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- PDB-7pd2: Crystal structure of the substrate-free radical SAM tyrosine lyas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pd2
タイトルCrystal structure of the substrate-free radical SAM tyrosine lyase ThiH (2-iminoacetate synthase) from Thermosinus carboxydivorans
要素Thiazole biosynthesis protein ThiH
キーワードLYASE / Radical SAM enzyme 2-iminoacetate Metalloprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine biosynthetic process / catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiazole biosynthesis ThiH / ThiH/NocL/HydG-like / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Thiazole biosynthesis ThiH / ThiH/NocL/HydG-like / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Biotin and thiamin synthesis-associated domain / Biotin and Thiamin Synthesis associated domain / Radical SAM superfamily / Radical SAM core domain profile. / Radical SAM / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / METHIONINE / IRON/SULFUR CLUSTER / Thiazole biosynthesis protein ThiH
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosinus carboxydivorans Nor1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Amara, P. / Saragaglia, C. / Mouesca, J.-M. / Martin, L. / Nicolet, Y.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE29-0019 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: L-tyrosine-bound ThiH structure reveals C-C bond break differences within radical SAM aromatic amino acid lyases.
著者: Amara, P. / Saragaglia, C. / Mouesca, J.M. / Martin, L. / Nicolet, Y.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiazole biosynthesis protein ThiH
B: Thiazole biosynthesis protein ThiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,42717
ポリマ－86,0702
非ポリマー2,35715
水4,450247
1
A: Thiazole biosynthesis protein ThiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2609
ポリマ－43,0351
非ポリマー1,2248
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thiazole biosynthesis protein ThiH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1678
ポリマ－43,0351
非ポリマー1,1327
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.090, 49.330, 85.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.910, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-616-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiazole biosynthesis protein ThiH / 2-iminoacetate synthase ThiH


分子量: 43035.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosinus carboxydivorans Nor1 (バクテリア)
遺伝子: TcarDRAFT_1903 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1HPQ5

-
非ポリマー , 6種, 262分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.4-1.6 M (NH4)2SO4, 100 mM MES buffer pH 6.5, 15% dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.46 Å / Num. obs: 94609 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 6.11
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Num. unique obs: 6300 / CC1/2: 0.23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PD1

