PDB-7p9q: Crystal structure of Indole 3-Carboxylic acid decarboxylase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p9q

タイトル

Crystal structure of Indole 3-Carboxylic acid decarboxylase from Arthrobacter nicotianae FI1612 in complex with co-factor prFMN.

要素

AnInD

キーワード

LYASE / AnInD

機能・相同性

Chem-4LU / :

機能・相同性情報

生物種

Glutamicibacter nicotianae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.53 Å

データ登録者

Gahloth, D. / Leys, D.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical characterization of the prenylated flavin mononucleotide-dependent indole-3-carboxylic acid decarboxylase.
著者: Gahloth, D. / Fisher, K. / Payne, K.A.P. / Cliff, M. / Levy, C. / Leys, D.

履歴

登録	2021年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p9q.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p9q.ent.gz	871.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p9q_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p9q_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	7p9q_validation.xml.gz	100.1 KB	表示
CIF形式データ	7p9q_validation.cif.gz	137.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aboS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ny5-1 5m1d-1 5o3m-d 5m1e-1 6h6v-d 5o3n-1 2idb-1 5m1c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AnInD

B: AnInD

C: AnInD

D: AnInD

E: AnInD

F: AnInD

ヘテロ分子

306 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.200, 195.450, 105.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.350, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 454 / Label seq-ID: 1 - 454

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	AnInD 分子量: 50434.785 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Glutamicibacter nicotianae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-4LU / 1-deoxy-5-O-phosphono-1-(3,3,4,5-tetramethyl-9,11-dioxo-2,3,8,9,10,11-hexahydro-7H-quinolino[1,8-fg]pteridin-12-ium-7-y l)-D-ribitol / prenylated-FMN iminium form 分子量: 525.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₀N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 Carboxylic acid, 0.1 M Buffer System pH 6.5, 30% Precipitant mixture 3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.53→43.42 Å / Num. obs: 123931 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.53→2.57 Å / Num. unique obs: 6258 / CC_1/2: 0.39

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ABO

7abo

解像度: 2.53→43.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 26.958 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	6529	5.3 %	RANDOM
R_work	0.1839	-	-	-
obs	0.1858	117399	98.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 280.65 Å² / B_iso mean: 84.096 Å² / B_iso min: 43.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	-1.32 Å²
2-	-	3.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.53→43.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20763	0	228	477	21468
B_iso mean	-	-	109.26	79.55	-
残基数	-	-	-	-	2714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	21484
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	19699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.635	29302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.365	1.573	45574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.23	5	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.026	22.312	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.063	15	3276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.79	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	2767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	24448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4460

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	14213	0.02
1	2	B	14213	0.02
2	1	A	14133	0.03
2	2	C	14133	0.03
3	1	A	14127	0.03
3	2	D	14127	0.03
4	1	A	14110	0.03
4	2	E	14110	0.03
5	1	A	14117	0.03
5	2	F	14117	0.03
6	1	B	14167	0.02
6	2	C	14167	0.02
7	1	B	14182	0.02
7	2	D	14182	0.02
8	1	B	14158	0.02
8	2	E	14158	0.02
9	1	B	14165	0.02
9	2	F	14165	0.02
10	1	C	14265	0.01
10	2	D	14265	0.01
11	1	C	14205	0.02
11	2	E	14205	0.02
12	1	C	14199	0.02
12	2	F	14199	0.02
13	1	D	14195	0.02
13	2	E	14195	0.02
14	1	D	14204	0.02
14	2	F	14204	0.02
15	1	E	14226	0.01
15	2	F	14226	0.01

LS精密化シェル

解像度: 2.53→2.596 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.402	526	-
R_work	0.414	8679	-
all	-	9205	-
obs	-	-	99.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.249	-0.5278	-0.1297	2.4906	0.7288	1.1243	-0.0057	-0.0209	0.0238	0.298	0.2244	-0.5153	0.3215	0.1004	-0.2187	0.1394	0.075	-0.1064	0.0621	-0.0916	0.2083	53.814	23.379	14.209
2	1.4024	1.0591	-0.1205	2.7662	-0.3091	0.4871	-0.3872	0.1506	0.2484	-0.7426	0.2997	0.1965	-0.0004	0.081	0.0875	0.3456	-0.1317	-0.106	0.0769	0.0839	0.1494	39.858	76.406	-7.584
3	2.2076	-0.5708	0.0312	1.4859	-0.2558	1.71	-0.0042	-0.3672	-0.032	0.6129	-0.1114	0.477	0.0465	-0.1091	0.1155	0.3562	-0.1184	0.3132	0.1355	-0.0352	0.4334	-10.697	21.039	53.284
4	1.902	0.0259	-0.3873	1.5328	-0.3112	1.9569	0.0347	0.0151	0.1635	0.0226	-0.1285	0.7019	0.0838	-0.3977	0.0938	0.0824	-0.0083	0.1308	0.1376	-0.1626	0.6695	-23.204	78.584	33.227
5	1.5352	-0.1569	0.138	1.0461	-0.0779	1.1207	0.1049	0.6162	-0.5055	-0.6522	-0.125	0.3047	0.0679	0.0331	0.0201	0.4298	0.0918	-0.27	0.2756	-0.2935	0.5687	-5.232	15.095	-3.892
6	1.4396	-0.3094	-0.2233	1.1757	-0.448	1.748	-0.0079	-0.2799	0.196	0.7597	-0.0673	-0.6047	-0.7683	0.5081	0.0752	0.9549	-0.2547	-0.2763	0.3199	-0.116	0.4044	30.885	84.415	53.416
7	0.4453	-0.0103	-0.0634	1.1249	0.05	0.24	0.0544	-0.0217	-0.0487	0.0891	-0.0615	0.1861	-0.0954	0.0037	0.0071	0.051	-0.0101	0.0177	0.0072	-0.0212	0.1009	14.536	49.86	23.601

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 310
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 310
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	17 - 310
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	17 - 310
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	17 - 310
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	17 - 310
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	311 - 454
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	311 - 454
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	311 - 454
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	311 - 454
11	X-RAY DIFFRACTION	7	E	311 - 454
12	X-RAY DIFFRACTION	7	F	311 - 454

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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