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- PDB-7abo: Structure of the N318H variant of the reversible pyrrole-2-carbox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7abo
タイトルStructure of the N318H variant of the reversible pyrrole-2-carboxylic acid decarboxylase PA0254/HudA in complex with FMN
要素UbiD-like decarboxylase
キーワードLIGASE / prFMN / decarboxylase / UbiD / pyrrole / pyrrole-2-carboxylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UbiD-like decarboxylase/ferulic acid decarboxylase 1 / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / UbiD-like decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Leys, D. / Marshall, S.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ADG_695013 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Structure and Mechanism of Pseudomonas aeruginosa PA0254/HudA, a prFMN-Dependent Pyrrole-2-carboxylic Acid Decarboxylase Linked to Virulence.
著者: Payne, K.A.P. / Marshall, S.A. / Fisher, K. / Rigby, S.E.J. / Cliff, M.J. / Spiess, R. / Cannas, D.M. / Larrosa, I. / Hay, S. / Leys, D.
履歴
登録2020年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: UbiD-like decarboxylase
B: UbiD-like decarboxylase
D: UbiD-like decarboxylase
A: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,94216
ポリマ－219,8054
非ポリマー2,13712
水19,0961060
1
C: UbiD-like decarboxylase
B: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9718
ポリマ－109,9032
非ポリマー1,0696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA
2
D: UbiD-like decarboxylase
A: UbiD-like decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,9718
ポリマ－109,9032
非ポリマー1,0696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area32910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.880, 55.570, 198.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
UbiD-like decarboxylase / Ferulic acid decarboxylase-like protein


分子量: 54951.262 Da / 分子数: 4 / 変異: N318H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: ECC04_013425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5F1BUV8, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1060 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M amino acids, 0.1 M NaHEPES/MOPS buffer pH 7.5, 20% v/v glycerol and 10% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.75 Å / Num. obs: 168873 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8399 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 1.025 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.16_3549: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IWS

4iws


解像度: 1.95→40.928 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 8445 5 %
Rwork0.2144 --
obs0.216 168830 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15283 0 132 1060 16475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68221691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4399279
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.97220.35392580.32735309X-RAY DIFFRACTION99
1.9722-1.99540.33852440.31285353X-RAY DIFFRACTION99
1.9954-2.01970.35052550.30735354X-RAY DIFFRACTION100
2.0197-2.04530.32962850.28935324X-RAY DIFFRACTION100
2.0453-2.07220.31792860.29485311X-RAY DIFFRACTION99
2.0722-2.10060.33372920.28715286X-RAY DIFFRACTION100
2.1006-2.13060.29792890.28195403X-RAY DIFFRACTION99
2.1306-2.16240.33163120.27395269X-RAY DIFFRACTION100
2.1624-2.19620.27942760.27015300X-RAY DIFFRACTION100
2.1962-2.23220.3122730.2515364X-RAY DIFFRACTION100
2.2322-2.27070.28043080.24135244X-RAY DIFFRACTION99
2.2707-2.31190.27092910.23435419X-RAY DIFFRACTION100
2.3119-2.35640.2812650.2375262X-RAY DIFFRACTION100
2.3564-2.40450.2852940.23645392X-RAY DIFFRACTION100
2.4045-2.45680.28622870.22915356X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.51390.27372740.22265389X-RAY DIFFRACTION100
2.5139-2.57680.27122610.22555339X-RAY DIFFRACTION100
2.5768-2.64640.26772970.21975390X-RAY DIFFRACTION100
2.6464-2.72430.26412430.2255325X-RAY DIFFRACTION100
2.7243-2.81220.26982630.22395415X-RAY DIFFRACTION100
2.8122-2.91270.24972950.2195327X-RAY DIFFRACTION99
2.9127-3.02930.24113120.215320X-RAY DIFFRACTION99
3.0293-3.16710.23862850.21425341X-RAY DIFFRACTION99
3.1671-3.3340.22432740.215334X-RAY DIFFRACTION99
3.334-3.54280.21862920.19915360X-RAY DIFFRACTION99
3.5428-3.81610.21512630.19445333X-RAY DIFFRACTION98
3.8161-4.19980.24053130.18935321X-RAY DIFFRACTION98
4.1998-4.80670.1882720.17315351X-RAY DIFFRACTION98
4.8067-6.05280.22652950.195392X-RAY DIFFRACTION98
6.0528-40.9280.21812910.19375502X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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