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万見
- PDB-7pd0: Functional and structural characterization of redox sensitive sup... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pd0
タイトルFunctional and structural characterization of redox sensitive superfolder green fluorescent protein and variants
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / genetically encoded biosensors / x-ray crystal structure / dynamic simulation / redox regulation / Plasmodium falciparum
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Heimsch, K.C. / Schuh, A.K. / Becker, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Hessian Ministry of Science, Higher Education and Art (HMWK)Loewe Druid E3 ドイツ
引用ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2022
タイトル: Structure and Function of Redox-Sensitive Superfolder Green Fluorescent Protein Variant.
著者: Heimsch, K.C. / Gertzen, C.G.W. / Schuh, A.K. / Nietzel, T. / Rahlfs, S. / Przyborski, J.M. / Gohlke, H. / Schwarzlander, M. / Becker, K. / Fritz-Wolf, K.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein
C: Green fluorescent protein
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,49015
ポリマ－107,2054
非ポリマー1,28511
水9,386521
1
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2084
ポリマ－26,8011
非ポリマー4063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0133
ポリマ－26,8011
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2705
ポリマ－26,8011
非ポリマー4694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9993
ポリマ－26,8011
非ポリマー1982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.850, 51.290, 101.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Green fluorescent protein


分子量: 26801.236 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 4000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.92 Å / Num. obs: 59713 / % possible obs: 94.53 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 6.76
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 15047 / CC1/2: 0.962

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PCA

7pca


解像度: 2→47.919 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2979 3571 6 %
Rwork0.2497 --
obs0.2525 59509 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7393 0 85 521 7999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57210310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6888135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02630.30371350.24372121X-RAY DIFFRACTION93
2.0263-2.05410.27951320.25712076X-RAY DIFFRACTION93
2.0541-2.08340.29981330.25032086X-RAY DIFFRACTION94
2.0834-2.11450.28851360.25992140X-RAY DIFFRACTION93
2.1145-2.14760.30991350.26192113X-RAY DIFFRACTION93
2.1476-2.18280.31061350.26712113X-RAY DIFFRACTION94
2.1828-2.22040.34861360.26212124X-RAY DIFFRACTION94
2.2204-2.26080.3361350.27962104X-RAY DIFFRACTION95
2.2608-2.30430.3451350.26582127X-RAY DIFFRACTION93
2.3043-2.35130.24991350.26012115X-RAY DIFFRACTION93
2.3513-2.40240.2781340.25822092X-RAY DIFFRACTION93
2.4024-2.45830.31391370.26522153X-RAY DIFFRACTION94
2.4583-2.51980.29751360.25582144X-RAY DIFFRACTION95
2.5198-2.58790.29361390.25862174X-RAY DIFFRACTION96
2.5879-2.66410.30021370.2632162X-RAY DIFFRACTION96
2.6641-2.750.34811410.28092209X-RAY DIFFRACTION97
2.75-2.84830.31661400.29732200X-RAY DIFFRACTION96
2.8483-2.96230.31251370.28982140X-RAY DIFFRACTION96
2.9623-3.09710.2761410.26452201X-RAY DIFFRACTION96
3.0971-3.26040.3381390.2612185X-RAY DIFFRACTION95
3.2604-3.46460.30091390.25042159X-RAY DIFFRACTION95
3.4646-3.7320.31941420.24332223X-RAY DIFFRACTION97
3.732-4.10740.28571400.22642192X-RAY DIFFRACTION96
4.1074-4.70130.25231420.22231X-RAY DIFFRACTION96
4.7013-5.92140.29051400.22592184X-RAY DIFFRACTION95
5.9214-47.910.27651400.24922170X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.6988 Å / Origin y: -16.0714 Å / Origin z: 22.016 Å
111213212223313233
T0.1792 Å2-0.0144 Å2-0.0054 Å2-0.1754 Å2-0.0243 Å2--0.2418 Å2
L0.1535 °2-0.0445 °2-0.0344 °2-0.1159 °20.0625 °2--0.5019 °2
S-0.0078 Å °-0.0024 Å °0.0279 Å °0.0045 Å °-0.0161 Å °0.0115 Å °0.0305 Å °-0.1022 Å °0.0188 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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