7n0y-d 3u8m-3 3u8n-3 4zru-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

AaA: Acetylcholine-binding protein

BaB: Acetylcholine-binding protein

CaC: Acetylcholine-binding protein

DaD: Acetylcholine-binding protein

EaE: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

121 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.040, 74.040, 350.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains AAA BBB
2	2	Chains AAA CCC
3	3	Chains AAA DDD
4	4	Chains AAA EEE
5	5	Chains BBB CCC
6	6	Chains BBB DDD
7	7	Chains BBB EEE
8	8	Chains CCC DDD
9	9	Chains CCC EEE
10	10	Chains DDD EEE

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP 分子量: 23818.428 Da / 分子数: 5 / 変異: Q55R, N66D, M114V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lymnaea stagnalis (無脊椎動物) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P58154
#2: 化合物	ChemComp-7JI / 3-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-1-[(2-chloranyl-1,3-thiazol-5-yl)methyl]-9-methyl-pyrido[1,2-a]pyrimidine-2,4-dione 分子量: 452.741 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₂Cl₃N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 14-18% PEG3350, 0.1-0.25M diammonium hydrogen citrate, 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→60.23 Å / Num. obs: 46264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 51.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 3469 / R_pim(I) all: 0.335 / R_rim(I) all: 1.07 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UV6

1uv6

解像度: 2.33→60.225 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.237 / WR_factor R_work: 0.207 / Average fsc free: 0.8559 / Average fsc work: 0.8651 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.249 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2449	2310	5.001 %
R_work	0.2171	43878	-
all	0.219	-	-
obs	-	46188	99.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.559 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.792 Å²	0.896 Å²	0 Å²
2-	-	1.792 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.815 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.33→60.225 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7905	0	140	34	8079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	8256
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	7391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.641	11289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.381	1.574	17135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.338	5	982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.053	21.589	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.748	15	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.111	15	69
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9193
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	6614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	3982
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3810
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.324	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.261	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.815	3.737	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.812	3.737	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.383	5.589	4920
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.381	5.589	4920
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.898	4.244	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.897	4.243	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.161	6.171	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.161	6.171	6368
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.291	41.61	8537
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.291	41.608	8536
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.087	0.05	5890
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.083	0.05	5935
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.099	0.05	5909
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.088	0.05	5942
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.086	0.05	5969
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.099	0.05	5902
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.086	0.05	6047
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.099	0.05	5941
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.08	0.05	6052
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.097	0.05	5959

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.33-2.39	0.345	153	0.333	3310	0.333	3467	0.681	0.704	99.8846	0.303
2.39-2.456	0.348	169	0.315	3110	0.316	3280	0.751	0.768	99.9695	0.279
2.456-2.527	0.321	161	0.3	3059	0.301	3220	0.793	0.812	100	0.265
2.527-2.605	0.331	154	0.299	2969	0.3	3125	0.784	0.808	99.936	0.263
2.605-2.69	0.35	121	0.273	2910	0.276	3034	0.825	0.841	99.9011	0.236
2.69-2.784	0.294	132	0.273	2834	0.274	2967	0.857	0.857	99.9663	0.237
2.784-2.889	0.33	153	0.275	2679	0.278	2833	0.823	0.847	99.9647	0.243
2.889-3.007	0.312	119	0.255	2610	0.257	2731	0.849	0.87	99.9268	0.226
3.007-3.14	0.285	151	0.256	2488	0.258	2639	0.874	0.883	100	0.233
3.14-3.293	0.251	143	0.241	2364	0.242	2507	0.898	0.895	100	0.226
3.293-3.47	0.268	131	0.233	2253	0.235	2384	0.898	0.916	100	0.224
3.47-3.68	0.227	111	0.232	2158	0.232	2269	0.927	0.924	100	0.226
3.68-3.933	0.281	109	0.219	2005	0.222	2114	0.9	0.921	100	0.215
3.933-4.247	0.195	122	0.193	1851	0.193	1974	0.954	0.949	99.9493	0.196
4.247-4.65	0.194	82	0.165	1747	0.166	1829	0.947	0.957	100	0.173
4.65-5.195	0.209	81	0.159	1553	0.161	1634	0.952	0.963	100	0.166
5.195-5.991	0.191	71	0.159	1383	0.16	1454	0.965	0.962	100	0.166
5.991-7.319	0.224	67	0.18	1175	0.183	1242	0.937	0.947	100	0.188
7.319-10.275	0.149	56	0.148	906	0.148	962	0.968	0.969	100	0.164
10.275-60.225	0.301	24	0.247	514	0.249	541	0.923	0.932	99.4455	0.26

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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