PDB-7p98: Cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase in a substrate-free state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p98

タイトル

Cyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA dehydrogenase in a substrate-free state

要素

Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Enzyme catalysis / acyl-CoA dehydrogenase / flavin / fatty acid oxidation

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclohex-1-ene-1-carbonyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ermler, U. / Weidenweber, S. / Boll, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Cyclic 1,3-Diene Forming Acyl-Coenzyme A Dehydrogenases.
著者: Kung, J.W. / Meier, A.K. / Willistein, M. / Weidenweber, S. / Demmer, U. / Ermler, U. / Boll, M.

履歴

登録	2021年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p98.cif.gz	304.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p98.ent.gz	247.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p98.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p98	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p9aC 7p9xC 4lifS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

91 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
182 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Short-chain acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

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182 kDa, 4 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	8_554	x,-y+1/2,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	11_554	-x+1/2,y,-z-1/2	1
crystal symmetry operation	14_555	-x+1/2,-y+1/2,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.320, 172.200, 331.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-662- HOH
2	1	B-657- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細 (eV)
1	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...
2	1	(chain B and (resid 3 through 62 or resid 64...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...	A	3 - 62
1	2	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...	A	64 - 197
1	3	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...	A	2 - 401
1	4	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...	A	2 - 401
1	5	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...	A	323 - 368
1	6	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...	A	323 - 368
1	7	1	(chain A and (resid 3 through 62 or resid 64...	A	370 - 401
2	1	1	(chain B and (resid 3 through 62 or resid 64...	B	3 - 62
2	2	1	(chain B and (resid 3 through 62 or resid 64...	B	64 - 197
2	3	1	(chain B and (resid 3 through 62 or resid 64...	B	199 - 86
2	4	1	(chain B and (resid 3 through 62 or resid 64...	B	323 - 368
2	5	1	(chain B and (resid 3 through 62 or resid 64...	B	323 - 368
2	6	1	(chain B and (resid 3 through 62 or resid 64...	B	370 - 401

#1: タンパク質	Short-chain acyl-CoA dehydrogenase 分子量: 44585.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (strain ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15) (バクテリア) 株: ATCC 53774 / DSM 7210 / GS-15 / 遺伝子: Gmet_3306 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39QF5
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.92 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium tatrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→45.441 Å / Num. obs: 73530 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.898 % / B_iso Wilson estimate: 34.858 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 12.17 / Num. measured all: 433654 / Scaling rejects: 81

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.1	5.825	1.356	1.99	57730	9927	9910	0.714	1.491	99.8
2.1-2.3	6.08	0.766	3.63	91465	15051	15043	0.892	0.838	99.9
2.3-2.7	6.139	0.386	6.6	112822	18386	18379	0.965	0.423	100
2.7-3.2	5.939	0.181	12.17	70844	11942	11929	0.989	0.199	99.9
3.2-3.8	5.64	0.082	21.7	40976	7277	7265	0.997	0.091	99.8
3.8-4.6	5.697	0.056	34.26	26914	4734	4724	0.998	0.062	99.8
4.6-5.9	5.211	0.044	34.09	16989	3277	3260	0.998	0.049	99.5
5.9-8	5.583	0.047	36.6	9898	1781	1773	0.999	0.052	99.6
8-12	4.756	0.025	46.35	4076	864	857	0.999	0.028	99.2
12-45.441	4.974	0.025	47.99	1940	401	390	0.999	0.027	97.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LIF

4lif

解像度: 2→45.441 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2426	3634	4.95 %
R_work	0.2141	69831	-
obs	0.2156	73465	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.34 Å² / B_iso mean: 38.806 Å² / B_iso min: 13.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→45.441 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5707	0	124	181	6012
B_iso mean	-	-	36.99	36.29	-
残基数	-	-	-	-	757

