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- PDB-7pd2: Crystal structure of the substrate-free radical SAM tyrosine lyas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pd2 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of the substrate-free radical SAM tyrosine lyase ThiH (2-iminoacetate synthase) from Thermosinus carboxydivorans | ||||||||||||
![]() | Thiazole biosynthesis protein ThiH | ||||||||||||
![]() | LYASE / Radical SAM enzyme 2-iminoacetate Metalloprotein | ||||||||||||
Function / homology | ![]() thiamine biosynthetic process / catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Amara, P. / Saragaglia, C. / Mouesca, J.-M. / Martin, L. / Nicolet, Y. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: L-tyrosine-bound ThiH structure reveals C-C bond break differences within radical SAM aromatic amino acid lyases. Authors: Amara, P. / Saragaglia, C. / Mouesca, J.M. / Martin, L. / Nicolet, Y. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 250.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 4.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 4.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7pd1SC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 43035.074 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: TcarDRAFT_1903 / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 262 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/5AD.gif)
![](data/chem/img/MET.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/5AD.gif)
![](data/chem/img/MET.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.4-1.6 M (NH4)2SO4, 100 mM MES buffer pH 6.5, 15% dioxane |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Mar 14, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.99→47.46 Å / Num. obs: 94609 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 6.1 % / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 6.11 |
Reflection shell | Resolution: 1.99→2.04 Å / Num. unique obs: 6300 / CC1/2: 0.23 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7PD1 Resolution: 1.99→47.46 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.31 / Phase error: 31.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 101.64 Å2 / Biso mean: 43.4907 Å2 / Biso min: 24.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.99→47.46 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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