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- PDB-7paw: MALT1 in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7paw
タイトルMALT1 in complex with compound 1
要素Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
キーワードTRANSFERASE / Paracaspase / inhibitor complex / CBM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / : ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / small molecule binding / : / B cell activation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / T cell proliferation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / proteolysis involved in protein catabolic process / Activation of NF-kappaB in B cells / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / fibrillar center / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / peptidase activity / T cell receptor signaling pathway / protease binding / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT1, death domain / MALT1 immunoglobulin-like domain / : / MALT1 Ig-like domain / Immunoglobulin domain / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6IT / Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Kack, H. / Oster, L.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery and optimization of cyclohexane-1,4-diamines as allosteric MALT1 inhibitors.
著者: Schiesser, S. / Hajek, P. / Pople, H.E. / Kack, H. / Oster, L. / Cox, R.J.
履歴
登録2021年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
B: Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7533
ポリマ－88,3402
非ポリマー4131
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.450, 74.970, 106.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 / MALT lymphoma-associated translocation / Paracaspase


分子量: 44169.918 Da / 分子数: 2 / 変異: D595K, S617K, H666A, H681E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-6IT / ~{N}1-(3-chloranyl-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-6-yl)-~{N}4-[2-(trifluoromethyl)pyrimidin-4-yl]cyclohexane-1,4-diamine


分子量: 412.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16ClF3N8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris, PEG3350, sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→53.6 Å / Num. obs: 30539 / % possible obs: 71.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.19→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1527 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROC1.1.7データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UOA

3uoa


解像度: 2.19→53.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU R Cruickshank DPI: 0.421 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.384 / SU Rfree Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.248
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1571 5.14 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.202 30539 71.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 158.8 Å2 / Biso mean: 55.94 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3124 Å20 Å2-3.544 Å2
2--4.887 Å20 Å2
3----1.5746 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→53.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5640 0 28 50 5718
Biso mean--52.99 35.98 -
残基数----713
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2069SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes967HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5766HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion741SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6385SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5766HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7781HARMONIC21.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.84
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 35 5.73 %
Rwork0.218 576 -
all0.2199 611 -
obs--25.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9450.08161.8540.7233-0.1313.92310.0578-0.7407-0.12650.11540.007-0.08740.00090.125-0.0648-0.3276-0.059-0.01820.07810.0143-0.268231.22-3.282840.3722
23.43510.25462.33881.8621-0.86324.2867-0.07840.2596-0.0468-0.3730.10060.14550.1464-0.0911-0.0221-0.2155-0.0215-0.0342-0.33070.0049-0.18753.50840.9335-1.3062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A338 - 720
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B338 - 717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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