PDB-7pb7: Structure of LPMO domain of colonization factor GbpA from Vibrio ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pb7

タイトル

Structure of LPMO domain of colonization factor GbpA from Vibrio cholerae in the presence of calcium

要素

GlcNAc-binding protein A

キーワード

CELL ADHESION / Colonization factor / LPMO / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Bjerregaard-Andersen, K. / Krengel, U.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of LPMO domain of colonization factor GbpA from Vibrio cholerae in the presence of calcium
著者: Bjerregaard-Andersen, K. / Krengel, U.

履歴

登録	2021年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pb7.cif.gz	104.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pb7.ent.gz	71 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pb7_validation.pdf.gz	764.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pb7_full_validation.pdf.gz	764.6 KB	表示
XML形式データ	7pb7_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	7pb7_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xwxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GlcNAc-binding protein A

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

39.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.610, 45.200, 99.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.055, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	GlcNAc-binding protein A 分子量: 19820.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 遺伝子: gbpA, VC_A0811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KLD5
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979655 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→34.27 Å / Num. obs: 33236 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.5 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.78
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 5267 / CC_1/2: 0.705 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	1.13_2998	モデル構築
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xwx

2xwx

解像度: 1.8→32.58 Å / SU ML: 0.2085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 23.5718 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2282	3231	5.02 %
R_work	0.1788	61147	-
obs	0.1813	33236	99.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	4	512	3314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	2882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7191	3940
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0517	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.165	1038

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3249	132	0.3181	2459	X-RAY DIFFRACTION	92.04
1.82-1.85	0.3543	139	0.2856	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.85-1.88	0.3009	138	0.2901	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.53
1.88-1.91	0.2521	143	0.2612	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.91-1.95	0.2903	142	0.2386	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.47
1.95-1.99	0.3142	139	0.2267	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.99-2.03	0.2345	146	0.2081	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.03-2.07	0.2722	139	0.2117	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.07-2.12	0.2657	140	0.2166	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.12-2.17	0.2206	143	0.19	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.17-2.23	0.275	139	0.1849	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.23-2.3	0.2534	141	0.1713	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.3-2.37	0.2374	143	0.1847	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.37-2.46	0.2469	139	0.1823	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.46-2.55	0.2353	143	0.1696	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.55-2.67	0.2423	144	0.1734	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.67-2.81	0.2759	138	0.1675	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.81-2.99	0.1799	140	0.1634	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.99-3.22	0.2163	142	0.1571	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.22-3.54	0.1752	139	0.1452	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.54-4.05	0.2193	142	0.1317	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.4
4.05-5.1	0.1479	140	0.1181	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.54
5.1-34.27	0.1644	140	0.1561	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.83

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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