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2282	X-RAY DIFFRACTION	6.54	TORSIONAL
1	2	B	2282	X-RAY DIFFRACTION	6.54	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2-2.0263	0.4052	148	0.3759	2615	100
2.0263-2.054	0.3681	152	0.3621	2675	100
2.054-2.0834	0.3734	149	0.3333	2619	100
2.0834-2.1145	0.3528	131	0.3035	2665	100
2.1145-2.1475	0.3201	134	0.2798	2677	100
2.1475-2.1827	0.3038	129	0.2801	2684	100
2.1827-2.2204	0.3073	127	0.2795	2656	100
2.2204-2.2607	0.2946	144	0.2632	2680	100
2.2607-2.3042	0.332	157	0.2524	2679	100
2.3042-2.3512	0.2959	122	0.2509	2675	100
2.3512-2.4024	0.2616	141	0.2554	2671	100
2.4024-2.4583	0.2705	140	0.2409	2684	100
2.4583-2.5197	0.2467	149	0.2294	2650	100
2.5197-2.5878	0.267	130	0.221	2683	100
2.5878-2.664	0.2463	127	0.2258	2684	100
2.664-2.75	0.2465	125	0.2216	2710	100
2.75-2.8482	0.2175	145	0.2157	2678	100
2.8482-2.9623	0.2352	127	0.2255	2709	100
2.9623-3.097	0.2482	137	0.2102	2676	100
3.097-3.2603	0.2621	141	0.2133	2713	100
3.2603-3.4645	0.2597	148	0.2074	2686	100
3.4645-3.7319	0.2452	147	0.1991	2693	100
3.7319-4.1072	0.1952	150	0.1811	2704	100
4.1072-4.701	0.1903	145	0.1547	2706	99
4.701-5.9207	0.1845	133	0.1915	2757	99
5.9207-45.441	0.2136	156	0.184	2802	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4372	-8.4079	7.0637	2.1246	-5.4495	5.7056	1.0159	0.8436	-1.3783	-0.7324	-0.5165	0.3103	1.1222	0.6278	-0.4859	0.563	0.0879	-0.1022	0.4802	-0.035	0.7499	1.4131	11.8742	-87.251
2	1.4156	0.0155	0.1715	1.7099	0.1074	2.2899	0.1005	-0.0335	-0.307	0.124	0.0019	0.053	0.3838	-0.2256	-0.1129	0.2682	-0.0628	0.0067	0.3175	0.0121	0.3095	-5.9068	19.7211	-73.0709
3	1.716	0.3217	0.2008	1.8738	-0.6598	2.1934	0.0495	-0.2541	-0.0977	0.3412	0.0349	0.0798	-0.0755	-0.207	-0.0967	0.3431	-0.0143	0.0255	0.3854	0.0497	0.2716	-8.1316	28.7685	-56.5724
4	1.5497	0.6909	-2.8108	1.6787	-1.8544	7.6806	-0.0019	-0.0786	-0.1908	0.006	0.0118	0.0734	0.343	-0.5115	-0.0514	0.213	-0.0306	-0.0191	0.2972	0.0024	0.313	5.4104	27.6277	-79.7247
5	1.2389	0.2015	-0.2798	2.5039	-1.2288	2.0341	0.0465	0.182	-0.1276	0.0105	-0.105	-0.0488	0.0218	0.1274	0.086	0.1473	-0.0093	-0.0008	0.2605	-0.0282	0.204	12.7681	30.4794	-86.0911
6	4.7123	-1.6453	2.4649	1.4767	-1.1192	2.3868	-0.0622	-0.2877	-0.1245	0.0124	0.1656	0.0927	0.0275	-0.477	-0.1182	0.2078	-0.0534	0.0124	0.3103	0.0152	0.2037	6.5383	36.0086	-77.789
7	2.0933	-4.9592	4.6163	7.4297	-3.1491	7.423	0.8545	0.9122	-0.5339	-1.2498	-0.6691	0.7192	0.6744	-0.1626	-0.2134	0.5133	0.0724	-0.0445	0.5515	-0.0581	0.4067	-21.0407	-4.5308	-31.172
8	1.6166	0.1409	1.1662	2.2017	-1.9462	6.7919	-0.0368	0.1399	-0.1125	-0.1562	-0.1956	-0.3433	0.2038	0.5511	0.2236	0.2106	0.0141	0.028	0.2859	-0.0205	0.3459	-6.5117	-0.7357	-18.1546
9	1.4662	-0.3384	0.0087	0.1474	0.437	2.2295	0.0723	0.1791	-0.0549	-0.1953	-0.0452	0.1187	0.0568	0.0505	-0.023	0.2428	0.0025	0.0188	0.1863	0.0044	0.2339	-18.8146	5.4813	-27.9497
10	1.311	-1.7067	0.1927	2.125	-4.7065	4.5124	-0.069	0.1852	0.1026	0.0246	0.1852	0.1555	-0.2073	-0.2493	-0.1024	0.3486	-0.0266	-0.0272	0.2019	0.0273	0.307	-16.5262	12.8059	-22.4733
11	2.6766	-0.6606	-1.4298	1.8786	1.0286	4.0241	0.1519	0.1702	0.3075	-0.2943	-0.0524	-0.1714	-0.5505	0.3191	-0.0916	0.2691	-0.0452	0.0186	0.2311	0.043	0.223	-12.2907	20.3081	-24.5787
12	2.7491	0.3756	-0.0534	0.7401	0.302	2.414	0.0455	0.1021	0.6676	0.0504	0.1047	-0.2857	-0.5712	-0.0333	-0.1317	0.4778	-0.0497	0.0338	0.1861	0.019	0.441	-13.1019	29.3283	-15.9943
13	8.7828	9.3558	-4.322	2.0656	-5.0985	3.7774	0.1009	-0.2297	0.375	0.4292	-0.2895	0.3129	-0.3842	0.1148	0.2259	0.3912	-0.0021	0.0366	0.265	-0.0592	0.4885	-8.4787	12.2201	-7.3005
14	1.6624	1.6514	-0.4389	5.1032	-1.0248	1.5702	-0.0484	0.1493	0.1793	-0.0416	0.1767	-0.1322	-0.2933	0.0147	-0.1303	0.2307	0.0178	0.0297	0.1842	-0.0257	0.2114	-19.3962	12.9477	-16.6273
15	1.3222	-0.0319	-0.0343	2.2182	-1.9579	3.371	0.0044	0.0526	-0.1095	-0.0356	0.1058	0.1719	0.0652	-0.1059	-0.1302	0.1457	-0.0082	-0.005	0.1322	-0.0309	0.2266	-31.7356	-3.5887	-12.1937
16	4.3261	-2.8317	1.0687	3.6359	-1.1758	1.1514	-0.0214	0.0116	0.3813	0.0738	-0.0419	-0.272	-0.1183	0.0111	0.0692	0.2475	-0.0363	0.0286	0.1943	-0.0078	0.2134	-25.7157	5.1929	-7.07

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 21 )	B	3 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 22 through 132 )	B	22 - 132
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 133 through 229 )	B	133 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 230 through 266 )	B	230 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 267 through 337 )	B	267 - 337
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 338 through 380 )	B	338 - 380
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 2 through 21 )	A	2 - 21
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 22 through 47 )	A	22 - 47
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 48 through 79 )	A	48 - 79
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 80 through 99 )	A	80 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 100 through 132 )	A	100 - 132
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 133 through 191 )	A	133 - 191
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 192 through 209 )	A	192 - 209
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 210 through 266 )	A	210 - 266
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 267 through 337 )	A	267 - 337
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 338 through 380 )	A	338 - 380

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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