PDB-7pd1: Crystal structure of the L-tyrosine-bound radical SAM tyrosine ly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pd1

タイトル

Crystal structure of the L-tyrosine-bound radical SAM tyrosine lyase ThiH (2-iminoacetate synthase) from Thermosinus carboxydivorans

要素

Thiazole biosynthesis protein ThiH

キーワード

LYASE / Radical SAM enzyme 2-iminoacetate Metalloprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

thiamine biosynthetic process / catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosinus carboxydivorans Nor1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Amara, P. / Saragaglia, C. / Mouesca, J.-M. / Martin, L. / Nicolet, Y.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-16-CE29-0019	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-10-INBS-05-02	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-17-EURE-0003	フランス

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: L-tyrosine-bound ThiH structure reveals C-C bond break differences within radical SAM aromatic amino acid lyases.
著者: Amara, P. / Saragaglia, C. / Mouesca, J.M. / Martin, L. / Nicolet, Y.

履歴

登録	2021年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pd1.cif.gz	335.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pd1.ent.gz	268.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7pd1_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pd1_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	7pd1_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	7pd1_validation.cif.gz	61.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pd1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pd2C 4r34S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiazole biosynthesis protein ThiH

B: Thiazole biosynthesis protein ThiH

ヘテロ分子

89.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiazole biosynthesis protein ThiH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiazole biosynthesis protein ThiH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.090, 48.850, 85.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.020, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-866- HOH
2	1	B-963- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Thiazole biosynthesis protein ThiH / 2-iminoacetate synthase ThiH 分子量: 43035.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosinus carboxydivorans Nor1 (バクテリア) 遺伝子: TcarDRAFT_1903 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1HPQ5

-
非ポリマー , 9種, 988分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.4-1.6 M (NH4)2SO4, 100 mM MES buffer pH 6.5, 15% dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→47.03 Å / Num. obs: 188955 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.56
反射シェル	解像度: 1.27→1.35 Å / Num. unique obs: 29885 / R_sym value: 0.947

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R34

4r34

解像度: 1.27→47.03 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1698	9451	5 %
R_work	0.1499	179504	-
obs	0.1509	188955	99.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.74 Å² / B_iso mean: 21.8651 Å² / B_iso min: 10.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.27→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5810	0	145	967	6922
B_iso mean	-	-	20.86	34.33	-
残基数	-	-	-	-	733

