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- PDB-7pbk: Vibriophage phiVC8 family A DNA polymerase (DpoZ), two conformati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pbk
タイトルVibriophage phiVC8 family A DNA polymerase (DpoZ), two conformations: thumb-exo open and thumb-exo closed
要素DNA polymerase I
キーワードVIRAL PROTEIN / phiVC8 / PolA / DpoZ / thumb-exo open / thumb-exo closed
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase DpoZ
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio phage phiVC8 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Czernecki, D. / Hu, H. / Romoli, F. / Delarue, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural dynamics and determinants of 2-aminoadenine specificity in DNA polymerase DpoZ of vibriophage phi VC8.
著者: Czernecki, D. / Hu, H. / Romoli, F. / Delarue, M.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月1日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / refine
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
B: DNA polymerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6862
ポリマ－145,6862
非ポリマー00
水2,396133
1
A: DNA polymerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8431
ポリマ－72,8431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA polymerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8431
ポリマ－72,8431
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.160, 158.440, 79.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase I


分子量: 72842.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio phage phiVC8 (ファージ) / 遺伝子: phiVC8_p29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3FFN8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 300 mM ammonium citrate; 12% PEG 3350. Seeded from crystals grown at 291.15 K in 1 mM hexamine cobalt; 25% v/v isopropanol (100%); 100 mM HEPES pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.6926 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日 / 詳細: KB mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→48.35 Å / Num. obs: 1019252 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 26.5 % / Biso Wilson estimate: 61.06 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.352 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.359 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.79→2.87 Å / 冗長度: 23.5 % / Rmerge(I) obs: 2.617 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2621 / CC1/2: 0.413 / Rpim(I) all: 0.529 / Rrim(I) all: 2.673 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KTQ

1ktq


解像度: 2.8→48.35 Å / SU ML: 0.3986 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.892
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 1912 5 %
Rwork0.1923 36328 -
obs0.1956 38240 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9575 0 0 133 9708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.954913264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05121428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611737
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9673566
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.34491250.29752366X-RAY DIFFRACTION91.82
2.87-2.940.3431350.26352577X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.030.35761350.25562554X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.130.34031350.25072562X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.240.32111360.25772584X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.370.30361360.2222584X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.520.25361370.19942603X-RAY DIFFRACTION99.93
3.52-3.710.28581350.19142572X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.940.23231370.18382608X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.250.26861380.15872611X-RAY DIFFRACTION100
4.25-4.670.21821380.14972618X-RAY DIFFRACTION100
4.67-5.350.19861370.15542636X-RAY DIFFRACTION99.96
5.35-6.740.22461400.19742661X-RAY DIFFRACTION99.96
6.74-48.350.2471480.18462792X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 46.777303748 Å / Origin y: 176.763914675 Å / Origin z: 23.5622800401 Å
111213212223313233
T0.346910359961 Å20.004374808016 Å2-0.00535155446333 Å2-0.339680127315 Å2-0.00699903338602 Å2--0.337676947953 Å2
L0.0553135304645 °20.00732222941753 °2-0.012377131417 °2-0.0660450852663 °2-0.0118010896462 °2--0.0572195543999 °2
S-0.0111055018989 Å °-0.00948557768253 Å °-0.0044654268695 Å °-0.00409132332393 Å °0.00102556703442 Å °-0.00275328065888 Å °0.0144578331173 Å °-0.00201492470687 Å °1.33068346261E-13 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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