7pd1


解像度: 1.99→47.46 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 31.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 4725 4.99 %
Rwork0.2298 89884 -
obs0.2318 94609 97.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.64 Å2 / Biso mean: 43.4907 Å2 / Biso min: 24.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.99→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5780 0 118 247 6145
Biso mean--52.92 44.6 -
残基数----732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.99-2.010.40561510.45322822297392
2.01-2.040.41511530.37142959311296
2.04-2.060.34441580.36042992315097
2.06-2.090.37091540.33382921307597
2.09-2.120.3391590.33332999315897
2.12-2.140.3991570.32212964312197
2.14-2.170.35021540.31722964311897
2.17-2.210.3351570.31352998315597
2.21-2.240.30291570.30632996315397
2.24-2.280.33321580.30972956311498
2.28-2.320.36011540.30452970312497
2.32-2.360.32321600.28683035319597
2.36-2.410.34251570.28823002315998
2.41-2.450.34771540.27922989314397
2.45-2.510.27411530.28282964311797
2.51-2.570.38661560.27492991314798
2.57-2.630.34371590.27793010316998
2.63-2.70.31091590.26142997315698
2.7-2.780.29591600.25423027318798
2.78-2.870.32021640.24443028319298
2.87-2.970.30731540.23282994314898
2.97-3.090.28611610.23383053321499
3.09-3.230.26921600.22993012317298
3.23-3.40.25411550.2072992314798
3.4-3.620.20331580.19523030318898
3.62-3.90.26291590.19173056321599
3.9-4.290.20191610.17993014317599
4.29-4.910.20931620.17363066322899
4.91-6.180.23841610.19453038319999
6.18-47.460.21621600.19743045320599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5069-0.12370.40471.0435-0.40951.63530.06510.28420.3397-0.04930.13720.288-0.0192-0.4309-0.09640.3538-0.056-0.01610.5085-0.02810.3484-19.079-5.02719.695
21.58221.03910.70142.76650.73882.5165-0.2456-0.11340.22430.0750.19940.17320.0244-0.14320.06840.34910.038-0.03930.37930.01480.3273-13.6134.74717.428
30.5216-0.4589-0.57611.1233-0.00562.8727-0.27-0.2102-0.16460.01520.30440.15380.1219-0.5390.07740.31220.0061-0.04330.3823-0.01550.3753-24.943-1.6267.651
44.2675-0.90140.20433.2615-0.03182.1645-0.02860.08480.0541-0.3732-0.02530.0693-0.21470.45560.01570.4002-0.02020.00890.3372-0.0180.2473-15.1146.449-0.365
52.86871.6552.6691.90971.30333.7382-1.3532-1.04481.54991.0829-0.2566-1.19040.2631-1.6541.56890.49020.2224-0.08540.5402-0.00140.4724-18.483-15.91614.7
63.1443-1.76051.03633.6392-2.02693.6603-0.3327-0.82380.01011.05990.28750.069-0.79220.54010.05670.5143-0.0338-0.0170.3908-0.02150.350121.6915.84953.046
71.10031.2260.03531.4908-0.00553.27840.0538-0.1369-0.41840.18960.0459-0.10770.55220.0878-0.03140.35560.07370.00240.3845-0.02690.398519.414-12.4442.827
81.44130.11820.11520.66850.06161.6349-0.0745-0.16890.3633-0.13960.00160.1857-0.2559-0.050.04420.3597-0.0071-0.01170.3695-0.03030.363624.10216.61321.027
91.48050.8550.09052.3851-0.38582.20570.3192-0.3864-0.00340.0697-0.15210.0733-0.07950.128-0.06250.3124-0.0240.0380.2774-0.06640.357821.16315.02936.932
100.44070.663-0.70391.6073-0.41431.66340.0256-0.1102-0.05130.10090.0621-0.1011-0.05440.3955-0.08380.31270.028-0.04110.4023-0.03310.338324.3631.53336.886
111.7964-0.0650.53232.95420.36262.34390.07250.18150.0598-0.0346-0.0771-0.2307-0.01580.64540.07890.34550.0097-0.0220.5108-0.02650.306230.5852.24621.177
124.339-0.9317-0.74893.9185-0.68553.36620.0445-0.8599-0.1434-0.01860.29580.43320.1805-0.0197-0.31590.3937-0.0452-0.01780.36250.01350.31817.931-5.72617.131
1326.8127-9.44948.1446-7.65042-1.27970.5905-1.02661.4413-1.41661.50570.5048-1.2082.6430.47990.0919-0.03280.3078-0.15011.031927.0616.67230.119
140.8754-1.2787-0.24632.86361.55192.6563-0.0224-0.2363-0.21280.3936-0.176-0.07970.1350.06550.16270.45620.0475-0.07590.70150.05850.3488-5.457-4.57834.355
151.48070.03650.12291.6414-0.5583.5413-0.0885-0.35310.3350.29810.0569-0.3358-0.45990.4222-0.00030.4227-0.0267-0.02850.4806-0.07710.4351-6.66813.11723.979
160.9558-0.2042-0.08191.26460.12382.0731-0.07540.137-0.2154-0.3140.06430.15690.3807-0.06550.00230.31260.0191-0.01350.29870.00930.2873-23.009-14.2826.628
172.87480.2712-0.26082.2435-0.05922.8378-0.0241-0.0048-0.2388-0.2282-0.14950.15320.11320.25240.07980.3569-0.0217-0.05620.38080.02920.3723-14.307-17.6823.579
182.45260.1745-0.20561.42030.18532.01020.0577-0.3794-0.18780.1566-0.0729-0.08220.08330.12970.00850.34840.015-0.02370.41810.06530.3139-10.414-14.19818.807
193.0701-1.18460.01441.58650.59171.9984-0.1343-0.7698-0.44050.3170.0118-0.11540.30030.20530.01610.3539-0.0091-0.00980.4890.00660.399-6.252-3.07524.078
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 249:275 )B249 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 276:302 )B276 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 303:344 )B303 - 344
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 345:366 )B345 - 366
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 403:403 )B403
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1:22 )A1 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 23:69 )A23 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 70:163 )A70 - 163
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 164:230 )A164 - 230
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 231:302 )A231 - 302
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 303:344 )A303 - 344
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 345:367 )A345 - 367
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 403:403 )A403
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 2:22 )B2 - 22
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 23:69 )B23 - 69
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 70:120 )B70 - 120
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 121:163 )B121 - 163
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 164:230 )B164 - 230
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 231:248 )B231 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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