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.27-1.28	0.3633	284	0.3726	5391	5675	90
1.28-1.3	0.3268	314	0.3222	5949	6263	100
1.3-1.31	0.3071	313	0.2911	5965	6278	100
1.31-1.33	0.2802	314	0.2704	5970	6284	100
1.33-1.35	0.2612	314	0.2422	5943	6257	100
1.35-1.37	0.2479	315	0.2292	5990	6305	100
1.37-1.39	0.2291	312	0.2257	5922	6234	100
1.39-1.41	0.2434	316	0.2231	6006	6322	100
1.41-1.43	0.2305	315	0.2094	5971	6286	100
1.43-1.45	0.2163	313	0.1956	5954	6267	100
1.45-1.48	0.1874	317	0.1838	5999	6316	100
1.48-1.5	0.2124	314	0.1763	5968	6282	100
1.5-1.53	0.1951	317	0.1682	6027	6344	100
1.53-1.56	0.1898	315	0.1629	5983	6298	100
1.56-1.6	0.1796	314	0.1425	5957	6271	100
1.6-1.64	0.172	315	0.1465	5993	6308	100
1.64-1.68	0.1789	316	0.143	6009	6325	100
1.68-1.72	0.1644	314	0.1391	5955	6269	100
1.72-1.77	0.1746	316	0.1373	6007	6323	100
1.77-1.83	0.1644	316	0.1369	6004	6320	100
1.83-1.89	0.1696	318	0.1368	6034	6352	100
1.89-1.97	0.1734	316	0.1353	6005	6321	100
1.97-2.06	0.1571	316	0.1367	6005	6321	100
2.06-2.17	0.169	315	0.1296	5992	6307	100
2.17-2.3	0.1418	318	0.1359	6040	6358	100
2.3-2.48	0.1648	317	0.1399	6015	6332	100
2.48-2.73	0.1652	319	0.151	6068	6387	100
2.73-3.13	0.1671	317	0.1476	6029	6346	100
3.13-3.94	0.1349	322	0.1268	6117	6439	100
3.94-47.03	0.153	329	0.1382	6236	6565	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5169	-1.3608	0.8877	3.3277	-1.3276	1.7218	-0.1443	-0.3918	0.1186	0.5896	0.0742	-0.1286	-0.3474	-0.0632	0.0048	0.2748	0.0028	-0.0051	0.3222	-0.0274	0.1839	21.826	5.731	53.435
2	0.476	0.3525	-0.0794	1.1213	-0.349	1.0266	0.0021	-0.0577	-0.0393	0.0437	0.0049	-0.0177	0.1321	-0.0193	0.0014	0.1153	0.0253	0.0042	0.1436	-0.0106	0.1228	21.834	-4.998	37.447
3	1.0968	0.4685	0.5839	0.8241	-0.1549	0.9954	-0.1459	0.1414	0.1157	-0.2492	0.1059	-0.0503	-0.2438	0.2191	0.028	0.2155	-0.0154	-0.0056	0.1646	-0.0105	0.1657	29.493	18.38	16.507
4	0.7327	0.1237	-0.0212	1.3346	-0.0382	1.2932	0.0064	0.0194	0.1984	-0.0684	0.0047	0.1245	-0.1175	-0.0731	0.0041	0.1533	0.0147	-0.0054	0.1289	-0.001	0.1777	18.925	18.637	21.429
5	1.4291	-0.1984	0.1176	1.3141	-0.1646	1.0578	0.1001	-0.1553	0.1102	0.0656	-0.0491	0.0594	-0.0719	-0.0062	-0.052	0.1593	-0.0163	0.017	0.15	-0.0375	0.1475	20.925	17.049	37.459
6	0.9413	-0.0221	-0.369	1.1259	-0.1142	0.9807	0.022	-0.1061	-0.0266	0.0347	-0.0071	0.0389	-0.0382	0.0319	-0.0159	0.1556	-0.0151	-0.0083	0.1709	-0.0224	0.1223	23.936	5.788	37.723
7	0.3583	0.2036	-0.1443	0.8571	-0.1488	1.7021	-0.0035	0.0184	-0.0029	-0.0668	0.0209	0.0066	0.0631	0.0289	-0.0075	0.1309	0.0148	-0.0063	0.1443	-0.0095	0.1212	24.836	-2.008	24.662
8	1.2233	-0.0309	0.3109	7.967	2.5297	2.9435	-0.0007	-0.1115	0.1358	-0.0808	0.0253	0.1009	-0.0039	0.0708	-0.0242	0.1252	-0.0068	-0.0006	0.1802	-0.0006	0.1555	27.01	11.598	27.502
9	1.576	-3.1454	-2.1565	6.732	4.3266	4.7893	-0.2817	-0.3567	-0.0549	0.7624	0.3069	-0.0982	0.4525	0.1888	-0.0227	0.2709	-0.0002	-0.0672	0.3365	0.0354	0.177	-5.306	-5.341	34.394
10	2.2857	0.0694	0.8226	1.7137	-0.4842	4.6031	-0.0453	-0.2168	0.2541	0.1795	0.0424	-0.1212	-0.3517	0.103	-0.0125	0.1535	-0.0283	-0.0267	0.1548	-0.0292	0.163	-6.536	13.085	24.025
11	0.5409	-0.0493	0.0905	0.8796	0.1146	0.7083	-0.0104	-0.0545	-0.0754	0.0004	0.009	-0.0026	0.0719	0.0098	0.0008	0.1272	-0.0024	0.0016	0.1414	0.0197	0.1189	-15.09	-10.077	13.607
12	0.7684	0.2518	0.4994	3.0955	0.3217	2.6404	-0.0379	0.0447	-0.0177	-0.1377	0.0645	0.3047	0.0641	-0.2402	-0.0013	0.0985	0.0134	-0.0079	0.1625	0.0108	0.1331	-25.473	-3.833	6.728
13	1.3754	-0.1247	-0.2536	1.7939	0.5176	1.4054	-0.0143	-0.0238	-0.0393	-0.1714	0.0556	-0.1131	-0.0842	0.2726	-0.0324	0.2176	-0.0068	-0.0139	0.2225	0.0172	0.1391	-14.627	6.212	-0.236
14	1.929	-1.2003	0.7957	6.1972	-7.3336	9.2383	-0.1747	-0.2081	-0.0411	-0.1095	0.1519	-0.2177	-0.071	-0.2141	0.0092	0.1506	-0.0047	0.0026	0.1674	-0.0036	0.1363	-19.501	-10.806	12.149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:22 )	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 23:92 )	A	23 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 93:120 )	A	93 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 121:163 )	A	121 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 164:214 )	A	164 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 215:275 )	A	215 - 275
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 276:367 )	A	276 - 367
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 403:404 )	A	403 - 404
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 1:22 )	B	1 - 22
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 23:69 )	B	23 - 69
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 70:309 )	B	70 - 309
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 310:344 )	B	310 - 344
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 345:367 )	B	345 - 367
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 403:404 )	B	403 - 404

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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