PDB-7pb6: Structure of LPMO domain of colonization factor GbpA from Vibrio ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pb6

タイトル

Structure of LPMO domain of colonization factor GbpA from Vibrio cholerae in the presence of potassium

要素

GlcNAc-binding protein A

キーワード

CELL ADHESION / Colonization factor / LPMO / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bjerregaard-Andersen, K. / Krengel, U.

資金援助

ノルウェー, 1件

引用

ジャーナル: QRB Discov / 年: 2024
タイトル: Calcium-binding site in AA10 LPMO from Vibrio cholerae suggests modulating effects during environmental survival and infection.
著者: Montserrat-Canals, M. / Bjerregaard-Andersen, K. / Sorensen, H.V. / Kommedal, E. / Cordara, G. / Vaaje-Kolstad, G. / Krengel, U.

履歴

登録	2021年7月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2025年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pb6.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pb6.ent.gz	127.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pb6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pb6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pb7C 2xwxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GlcNAc-binding protein A

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

40.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.580, 46.580, 157.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	GlcNAc-binding protein A 分子量: 19820.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 (コレラ菌) / 遺伝子: gbpA, VC_A0811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KLD5
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40.09 Å / Num. obs: 52629 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 10.02 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 28.48
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 8.74 / Num. unique obs: 7798 / CC_1/2: 0.973 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xwx

2xwx

解像度: 1.5→40.09 Å / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 19.043 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	5210	4.99 %
R_work	0.1641	99105	-
obs	0.1655	52629	98.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	24	561	3383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	2926
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8043	3994
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0795	418
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	535
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.8306	1061

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2406	138	0.1966	2642	X-RAY DIFFRACTION	81.45
1.52-1.53	0.2014	158	0.1889	3017	X-RAY DIFFRACTION	86.99
1.53-1.55	0.1943	160	0.1935	3053	X-RAY DIFFRACTION	90.63
1.55-1.57	0.2254	166	0.1829	3179	X-RAY DIFFRACTION	94.63
1.57-1.59	0.1949	166	0.1849	3191	X-RAY DIFFRACTION	97.19
1.59-1.61	0.2314	180	0.1897	3395	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.2227	176	0.1763	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.1782	180	0.1764	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2131	176	0.1783	3333	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2238	178	0.1807	3348	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.72-1.75	0.1902	174	0.1678	3360	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.75-1.78	0.2182	177	0.1803	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.2295	176	0.1656	3352	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.81-1.85	0.2098	177	0.1723	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.1834	180	0.1738	3381	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.89-1.93	0.1939	174	0.1591	3345	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.93-1.98	0.1886	175	0.1709	3311	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.98-2.03	0.191	179	0.1631	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.1912	175	0.1573	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.16	0.2185	179	0.1563	3383	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.16-2.24	0.2079	175	0.1604	3350	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.24-2.33	0.1812	179	0.1599	3409	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.33-2.44	0.1891	175	0.1721	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.56	0.2103	176	0.1634	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.72	0.222	175	0.1713	3344	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.93	0.1961	179	0.1728	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.23	0.1891	176	0.1622	3357	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.23-3.7	0.1515	175	0.1426	3365	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.7-4.66	0.1457	182	0.1278	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-40.09	0.1911	174	0.1742	3340	X-RAY DIFFRACTION	99.6

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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