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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pca
タイトルFunctional and structural characterization of redox sensitive superfolder green fluorescent protein and variants
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / genetically encoded biosensors / x-ray crystal structure / dynamic simulation / redox regulation / Plasmodium falciparum
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / FORMAMIDE / ETHANOL / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Heimsch, K.C. / Schuh, A.K. / Becker, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Hessian Ministry of Science, Higher Education and Art (HMWK)Loewe Druid E3 ドイツ
引用ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2022
タイトル: Structure and Function of Redox-Sensitive Superfolder Green Fluorescent Protein Variant.
著者: Heimsch, K.C. / Gertzen, C.G.W. / Schuh, A.K. / Nietzel, T. / Rahlfs, S. / Przyborski, J.M. / Gohlke, H. / Schwarzlander, M. / Becker, K. / Fritz-Wolf, K.
履歴
登録2021年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1197
ポリマ－26,7521
非ポリマー3666
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.870, 47.370, 117.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 26752.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-ARF / FORMAMIDE / ホルムアミド


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 45.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 46% ETOH, 0.25% v/v Dichloromethane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→19.85 Å / Num. obs: 89058 / % possible obs: 91.69 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 8.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04413 / Rpim(I) all: 0.0227 / Net I/σ(I): 16.24
反射 シェル解像度: 1.05→1.088 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 4957 / CC1/2: 0.886 / % possible all: 51.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1qyo

1qyo


解像度: 1.05→19.85 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1625 5351 6 %
Rwork0.1492 --
obs0.15 89190 91.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 0 24 281 2126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111926
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2162612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.911712
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.060.3936600.304944X-RAY DIFFRACTION31
1.06-1.070.33811060.25351649X-RAY DIFFRACTION54
1.07-1.080.21041140.21451786X-RAY DIFFRACTION59
1.08-1.10.25441240.24941951X-RAY DIFFRACTION65
1.1-1.110.19771460.18312279X-RAY DIFFRACTION74
1.11-1.130.18781670.18072627X-RAY DIFFRACTION87
1.13-1.140.18191810.17272835X-RAY DIFFRACTION94
1.14-1.160.17311870.16612925X-RAY DIFFRACTION97
1.16-1.180.1751900.16462973X-RAY DIFFRACTION97
1.18-1.20.17521890.16242963X-RAY DIFFRACTION97
1.2-1.220.16551890.16052971X-RAY DIFFRACTION98
1.22-1.240.18151900.16022970X-RAY DIFFRACTION98
1.24-1.270.16761900.1532975X-RAY DIFFRACTION98
1.27-1.290.16691910.15082987X-RAY DIFFRACTION99
1.29-1.320.15851900.15212980X-RAY DIFFRACTION97
1.32-1.350.15811930.1533026X-RAY DIFFRACTION99
1.35-1.380.1621900.15232984X-RAY DIFFRACTION98
1.38-1.420.16141930.15013015X-RAY DIFFRACTION98
1.42-1.460.15681940.15763040X-RAY DIFFRACTION99
1.46-1.510.17751920.14433016X-RAY DIFFRACTION99
1.51-1.560.16991930.14083025X-RAY DIFFRACTION99
1.56-1.630.16981940.13813037X-RAY DIFFRACTION99
1.63-1.70.13921940.14213045X-RAY DIFFRACTION99
1.7-1.790.16351940.13773043X-RAY DIFFRACTION99
1.79-1.90.16441960.13823070X-RAY DIFFRACTION99
1.9-2.050.14051980.12793104X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.260.1341970.13013090X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.580.18051970.14013081X-RAY DIFFRACTION99
2.58-3.250.15422020.14763160X-RAY DIFFRACTION99
3.25-19.850.15322100.15333288X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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